교육 수익사업을 하는 비영리법인(사단법인)입니다. 몇 년째 수익사업 소득으로 고유목적사업준비금을 손비로 계상해 손금에 넣어 왔습니다. 그런데 이번 사업연도에 준비금 가운데 일부를 고유목적사업이나 일반기부금이 아닌 다른 용도에 써 버린 사실을 결산 때 알게 됐습니다. 손금에 넣은 지 5년이 지나지 않았는데도 이 금액을 익금에 넣어야 하나요? 그렇다면 그동안 덜 낸 세금에 대한 이자 같은 것도 더 내야 하나요?
네, 익금에 넣어야 합니다. 고유목적사업준비금을 고유목적사업이나 일반기부금이 아닌 용도에 쓰면 그 사용한 금액은 사유가 생긴 날이 속하는 사업연도의 익금이 되고, 이때는 대통령령으로 정하는 이자상당액도 그 사업연도 법인세에 더해 내야 합니다.
법인세법 제29조 제1항은 비영리내국법인이 고유목적사업이나 법인세법이 정한 일반기부금(이하 고유목적사업등)에 지출하기 위해 결산 때 고유목적사업준비금을 손비로 계상하면 정해진 범위에서 손금에 산입한다고 정합니다.
같은 조 제5항은 손금에 산입한 준비금의 잔액이 있는 법인이 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입한다고 정합니다. 제5호는 고유목적사업준비금을 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우이고, 이때 익금에 넣는 금액은 괄호에서 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액으로 정합니다. 같은 조 제7항은 제5항 제4호·제5호와 제6항에 따라 잔액을 익금에 산입하는 경우 대통령령으로 정하는 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더해 내도록 합니다.
법인세법 시행령 제56조 제7항은 이자상당액을, 그 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 손금에 산입함에 따라 생긴 법인세액의 차액에, 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 익금에 산입한 사업연도 종료일까지의 기간에 대해 1일 10만분의 22의 율을 곱한 금액으로 정합니다.
무엇이 고유목적사업에 쓴 것인지는 시행령이 정합니다. 법인세법 시행령 제56조 제5항은 고유목적사업을 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 수익사업 외의 사업으로 정합니다. 같은 조 제6항 제1호는 그 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용과 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 봅니다.
질문하신 법인은 이번 사업연도에 준비금 일부를 고유목적사업등이 아닌 용도에 썼으므로 제5항 제5호에 해당합니다. 제5항 제4호의 5년 미사용과는 별개의 사유이므로, 손금에 넣은 지 5년이 지나지 않았더라도 제5호 사유가 생긴 이번 사업연도의 익금이 됩니다. 익금에 넣는 금액은 남은 잔액 전부가 아니라 다른 용도에 쓴 그 금액입니다. 또 제7항이 제5호를 이자상당액 납부 사유로 들고 있으므로, 시행령 제56조 제7항의 방식으로 계산한 이자상당액을 이번 사업연도 법인세에 더해 내야 합니다.
법인세법 제29조 제9항은 준비금의 계상과 지출에 관한 명세서를 비치·보관하고 관할 세무서장에게 제출하도록 하고, 시행령 제56조 제9항은 법인세 신고와 함께 고유목적사업준비금조정명세서를 내도록 정합니다. 이번 사업연도 법인세를 신고할 때 다른 용도에 쓴 금액의 익금산입과 이자상당액을 함께 반영해야 합니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 11월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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