비영리법인 장학재단 임대용 상가 취득, 취득세·재산세 감면받을 수 있나요?

Q

「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 장학재단, 즉 비영리법인에서 사무를 맡고 있습니다. 장학금을 지급할 재원을 마련하려고 상가 건물 한 채를 사서 임대료를 받을 계획입니다. 이 건물은 장학사업에 직접 쓰는 곳이 아니라 임대용인데, 이런 경우에도 취득세를 감면받을 수 있는지, 감면된다면 어느 정도인지 궁금합니다. 그리고 건물을 가지고 있는 동안 매년 내는 재산세도 줄어드는지 알고 싶습니다.

A
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네, 감면 대상이 됩니다. 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용 부동산은 취득세의 100분의 80이 경감되고, 과세기준일 현재 그 임대용으로 사용하는 부동산은 재산세의 100분의 80이 경감됩니다. 다만 이 감면에는 법이 정한 적용기한이 있고, 취득 뒤 용도를 지키지 않으면 경감받은 취득세를 추징당할 수 있습니다. 근거는 지방세특례제한법 제45조입니다. 같은 조 제2항은 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 장학법인에 대해 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다고 정합니다. 제1호는 장학법인이 장학사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산의 취득세와, 과세기준일 현재 장학사업에 직접 사용하는 부동산의 재산세를 면제합니다. 제2호는 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 80을, 과세기준일 현재 해당 임대용으로 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 80을 각각 경감한다고 정합니다. 질문하신 상가는 장학사업에 직접 쓰는 건물이 아니라 장학금 재원을 마련하기 위한 임대용 건물입니다. 그래서 제1호의 면제가 아니라 제2호의 경감이 적용되는 경우입니다. 재단이 공익법인법에 따라 설립된 장학법인이고 장학금을 지급할 목적으로 상가를 취득하므로, 취득세는 그 100분의 80이 경감되고 나머지 부분만 내게 됩니다. 재산세는 해마다 과세기준일을 기준으로 봅니다. 지방세법 제114조는 재산세의 과세기준일을 매년 6월 1일로 정합니다. 따라서 매년 6월 1일 현재 그 상가를 임대용으로 사용하고 있으면 그해 재산세의 100분의 80이 경감됩니다. 취득세 감면은 한 번으로 끝나지만, 재산세 경감은 이처럼 해마다 과세기준일의 사용 상태로 다시 정해진다는 점이 다릅니다. 또 제45조 제2항의 감면은 법이 정한 적용기한까지 적용되므로, 취득일과 각 과세기준일이 그 기한 안에 있어야 합니다. 경감받은 취득세를 다시 내야 하는 경우도 정해져 있습니다. 같은 조 제3항은 제1항 및 제2항에 따라 취득세를 면제 또는 경감받은 후, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우(제1호), 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(제2호)에는 그 해당 부분에 대해 면제 또는 경감된 취득세를 추징한다고 정합니다. 그러므로 상가를 산 뒤 정당한 사유 없이 1년이 지나도록 그 용도로 쓰지 않거나, 그 용도로 쓴 기간이 2년이 되기 전에 팔거나 증여하거나 다른 용도로 바꾸면, 경감받았던 취득세를 추징당하게 됩니다. 이 추징 규정은 취득세에 관한 것이고, 재산세는 앞에서 본 것처럼 매년 과세기준일의 사용 상태에 따라 경감 여부가 정해집니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 11월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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