중소기업 취업자 감면 받는 직원, 연말정산 지방소득세는 감면 후 세액 기준인가요?

급여에서 떼는 개인지방소득세는 감면이 적용된 뒤의 소득세를 기준으로 그 10%를 뗍니다. 그리고 연말정산 때에는 연말정산으로 정해진 소득세 결정세액의 10%를 개인지방소득세로 다시 계산해, 그동안 뗀 지방소득세와의 차액을 더 떼거나 돌려줍니다. 근거는 지방세법 제103조의13제1항입니다. 소득세법 또는 조세특례제한법에 따른 원천징수의무자가 거주자로부터 소득세를 원천징수하는 경우, 원천징수하는 소득세의 100분의 10을 소득세 원천징수와 동시에 개인지방소득세로 특별징수하여야 합니다. 이때 기준이 되는 소득세에 대해 같은 항은 괄호로 "조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이를 적용한 소득세"라고 정하고 있습니다. 그리고 원천징수의무자가 개인지방소득세의 특별징수의무자가 됩니다. 연말정산은 지방세법 제103조의15제1항이 정합니다. 특별징수의무자가 소득세법에 따라 연말정산을 하는 경우 그 결정세액의 100분의 10을 개인지방소득세로 하고, 해당 과세기간에 이미 특별징수하여 납부한 지방소득세를 차감한 뒤 그 차액을 특별징수하거나 소득자에게 환급하여야 합니다. 소득세법 제137조제1항은 원천징수의무자가 연말정산 때 근로소득자의 과세기간 근로소득금액으로 과세표준과 산출세액을 계산하고, 이미 원천징수한 세액과 각종 세액공제를 빼서 추가로 낼 세액을 원천징수한다고 정하고, 같은 조 제2항은 초과액을 환급하도록 정합니다. 질문하신 경우에 대입해 보겠습니다. 회사는 조세특례제한법상 감면을 적용해 매달 소득세를 원천징수하고 있으므로, 지방소득세도 감면 전 소득세가 아니라 감면이 적용된 소득세의 10%로 떼는 것이 법이 정한 방식입니다. 연말정산에서 소득세가 줄어들었다면, 지방소득세도 연말정산 결정세액의 10%로 다시 계산됩니다. 그 금액이 그동안 뗀 지방소득세보다 적으면 차액은 회사가 환급하고, 많으면 차액을 더 뗍니다. 따로 구청에 신청하지 않아도 회사의 연말정산 절차 안에서 함께 맞춰집니다. 회사의 납부 의무도 함께 정해져 있습니다. 지방세법 제103조의13제2항은 특별징수의무자가 개인지방소득세를 특별징수하였을 경우 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지를 관할하는 지방자치단체에 납부하도록 정하고, 원천징수한 소득세를 반기별로 납부하는 경우에는 반기의 마지막 달의 다음 달 10일까지 납부할 수 있다고 정합니다. 따라서 직원이 지방소득세를 따로 신고하거나 내는 것이 아니라, 회사가 떼어 관할 지방자치단체에 내고 정산합니다. 다만 감면을 받을 수 있는 요건과 감면율, 감면 기간은 조세특례제한법에서 정하는 별도의 문제입니다. 이 답변은 감면이 적법하게 적용되고 있다는 전제에서 지방소득세 계산 방식만 설명한 것입니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.