부가가치세 일반과세자로 가게를 운영합니다. 일반과세자인 인테리어 업체와 계약해 공사를 마치고 세금계산서를 받았습니다. 이후 공사 범위를 늘리면서 공급가액을 올리기로 업체와 합의하고, 추가 대금 550만 원(부가세 포함)을 계좌로 보냈습니다. 그런데 업체가 연락두절 상태가 되어 증액분 수정세금계산서를 발급해 주지 않습니다. 증액분을 매입자발행세금계산서로 발행해 매입세액 공제를 받을 수 있는지 궁금합니다.
가능합니다. 공급 계약이 변경되었는데 공급자가 수정세금계산서를 발급하지 않은 경우도 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있는 경우에 포함됩니다. 관할 세무서장의 거래사실 확인을 받아 발행하면, 그 세금계산서에 적힌 부가가치세액은 공제받을 수 있는 매입세액으로 봅니다.
부가가치세법 제34조의2 제1항은 대통령령으로 정하는 사업자가 재화나 용역을 공급하고 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 않은 경우, 공급받은 자가 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다고 정합니다. 괄호는 사업자의 부도·폐업, 공급 계약의 해제·변경 또는 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우로서 사업자가 수정세금계산서를 발급하지 않은 경우를 포함합니다. 같은 법 시행령 제71조의2 제2항 제1호는 그 대통령령 사유로 공급자가 소재불명 또는 연락두절 상태인 경우를 듭니다. 같은 법 제34조의2 제2항은 매입자발행세금계산서에 적힌 부가가치세액을 공제받을 수 있는 매입세액으로 봅니다.
질문하신 경우 업체는 일반과세자로 세금계산서 발급의무가 있는 사업자이고(시행령 제71조의2 제1항), 공사 범위 변경으로 공급가액을 늘리기로 합의해 공급 계약이 변경되었는데 증액분 수정세금계산서를 발급하지 않았습니다. 이는 법 제34조의2 제1항 괄호의 '공급 계약의 변경'에 해당하고, 업체가 연락두절 상태라는 점은 시행령 제71조의2 제2항 제1호에도 해당합니다. 증액분 공급대가 550만 원은 같은 조 제4항의 거래건당 5만원 이상 요건도 충족합니다.
절차는 시행령 제71조의2가 정합니다. 제3항에 따라 해당 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 1년 이내에 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부해 신청인 관할 세무서장에게 신청해야 합니다. 제8항은 거래사실의 존재와 내용에 대한 입증책임을 신청인에게 둡니다. 제5항은 신청서에 공급자의 인적사항이 부정확하거나 기재방식에 흠이 있으면 신청일부터 7일 이내에 보정요구를 할 수 있도록 하고, 제9항은 공급자 관할 세무서장이 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실 여부를 확인해 통지하도록 정합니다. 거래사실 확인 통지를 받으면 제11항에 따라 확인된 거래일자를 작성일자로 하여 발행하고, 제13항에 따라 예정신고·확정신고 또는 경정청구 때 매입자발행세금계산서합계표를 제출하면 매입세액으로 공제받을 수 있습니다.
신청 기간 1년을 넘긴 것이 명백하면 제6항에 따라 확인이 거부되므로 기한을 먼저 확인하세요. 같은 항 제2호는 신청서 내용으로 보아 거래 당시 미등록사업자 또는 휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우도 거부 사유로 정하는데, 질문하신 업체는 공사와 증액 합의 당시 일반과세자로 등록한 사업자였습니다. 증액 합의 내용과 추가 대금 송금 내역은 거래사실을 입증하는 핵심 자료입니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 11월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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