조사 통지를 받은 뒤에도 수정신고 자체는 할 수 있지만, 과소신고 가산세를 감면받을 수 있는지는 시점과 통지 내용에 따라 달라지며 감면이 제한될 가능성이 큽니다. 결론부터 말씀드리면 감면을 기대하기보다 정확한 신고로 불이익을 줄이는 쪽에 초점을 두시는 것이 좋습니다. 개념을 구분해서 설명드리겠습니다. ①수정신고 가산세 감면은 세무서가 결정이나 경정을 하기 전에 납세자가 스스로 신고하는 경우에 주는 혜택으로, 신고가 빠를수록 감면 폭이 큽니다. ②세무조사 착수 사실을 알게 된 뒤의 수정신고는 이 감면이 제한될 수 있고, 어떤 통지를 받았고 언제 신고했는지에 따라 판단이 달라집니다. 경정할 것을 미리 알고 한 신고로 보면 감면에서 빠질 수 있습니다. ③감면 여부와 별개로, 부족하게 낸 세금을 늦게 낸 데 대한 납부지연 가산세는 별도로 계산됩니다. 수정신고가 오히려 불리하지 않을까 하는 걱정에 대해서는, 이미 알게 된 누락을 정리하지 않은 채 조사를 받는 것이 더 부담될 수 있다고 보시면 됩니다. 조사 과정에서 누락이 발견되면 고의 여부가 따져지게 되고, 부정행위로 판단되면 가산세율이 크게 오릅니다. 반대로 실수로 누락했음을 스스로 밝히고 정리하면 고의가 아니라는 정황으로 작용할 수 있습니다. 참고로 수정신고와 함께 부족세액을 납부하면 납부지연 가산세 부담을 더 늘리지 않을 수 있습니다. 금액이 큰 경우에는 분할 납부 가능성도 함께 알아보세요. 대응 방법으로는 ①누락된 매출과 관련 자료를 정확히 정리하고, ②사전통지서의 내용과 날짜를 세무사에게 공유해 수정신고와 조사 중 자진 시정 중 어느 쪽이 맞는지 판단받으며, ③진술은 사실대로 하면서 신고 내용을 바로잡으시기 바랍니다. 혼자 판단하기보다 조사가 시작되기 전에 전문가와 방향을 정하시는 것이 중요합니다. 수정신고서에는 누락 경위와 근거 자료를 함께 정리해 두세요. 신고 후 납부 일정도 놓치지 않도록 챙기시기 바랍니다.