관세법 위반 고발 뒤 무죄 확정, 수입 부가가치세 수정수입세금계산서 받나요?

Q

수입업을 하는 법인입니다. 수입신고 가격 문제로 관세법 제270조 위반(관세포탈) 혐의로 고발되었고, 세관장이 경정한 관세와 수입 부가가치세를 냈습니다. 그때는 고발 때문에 추가로 낸 부가가치세에 대한 수정수입세금계산서를 받지 못했습니다. 이후 형사재판에서 무죄 판결이 확정되었습니다. 이제라도 그 부가가치세에 대한 수정수입세금계산서를 받을 수 있는지 궁금합니다.

A
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받을 수 있습니다. 고발 때문에 수정수입세금계산서를 발급받지 못한 뒤 수입하는 자가 무죄 확정판결을 받으면, 세관장은 당초 결정·경정한 내용으로 수정수입세금계산서를 발급해야 합니다. 세관장이 발급하지 않으면 직접 발급을 신청할 수 있습니다. 부가가치세법 제35조 제2항 제2호는 관세법에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하는 경우 수정수입세금계산서를 발급하도록 하면서, 가목에서 관세법 제270조 등을 위반하여 고발되거나 통고처분을 받은 경우를 제외합니다. 같은 조 제4항은 세관장이 제2항 제2호 가목에 해당하여 수정수입세금계산서를 발급하지 않았거나 제3항에 따라 되돌리는 수정수입세금계산서를 다시 발급한 이후에 수입하는 자가 무죄 취지의 불기소 처분이나 무죄 확정판결을 받은 경우, 당초 세관장이 결정 또는 경정한 내용으로 수정수입세금계산서를 발급하여야 한다고 정합니다. 질문하신 경우 관세법 제270조 위반 혐의로 고발되어 가목에 해당했기 때문에 경정 당시 수정수입세금계산서를 받지 못했고, 이후 무죄 판결이 확정되었습니다. 이는 제4항이 정한 그대로의 상황이므로, 세관장은 당초 경정한 내용, 곧 추가로 징수한 부가가치세를 반영한 수정수입세금계산서를 발급해야 합니다. 제4항은 '발급하여야 한다'고 정하므로 세관장의 선택에 맡겨진 일이 아닙니다. 제4항은 처음부터 발급하지 않은 경우뿐 아니라, 제3항에 따라 이미 발급한 것을 수정 전으로 되돌리는 수정수입세금계산서를 발급한 경우도 함께 정합니다. 질문하신 분은 처음부터 받지 못한 경우에 해당합니다. 또 제4항은 무죄 확정판결뿐 아니라 무죄 취지의 불기소 처분을 받은 경우도 같이 정하고 있습니다. 또 같은 조 제6항은 이렇게 수정수입세금계산서를 발급한 세관장이 수정된 매출처별 세금계산서합계표를 세관 소재지 관할 세무서장에게 제출하도록 정합니다. 세관장이 발급하지 않는 경우에 대비한 절차도 있습니다. 같은 조 제5항은 수입하는 자가 제2항 또는 제4항에도 불구하고 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하지 않으면 같은 항이 정한 기간 안에 세관장에게 발급을 신청할 수 있다고 정합니다. 같은 법 시행령 제72조 제6항은 발급신청서를 해당 부가가치세를 징수한 세관장에게 제출하도록 하고, 제7항은 신청을 받은 날부터 2개월 이내에 발급하거나 발급할 이유가 없다는 뜻을 통지하도록 합니다. 제8항에 따라 이렇게 발급하는 수정수입세금계산서의 작성일은 발급결정일로 적고, 비고란에 최초 수입세금계산서 발급일 등을 덧붙여 적습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 11월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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