공제조합 법인세를 줄이려면 융자·보증 사업에 쓸 수 있는 손금 제도가 있나요?

Q

법인설립 5년 째인 공제조합입니다. 출자금은 122억원이고 이자수익금이 11억원입니다. 아직 조합원에게 배당한 금액은 없습니다. 사업은 회원사에게 융자와 보증서 발급을 하고 있는데요. 작년에 법인세를 1억원을 넘게 납부하였습니다. 조합원들이 몇억씩 출자를 하고 배당도 받지 못하고있는 실정이어서 법인세를 1억씩 내는 것이 라도 아껴 보려 하는데 지금 내는 것보다 절세할 수 있는 방법은 없을까요?

A
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법인세는 법이 손금으로 인정하는 항목만큼 줄어들기 때문에, 절세는 조합에 적용되는 손금 제도를 결산 때 빠짐없이 반영하는 방식으로 해야 합니다. 융자와 보증을 하는 조합이라면 대손충당금과 구상채권상각충당금을, 비영리법인에 해당한다면 고유목적사업준비금을 검토할 수 있습니다. 반면 조합원에게 배당을 해도 그만큼 법인세가 줄지는 않습니다. 법인세법 제20조 제1호는 결산을 확정할 때 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액을 손금에 넣지 않는다고 정합니다. 배당은 잉여금의 처분이므로 배당 여부와 관계없이 과세 소득은 같습니다. 법인세법 제34조 제1항은 대여금 등 채권의 대손에 충당하기 위해 결산 때 대손충당금을 손비로 계상하면 대통령령이 정한 범위에서 손금에 넣게 합니다. 시행령 제61조 제2항은 그 범위를 사업연도 종료일 현재 채권잔액의 100분의 1과 채권잔액에 대손실적률을 곱한 금액 중 큰 금액으로 정합니다. 회원사에 빌려준 융자금 잔액이 있다면 이 부분부터 확인하세요. 다만 법인세법 제34조 제3항에 따라 대손금이 생기면 충당금과 먼저 상계하고 남은 금액은 다음 사업연도에 익금으로 다시 들어가므로, 세금을 없애기보다는 법이 허용한 범위에서 과세 시기를 조정하는 효과가 있습니다. 법인세법 제35조 제1항은 법률에 따라 신용보증사업을 하는 내국법인 중 대통령령으로 정하는 법인이 구상채권상각충당금을 손비로 계상하면 일정 범위에서 손금에 넣게 합니다. 시행령 제63조 제1항은 건설산업기본법에 따른 공제조합, 소프트웨어공제조합, 엔지니어링공제조합 등 대상 법인을 하나하나 열거하고, 같은 조 제3항은 한도를 신용보증잔액에 100분의 1과 구상채권발생률 중 낮은 비율을 곱한 금액으로 정합니다. 조합의 설립 근거 법률이 이 목록에 있는지가 관건이고, 신용보증잔액이 클수록 한도도 커집니다. 법인세법 제29조 제1항은 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손비로 계상하면 이자소득 금액 등은 전액, 그 밖의 수익사업 소득은 100분의 50 범위에서 손금에 넣게 합니다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 그 법률에 따른 복지사업으로 조합원에게 대출한 융자금의 이자도 같은 항 제1호에 들어갑니다. 이자수익이 소득의 대부분인 질문의 조합이라면 비영리법인에 해당하는지가 절세 효과를 크게 가릅니다. 다만 제2조 제2호 나목은 특별법에 따라 설립된 법인이라도 대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아니면서 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 비영리내국법인에서 제외합니다. 조합원 배당을 예정하고 있다면 이 제도를 쓰기 어려울 수 있고, 쓰더라도 손금에 넣은 준비금을 5년 안에 고유목적사업 등에 사용하지 않으면 제29조 제5항에 따라 그 잔액을 다시 익금에 넣어야 합니다. 조세특례제한법 제72조의 당기순이익과세는 신용협동조합, 농업협동조합 등 열거된 조합에만 적용되므로, 공제조합이 그 목록에 없다면 해당하지 않습니다. 위 충당금과 준비금은 결산 때 손비로 계상하고 명세서를 제출해야 인정됩니다. 다음 결산 전에 설립 근거법과 정관의 배당 규정, 융자·보증 잔액과 구상채권 발생 자료를 갖추어 적용 가능 여부를 따져 보세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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