비영리법인 고유목적사업 지출, 어느 해 준비금부터 상계하나요?

Q

사단법인 형태의 비영리법인입니다. 지난 몇 개 사업연도 동안 매년 고유목적사업준비금을 손비로 계상해 손금에 넣어 왔습니다. 이번 사업연도에 고유목적사업에 큰돈을 썼는데, 이 지출을 어느 사업연도에 쌓은 준비금에서 쓴 것으로 봐야 하나요? 또 이번에 쓴 금액이 직전 사업연도 말에 남아 있던 준비금 잔액보다 많다면 넘는 부분은 어떻게 보나요?

A
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고유목적사업에 쓴 금액은 먼저 계상한 사업연도의 준비금부터 차례로 상계합니다. 그리고 쓴 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 준비금 잔액을 넘으면, 넘는 금액은 이번 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 봅니다. 법인세법 제29조 제1항은 비영리내국법인이 고유목적사업이나 법인세법이 정한 일반기부금(이하 고유목적사업등)에 지출하기 위해 결산 때 고유목적사업준비금을 손비로 계상하면 정해진 범위에서 손금에 산입한다고 정합니다. 법인세법 시행령 제56조 제5항은 고유목적사업을 그 법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 수익사업 외의 사업으로 정하고, 같은 조 제6항 제1호는 고유목적사업 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용과 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 봅니다. 법인세법 제29조 제3항 전단은 제1항에 따라 준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있으면 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계하여야 한다고 정합니다. 후단은 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 준비금 잔액을 초과하면 그 초과 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다고 정합니다. 질문하신 법인은 여러 사업연도에 걸쳐 준비금을 손금에 넣어 왔으므로, 이번 지출은 그중 가장 먼저 계상한 사업연도의 준비금부터 차례로 상계합니다. 가장 오래된 사업연도분이 모두 상계되면 그다음 사업연도분으로 넘어가는 순서입니다. 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재 잔액보다 많다면, 그 잔액은 모두 상계되고 넘는 금액은 이번 사업연도에 계상할 준비금에서 지출한 것으로 봅니다. 이 순서는 사후관리와도 이어집니다. 같은 조 제5항 제4호는 준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 않은 잔액을 익금에 산입하도록 정하고, 제7항은 이때 이자상당액을 그 사업연도 법인세에 더해 내도록 합니다. 이 기간은 손금에 산입한 사업연도마다 따지므로, 어느 사업연도분이 먼저 상계되었는지에 따라 각 사업연도분의 남은 잔액이 정해집니다. 같은 조 제6항도 5년 이내에 잔액 일부를 스스로 감소시켜 익금에 산입하는 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다고 정해, 같은 순서를 따릅니다. 같은 조 제9항은 준비금의 계상과 지출에 관한 명세서를 비치·보관하고 관할 세무서장에게 제출하도록 합니다. 법인세법 시행령 제56조 제9항은 법인세 과세표준 신고와 함께 고유목적사업준비금조정명세서를 내도록 정하고 있으니, 사업연도별 계상액과 상계 내역을 이 명세서에 맞게 담아 내셔야 합니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 11월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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