민법에 따라 설립 허가를 받은 사단법인 형태의 비영리법인에서 총무를 맡고 있습니다. 법인은 수익사업인 강의료 수입이 있어 그동안 매년 법인세를 신고해 왔습니다. 회원이 줄어 최근 총회에서 해산을 결의했는데, 청산을 마치면 처음 설립할 때 출연한 재산보다 많은 재산이 남을 것 같습니다. 토지나 건물을 파는 일은 없습니다. 주식회사처럼 남은 재산에 대해 청산소득 법인세를 따로 내야 하는지 궁금합니다.
비영리법인은 청산소득에 대한 법인세를 내지 않습니다. 법인세법이 비영리내국법인에 과세되는 소득을 각 사업연도의 소득과 토지등 양도소득 두 가지로 한정하고 있기 때문입니다. 다만 강의료 수입에서 생긴 각 사업연도의 소득은 해산 전과 마찬가지로 법인세 대상이므로 그 신고는 계속 챙기셔야 합니다.
법인세법 제2조 제2호 가목은 민법의 비영리법인 설립 규정에 따라 설립된 법인을 비영리내국법인으로 정합니다. 같은 법 제4조 제1항은 내국법인에 법인세가 과세되는 소득을 제1호 각 사업연도의 소득, 제2호 청산소득, 제3호 토지등 양도소득으로 정합니다. 그리고 같은 항 단서는 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다고 정합니다.
질문하신 법인은 민법에 따라 설립 허가를 받은 사단법인이므로 비영리내국법인입니다. 제4조 제1항 단서에 따라 이 법인에 법인세가 과세되는 소득은 각 사업연도의 소득과 토지등 양도소득으로 한정되고, 제2호의 청산소득은 비영리내국법인의 과세소득에 들어가지 않습니다. 그래서 청산을 마친 뒤 남는 재산이 설립 때 출연한 재산보다 많더라도, 주식회사 같은 영리법인처럼 그 남은 재산에 대해 청산소득 법인세를 따로 신고하고 내야 하는 것은 아닙니다. 설립 때 출연한 재산과 남은 재산의 차이가 크더라도 결론은 같습니다. 청산소득이 과세소득에서 빠지는 것은 금액이나 사정에 따른 예외가 아니라, 비영리내국법인에 과세되는 소득의 범위를 법이 처음부터 그렇게 정했기 때문입니다. 또 토지나 건물을 파는 일이 없다고 하셨으므로 제3호의 토지등 양도소득도 이번에는 생기지 않습니다.
각 사업연도의 소득은 다릅니다. 같은 조 제3항은 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득을 각 호의 사업 또는 수입, 즉 수익사업에서 생기는 소득으로 한정합니다. 그동안 수익사업인 강의료 수입에서 생긴 소득을 신고해 오셨듯이, 해산을 결의한 뒤라도 그 강의료 수입에서 생긴 소득은 각 사업연도의 소득으로 과세됩니다.
신고는 법인세법 제60조 제1항에 따라 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 방식입니다. 같은 조 제3항은 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 제1항을 적용한다고 정하므로, 해산 과정에서 강의료 수입이 줄어 소득이 없더라도 신고 의무는 남습니다.
정리하면, 청산 뒤 남는 재산에 대한 청산소득 법인세는 비영리법인에 과세되지 않고, 해산 전후의 강의료 수입에 따른 각 사업연도의 소득만 신고 대상입니다. 청산소득 신고가 따로 없다는 점과 각 사업연도의 소득 신고는 계속된다는 점을 구별해 두시면 됩니다. 남은 재산을 누구에게 넘길지는 정관과 민법이 정하는 별도의 문제입니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 11월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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