채용 인원이 적은 사업장일수록 한두 명의 퇴사가 세액공제 전체를 흔드는 것처럼 느껴지기 마련입니다. 다만 퇴사자 수 자체보다 회사 전체 인원이 줄었는지가 기준이라는 점부터 짚어 드리겠습니다. ▶ 먼저 상황 정리 질문자의 법인은 청년 직원을 늘려 통합고용세액공제를 적용받았고, 이후 일부 직원이 퇴사해 인원이 줄어들 가능성이 있습니다. 조세특례제한법의 통합고용세액공제는 2025년 말 개정으로 공제액 구조와 사후관리 방식이 크게 바뀌었습니다. 쟁점은 개편 전에 최초로 공제받은 분에 어떤 규정이 적용되는지, 그리고 인원이 줄면 무엇이 추징되거나 배제되는지입니다. ▶ 고용이 감소할 때 통합고용세액공제에서 살펴야 할 쟁점 ① 감소 여부의 판단 기준: 사후관리는 퇴사자 수가 아니라 해당 과세연도의 상시근로자 수(청년 등 우대 대상은 그 인원)를 최초 공제연도와 비교해 판단합니다. 퇴사자가 있더라도 다른 채용으로 인원이 유지되면 감소로 보지 않습니다. ② 개편 전 공제분의 사후관리: 2025년 이전 과세연도를 최초 공제연도로 한 공제에는 종전 규정이 계속 적용될 여지가 큽니다. 종전 규정은 최초 공제연도 이후 2년 안에 인원이 줄면 감소 인원에 해당하는 공제액 상당액을 납부하게 하고, 감소한 연도부터 남은 공제를 적용하지 않는 구조입니다. 이전의 고용증대세액공제를 적용받은 분도 비슷한 방식의 사후관리가 남아 있습니다. ③ 개편 후 제도의 변화: 2026년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 하는 분부터는 과거 공제액을 추징하지 않고, 고용 증가분 중 감소한 인원에 대해서만 공제를 배제합니다. 대신 공제액이 1년차보다 2·3년차에 커지도록 차등화되었고, 공제 대상도 실제 근로기간이 1년 이상인 근로자로 바뀌었으며, 상시근로자 수도 근로자별 실제 근무기간을 반영해 합산하는 방식으로 정비되었습니다. ▶ 현실적인 판단 첫째, 개편 전에 최초 공제를 받으셨다면 추징이 없어졌다는 이야기를 그대로 적용하기 어렵고, 사후관리 기간 안에 인원이 줄면 이미 공제받은 세액 일부를 납부해야 할 수 있습니다. 둘째, 청년 직원이 퇴사하고 청년이 아닌 직원으로 충원하면 전체 인원은 유지되어도 우대공제분은 감소로 계산될 수 있습니다. 셋째, 구체적인 공제 단가와 추징 계산식은 세법 개정으로 자주 바뀌므로 최초 공제연도에 적용된 규정을 기준으로 세무사를 통해 확인하시는 것이 안전합니다. ▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 첫째, 최초 공제연도와 그때의 상시근로자 수, 청년 등 우대 인원을 연도별로 표로 정리해 두시기 바랍니다. 둘째, 퇴사자가 생기면 사후관리 기간이 끝나기 전에 충원 계획을 세워 연간 평균 인원이 떨어지지 않도록 관리하는 것이 가장 현실적인 대응입니다. 셋째, 감소가 확정되었다면 해당 과세연도 신고 때 납부할 금액을 스스로 계산해 반영하셔야 하며, 누락하면 가산세까지 붙을 수 있으므로 신고 전에 점검을 받으시길 권합니다. ※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 정확한 판단을 위해서는 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.