매매 조건을 맞추는 과정에서 가격 배분까지 협상 대상이 되는 경우가 많은데, 이 부분은 당사자 합의만으로 정해지지 않는다는 점을 먼저 짚어 두어야 합니다. ▶ 먼저 상황 정리 질문자는 임대용 상가 건물을 토지와 함께 일괄 양도하려 하고, 매수인은 계약서상 건물 가액을 낮추고 토지 가액을 높이자고 요청하고 있습니다. 토지의 공급은 부가가치세가 면제되고 건물의 공급은 과세되므로 건물 가액이 곧 부가가치세 과세표준이 됩니다. 쟁점은 당사자가 임의로 나눈 가액이 과세표준으로 그대로 인정되는지입니다. ▶ 토지와 건물을 함께 팔 때 살펴야 할 쟁점 ① 실지거래가액 구분 원칙: 부가가치세법은 토지와 건물을 함께 공급하는 경우 계약서 등으로 구분된 실지거래가액을 기준으로 건물 공급가액을 정하도록 합니다. 가액 구분이 합리적이라면 계약서상 금액이 존중됩니다. ② 안분계산 대체: 그러나 구분이 불분명하거나, 당사자가 구분한 가액이 감정가액이나 기준시가 비율로 안분한 금액과 30% 이상 차이 나는 경우에는 계약서 금액 대신 법정 기준으로 안분해 과세표준을 다시 계산합니다. 다른 법령에 따라 가액을 구분한 경우나 매수인이 건물을 철거하고 토지만 쓰려는 경우 등은 예외가 인정될 수 있습니다. ③ 매수인 공제와 포괄양수도: 매수인이 일반과세자라면 부담한 부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 있어 실질 부담이 크지 않은 경우가 많습니다. 또한 임대사업 전체를 그대로 넘기는 요건을 갖추면 사업의 포괄양도로 보아 건물분 부가가치세 자체가 발생하지 않을 수 있습니다. ▶ 현실적인 판단 첫째, 건물 가액을 과도하게 낮춘 계약은 안분계산 대상이 되어 과세표준이 늘어나고, 과소신고 가산세와 납부지연 가산세까지 붙을 수 있습니다. 부가가치세는 줄지 않고 불이익만 남을 수 있는 셈입니다. 둘째, 추징되면 매도인이 매수인에게 받지 못한 부가가치세를 자기 돈으로 내야 하는 상황이 생길 수 있어, 부담 주체를 계약서에 분명히 해 두지 않으면 분쟁으로 번집니다. 셋째, 가액 배분은 양도소득세나 매수인의 감가상각에도 영향을 줄 수 있고 소득세법에도 비슷한 취지의 안분 규정이 있어, 한 세목만 보고 정할 문제가 아닙니다. ▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 첫째, 계약 전에 토지와 건물의 기준시가, 가능하다면 감정가액을 확인해 안분 비율을 계산하고, 계약서 가액이 그 범위를 크게 벗어나지 않도록 정하시기 바랍니다. 둘째, 매수인이 사업자라면 부가가치세를 별도로 받고 세금계산서를 발급한 뒤 매수인이 공제받는 구조가 가장 깔끔한 경우가 많습니다. 매수인이 임대업을 그대로 이어받는다면 포괄양수도 요건을 갖춰 계약서에 명시하는 방안도 검토해 보십시오. 셋째, 부가가치세 포함 여부와 추징 시 부담 주체를 특약으로 적어 두시고, 구체적인 안분 계산은 세무사를 통해 확인하시는 것이 안전합니다. ※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 정확한 판단을 위해서는 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.