제조업을 하는 법인입니다. 얼마 전 관할 세무서에서 부가가치세 세무조사 통지를 받았는데, 통지서에는 지난 과세기간의 부가가치세가 조사 대상으로 적혀 있습니다. 자료를 준비하다가 그 과세기간에 거래처에 발급한 세금계산서 한 장의 공급가액을 착오로 잘못 적은 것을 발견했습니다. 지금이라도 수정세금계산서를 발급해 바로잡을 수 있는지 궁금합니다.
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착오로 잘못 적은 세금계산서는 원래 수정세금계산서로 바로잡을 수 있지만, 세무조사의 통지를 받은 경우로서 과세표준이나 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 그 발급 사유에서 빠집니다. 질문하신 분은 그 과세기간이 조사 대상으로 적힌 통지를 이미 받으셨으므로, 착오 수정 규정에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 없습니다. 그 과세기간의 세금계산서를 지금 스스로 고쳐 발급하는 것은 이 규정이 허용하는 방법이 아닙니다.
부가가치세법 제32조 제7항은 세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 발급 후 대통령령으로 정하는 사유가 생기면, 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 정합니다. 같은 법 시행령 제70조 제1항 제5호는 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우 처음 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 음의 표시를 하여 발급하고, 수정분은 검은색 글씨로 작성해 발급하도록 정합니다. 필요적 기재사항은 법 제32조 제1항 각 호가 정한 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일 등이고, 질문하신 공급가액도 그중 하나입니다. 잘못 적힌 원인을 착오라고 하셨으므로 제5호가 문제되는 조항입니다.
다만 제5호 괄호는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우를 제외합니다. 가목은 세무조사의 통지를 받은 경우, 나목은 세무공무원이 과세자료 수집이나 민원 처리를 위해 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우, 다목은 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우, 라목은 그 밖에 이와 유사한 경우입니다. 세무조사 통지가 아니라 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우였더라도 다목에 해당해 같은 제외를 받습니다.
질문하신 경우 잘못 적은 세금계산서가 속한 과세기간의 부가가치세가 조사 대상으로 적힌 세무조사 통지를 받은 뒤에 착오를 발견했습니다. 이는 가목의 세무조사 통지를 받아 그 과세기간의 경정을 미리 알고 있는 상태이므로, 제5호에 따른 수정세금계산서 발급은 할 수 없습니다. 같은 조 제1항 제6호(착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우)와 제9호(세율을 잘못 적용한 경우)도 같은 제외 문구를 두고 있어, 이 조항들로 바꾸어 발급할 수도 없습니다. 제6호는 여기에 더해 공급일이 속하는 과세기간의 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내라는 기한도 두고 있습니다.
이 제외는 통지를 받은 뒤에 적용되는 것입니다. 세무조사 통지와 같은 가목부터 라목까지의 사정이 생기기 전이었다면 제5호의 절차대로 수정세금계산서를 발급할 수 있었습니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 11월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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