교회가 예배용으로 취득하면서 취득세를 면제받은 건물을 임대하면, 취득 후 경과 기간에 따라 면제받은 취득세를 추징당할 수 있고 임대 부분은 재산세 면제도 받지 못합니다. 상가 임대는 부가가치세 과세 대상이어서 사업자등록이 필요하고, 교회의 성격에 따라 법인세나 소득세 신고도 하게 됩니다. 지방세특례제한법 제50조 제1항은 종교단체가 종교행위를 위한 사업에 직접 사용하려고 취득한 부동산의 취득세를 면제하되, 취득일부터 5년 이내에 수익사업에 사용하거나 직접 사용 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하면 면제된 취득세를 추징합니다. 같은 조 제2항은 수익사업에 사용하거나 유료로 사용되는 재산은 재산세 면제에서 제외합니다. 제178조 제2항은 추징 세액에 이자상당액을 더해 내도록 합니다. 부가가치세법 제26조 제1항은 주택 임대 용역과 종교단체가 공급하는 용역 중 대통령령으로 정하는 것을 면세하는데, 같은 법 시행령 제45조는 그 범위를 고유 목적을 위한 일시적·실비·무상 공급이나 전통사찰보존지 임대 등으로 정합니다. 부가가치세법 제8조 제1항은 사업 개시일부터 20일 이내에 사업자등록을 신청하도록 하고, 제29조 제10항은 전세금이나 임대보증금을 받는 경우의 공급가액을 대통령령에 따라 계산하도록 합니다. 법인세법 제4조 제3항은 비영리내국법인의 수익사업 소득에 법인세를 과세하고, 소득세법 제2조 제3항은 법인으로 보는 단체가 아닌 법인 아닌 단체를 1거주자로 보아 소득세를 적용합니다. 먼저 교회가 이 건물을 취득한 날과 예배 용도로 직접 쓴 기간을 확인해야 합니다. 취득 후 5년이 지나지 않았다면 임대로 취득세가 추징되고, 5년이 지났더라도 직접 사용 기간이 2년 미만이면 추징될 수 있습니다. 질문하신 등록세 부분은 현행 조문상 부동산 취득에 대한 면제와 추징이 취득세로 정해져 있습니다. 전세로 빌려주더라도 상가는 주택이 아니고 대가를 받는 임대이므로 부가가치세 면세에 해당하기 어려워, 교회는 사업자등록을 하고 전세금에 대해 계산한 금액을 기준으로 부가가치세를 신고하게 됩니다. 월세 없이 전세금만 받아도 대통령령에 따라 계산한 금액이 과세표준이 되므로 전세라서 부가가치세가 없다고 보면 안 됩니다. 교회가 법인이거나 국세기본법상 법인으로 보는 단체라면 임대소득은 법인세 신고 대상이 될 수 있고, 그렇지 않다면 소득세가 문제 됩니다. 임대 전에 교회 재정 담당자가 관할 시·군·구청 세무부서에 추징 여부와 금액을, 세무서에 사업자등록과 과세 유형을 미리 확인하는 것이 안전합니다. 교회 정관상 재산 사용에 필요한 내부 의결 절차도 함께 확인하세요. 임차인 입장에서는 계약 전에 등기부로 소유자가 교회인지와 근저당 등 권리관계를 보고, 계약하는 대표자에게 교회를 대표할 권한이 있는지 의결 서류로 확인해 두는 것이 좋습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.