수정수입세금계산서, 관세조사 뒤 세관 경정으로 낸 수입 부가가치세도 받나요?

받을 수 있습니다. 세관장이 관세법에 따라 과세표준이나 세액을 경정하는 경우, 수입하는 자에게 고발·통고처분, 부정한 행위에 의한 과소신고, 대통령령으로 정하는 중대한 잘못이 없으면 세관장은 수정수입세금계산서를 발급해야 합니다. 질문하신 사실관계는 이 제외 사유에 해당하지 않습니다. 먼저 어느 호의 문제인지 보겠습니다. 부가가치세법 제35조 제2항은 세관장이 수정수입세금계산서를 발급해야 하는 경우를 셋으로 나눕니다. 제1호는 세관장이 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 수정신고 등을 하는 경우, 제2호는 세관장이 결정 또는 경정하는 경우, 제3호는 관세조사 등으로 결정·경정될 것을 미리 알고 그 전에 수정신고하는 경우입니다. 질문하신 경우는 스스로 수정신고를 하지 않았고 세관장이 경정해 추징했으므로 제2호의 경우입니다. 부가가치세법 제35조 제2항 제2호는 관세법에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하는 경우 수정수입세금계산서를 발급하도록 하면서, 수입하는 자가 다음 각 목에 해당하지 않는 경우로 한정합니다. 가목은 관세법 제270조 등을 위반하여 고발되거나 통고처분을 받은 경우, 나목은 부정한 행위로 관세의 과세표준 또는 세액을 과소신고한 경우, 다목은 대통령령으로 정하는 중대한 잘못이 있는 경우입니다. 같은 법 시행령 제72조 제4항은 다목의 중대한 잘못으로 네 가지를 듭니다. 세관장이 요구한 과세가격 결정 자료를 기한까지 내지 않거나 거짓 자료를 낸 경우, 심사나 조사로 과소신고 오류를 통지받고도 다음 신고 때 그 오류를 반복한 경우, 보정신청 통지를 받고도 정당한 사유 없이 보정신청이나 수정신고를 하지 않은 경우, 서류나 과세자료에 중대한 하자가 있는 경우(수입자의 착오 또는 경미한 과실로 인한 경우는 제외)입니다. 질문하신 경우 고발이나 통고처분이 없고 부정한 행위로 과소신고했다는 지적도 없으므로 가목과 나목에 해당하지 않습니다. 자료는 기한 안에 냈고, 오류 반복이나 보정 통지 무시도 없으며, 누락은 직원의 착오에서 생긴 것이므로 다목의 네 가지에도 해당하지 않습니다. 따라서 세관장은 경정에 따라 추가로 징수한 부가가치세에 대해 수정수입세금계산서를 발급해야 합니다. 제2항은 '발급하여야 한다'고 정하므로 별도의 요청이 있어야 생기는 의무가 아닙니다. 세관장이 발급하지 않으면 법 제35조 제5항에 따라 같은 항이 정한 기간 안에 발급을 신청할 수 있습니다. 시행령 제72조 제6항은 신청서를 그 부가가치세를 징수한 세관장에게 내도록 하고, 제7항은 신청일부터 2개월 이내에 발급하거나 발급할 이유가 없다는 뜻을 통지하도록 정합니다. 발급 후 가목부터 다목까지의 사실이 드러나면 법 제35조 제3항에 따라 수정 전으로 되돌리는 수정수입세금계산서가 발급될 수 있습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.