오랫동안 보유한 상가를 파실 때 장기보유특별공제가 얼마나 적용되는지는 세액에 큰 영향을 줍니다. 다만 주택과 상가는 적용되는 공제표가 달라 기대보다 공제가 적을 수 있고, 주택과 상가를 함께 가진 분들이 가장 많이 오해하는 부분이기도 합니다. 먼저 '상가와 토지는 일반 공제표가 적용되어 최대 30%까지만 공제된다'는 점을 설명드립니다. ①소득세법 제95조에 따라 토지와 건물을 3년 이상 보유하면 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱한 장기보유특별공제를 적용합니다. ②일반 공제표는 3년 이상 보유 시 6%에서 시작해 1년마다 2%씩 늘어나 15년 이상이면 30%가 최대입니다. ③1세대1주택에 적용되는 최대 80% 공제표는 보유기간과 거주기간을 함께 반영하는 주택 전용 특례이므로, 1주택자라도 상가에는 적용되지 않습니다. ④따라서 20년 가까이 보유하셨더라도 상가는 30% 공제를 받게 되고, 15년을 넘긴 기간만큼 공제율이 더 오르지는 않습니다. 다음으로 '보유기간 계산과 함께 부가가치세, 기본공제도 점검해야 한다'는 점도 알아두셔야 합니다. ①상가를 증여받았다면 원칙적으로 증여받은 날부터 보유기간을 계산하지만, 배우자나 직계존비속에게 증여받은 뒤 일정 기간 안에 팔아 이월과세가 적용되면 증여자의 취득일부터 계산합니다. ②일반과세자인 임대사업자가 상가를 팔면 건물분 공급가액에 부가가치세가 과세되므로, 매수인이 임대업을 그대로 이어받는 포괄양수도에 해당하는지 먼저 확인하셔야 하고, 포괄양수도라면 부가가치세 없이 거래할 수 있습니다. ③양도소득에는 연 250만 원의 기본공제가 적용되며, 같은 해에 다른 부동산을 함께 팔면 한 번만 적용됩니다. 따라서 상가의 취득일과 취득 경위, 그동안의 자본적 지출 증빙을 정리하시고, 매매계약 전에 건물과 토지 가액의 구분과 부가가치세 처리 방식을 매수인과 정해 두시는 것이 좋습니다. 필요경비로 인정되는 중개수수료와 취득 당시 취득세 영수증도 미리 챙겨 두시기 바랍니다. 정리하면, 상가는 아무리 오래 보유해도 장기보유특별공제가 30%에서 멈추고 1주택자 특례도 적용되지 않으므로, 이를 전제로 세액을 미리 계산해 매도 시기와 조건을 정하셔야 합니다.