상가 임대차 계약서에 도장을 찍고 첫 부가가치세 신고를 맡긴 임대인이 세무대리인에게서 가장 자주 듣는 말이 있습니다. "보증금에 대한 부가세도 같이 내셔야 합니다." 월세 250만 원에 붙은 부가세 25만 원은 세금계산서를 발급하고 받았으니 이해가 되는데, 통장에 그대로 잠겨 있는 보증금 2억 원에 왜 세금이 붙는지, 그 돈은 누구에게 청구해야 하는지가 정리되지 않습니다. 임차인 쪽도 사정은 비슷합니다. "간주임대료 부가세 18만 원을 입금해 달라"는 문자를 받았는데, 세금계산서는 못 준다고 하니 매입세액공제도 안 됩니다.

이 글은 상업용 부동산(상가·사무실·창고) 임대에서 생기는 부가가치세만 다룹니다. 먼저 월세와 관리비 중 어디까지가 과세표준인지, 다음으로 보증금에 대한 간주임대료 계산식과 현재 적용되는 정기예금 이자율, 이어 간주임대료에 세금계산서를 발급할 수 있는지와 그 부가세를 누가 부담하는지, 마지막으로 계약서에 "부가세 별도" 문구가 빠져 있을 때 실무가 어떻게 갈리는지를 순서대로 짚겠습니다.

상담 사례

사례 ① 3월 중순에 입주한 카페, 일수 계산이 애매합니다
서울 마포구 1층 상가를 카페에 임대한 A씨는 보증금 2억 원, 월세 250만 원(부가세 별도) 조건으로 2026년 3월 16일부터 임대를 시작했습니다. 7월 확정신고를 준비하는데, 간주임대료를 6개월치로 잡아야 하는지 입주일부터 계산해야 하는지 판단이 서지 않습니다. 세무대리인은 "3월 16일부터 6월 30일까지 107일치만 잡으면 된다"고 합니다.

사례 ② 계약서에 "부가세 별도"가 없습니다
성남 지식산업센터 사무실을 임대한 B씨는 보증금 5,000만 원, "월 임대료 180만 원"으로만 적힌 계약서를 썼습니다. 부가세 별도인지 포함인지 표기가 없습니다. 임차인은 180만 원에 부가세가 포함된 금액이라 주장하고, B씨는 2기 확정신고 때 나올 간주임대료 부가세 약 7만 8천 원까지 임차인 몫이라고 봅니다.

결론부터 정리하면

• 상가·사무실 등 상업용 건물 임대는 부가가치세 과세 대상입니다. 면세인 주택 임대와 출발점이 다릅니다.
• 월세뿐 아니라 임대보증금에도 간주임대료라는 이름으로 부가세가 과세됩니다. 돌려줄 돈이라는 사실은 과세 여부와 무관합니다.
• 계산식은 임대보증금 × 과세대상기간 일수 × 정기예금 이자율 ÷ 365입니다(부가가치세법 시행령 제65조 제1항).
• 이자율은 부가가치세법 시행규칙 제47조에서 정하며, 2025년 3월 21일 시행된 개정으로 종전 연 3.5%에서 연 3.1%(1,000분의 31)로 인하되었고 이 글을 쓰는 2026년 8월 현재까지 그대로 유지되고 있습니다. 다만 이 이자율은 국세환급가산금 이자율 수준에 맞춰 매년 조정되므로 신고 직전에 다시 확인해야 합니다.
• 간주임대료에 대해서는 세금계산서를 발급할 수도, 발급받을 수도 없습니다. 부가가치세법 시행령 제71조에서 발급의무가 면제되어 있습니다.
• 따라서 임차인이 그 부가세를 부담해도 매입세액공제를 받지 못하며, 과세관청은 특약이 없으면 임대인이 부담하는 것이 원칙이고 당사자 약정이 있어야 임차인 부담으로 정할 수 있다고 해석해 왔습니다.

월세와 관리비, 어디까지가 과세표준인가

• 월 임대료 — 전액 과세표준입니다. 공급시기는 대가의 각 부분을 받기로 한 때, 즉 계약상 차임 지급일입니다. 입금 여부와 무관하게 그 시점에 발급해야 합니다.
• 임대인이 받는 관리비 — 청소·경비·공용부분 유지비처럼 임대용역에 부수해 임대인이 대가로 받는 관리비는 과세표준에 포함됩니다.
• 임차인 몫의 공공요금 — 전기·수도·가스요금처럼 임차인이 부담할 금액을 구분 징수해 납입만 대행하면 과세표준에서 제외하는 것이 원칙입니다. 관리비와 뭉뚱그려 받으면 전액이 과세표준으로 잡힐 위험이 큽니다.
• 보증금 — 원금 자체는 과세표준이 아니고, 아래의 간주임대료만 들어갑니다.

사례 ①의 A씨라면 월세 250만 원의 세금계산서는 매월 차임 지급일자로 발급하고, 관리비를 받는다면 전기·수도 실비를 구분해 표시해 두는 편이 안전합니다.

간주임대료 계산식과 일수 산정

• 기본 산식 — 보증금 × 해당 과세대상기간의 일수 × 3.1% ÷ 365(윤년은 366)
• 주택 방식과 혼동하지 않기 — 소득세법상 주택 간주임대료처럼 보증금에서 3억 원을 빼거나 60%를 곱하는 절차는 상가 부가가치세에는 없습니다. 보증금 전액에 위 산식을 그대로 적용합니다.
• 일수의 기준 — 6개월을 일률적으로 넣는 것이 아니라 그 과세기간 중 실제로 보증금을 보유한 날수만 계산합니다. 기산일은 임대용역이 개시된 날이며, 중도 입주·중도 퇴거·보증금 증감이 있으면 구간을 나눠 각각 계산합니다.
• 공급시기 — 간주임대료는 월세와 달리 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일이 공급시기입니다. 그래서 매달이 아니라 신고 때 한 번에 반영됩니다.
• 겸용건물 — 주택과 상가가 섞였다면 면세인 주택분과 과세인 상가분으로 보증금을 안분해 상가분에만 적용합니다.
• 신고 방법 — 부가세 신고서의 기타(정규영수증 외) 매출분에 반영하고, 부동산임대공급가액명세서를 함께 제출합니다.

사례 ①에 대입해 보겠습니다. 2026년 3월 16일부터 6월 30일까지는 107일이고 2026년은 윤년이 아니므로, 2억 원 × 107 × 3.1% ÷ 365 = 약 1,817,534원이 간주임대료이고 그 10%인 약 181,753원이 부가세입니다. 세무대리인의 설명대로 6개월이 아니라 107일치가 맞습니다. 사례 ②의 B씨는 2기 전체(7월 1일~12월 31일, 184일) 보증금을 보유했으므로 5,000만 원 × 184 × 3.1% ÷ 365 = 약 781,369원, 부가세는 약 78,136원입니다. 원 단위 절사 방식과 신고 프로그램 산출값은 함께 확인하시기 바랍니다.

간주임대료에는 세금계산서가 없습니다

• 발급의무 면제 — 부가가치세법 시행령 제71조에 따라 간주임대료 부분은 발급의무가 면제되며, 실무에서는 발급 자체가 인정되지 않는다고 봅니다.
• 매입세액공제 불가 — 세금계산서가 없으므로 임차인이 그 부가세를 부담해도 공제받을 수 없습니다. 순수한 비용 부담이 됩니다.
• 부담자별 처리 — 부담한 쪽의 사업 관련 비용으로 처리하는 것이 일반적이나, 손금·필요경비 산입 여부는 개별 상황에 따라 달라지므로 확인이 필요합니다.
• 증빙 — 세금계산서 대신 계약서상 부담 특약, 청구 내역, 이체 내역을 갖춰 두어야 다툼이 없습니다.

사례 ②에서 임차인이 "세금계산서를 주면 내겠다"고 버틴다면 임대인은 발급이 불가능한 항목이라는 점부터 설명해야 합니다. 다만 그 사실이 임차인의 지급 의무를 만들어 주지는 않습니다. 지급 의무는 어디까지나 계약에서 나옵니다.

"부가세 별도" 특약의 해석

• 명시가 있으면 그대로 — "월 임대료 250만 원(부가세 별도)"이라면 임차인이 25만 원을 추가 부담합니다. 다툼의 여지가 거의 없습니다.
• 명시가 없으면 — 그 금액에 부가세가 포함된 것으로 볼지는 당사자의 의사와 거래 관행을 따져 판단합니다. 해석이 갈릴 수 있으므로 계약 단계에서 확정해 두는 것이 유일한 예방책입니다.
• 간주임대료는 별개 쟁점 — 월세에 "부가세 별도"가 있다고 해서 간주임대료 부가세까지 당연히 임차인 부담이 되지는 않습니다. 과세관청은 특약이 없으면 임대인 부담이 원칙이라고 해석해 왔습니다.
• 권장 문구 — "간주임대료에 대한 부가가치세는 임차인이 부담하며, 이에 대하여는 세금계산서가 발급되지 아니함을 확인한다"처럼 부담 주체와 불발급 사실을 함께 적는 방식이 실무에서 쓰입니다.

이런 대응은 오히려 위험합니다

• 보증금은 돌려줄 돈이니 매출이 아니라고 보아 간주임대료를 신고에서 빼는 경우 — 신고누락으로 본세와 가산세가 함께 부과될 수 있습니다.
• 임차인이 요구한다고 간주임대료에 세금계산서를 발급하는 경우 — 발급 대상이 아닌 거래여서 사실과 다른 세금계산서 문제로 번질 수 있습니다.
• 임차인이 간주임대료 부가세를 안 낸다고 월세 세금계산서 발급을 미루는 경우 — 발급시기를 넘기면 임대인에게 지연발급 가산세가 붙습니다. 별개의 문제로 다뤄야 합니다.
• 구두로만 "부가세는 세입자가 낸다"고 합의하고 계약서에 남기지 않는 경우 — 임차인이 바뀌거나 관계가 틀어지면 회수 근거가 사라집니다.
• 예전 이자율 3.5%를 그대로 써서 계산하는 경우 — 과다 신고로 임대인이 손해를 봅니다. 반대로 인상 시점을 놓치면 과소 신고가 됩니다.
• 주택임대소득 계산기를 그대로 쓰는 경우 — 보증금에서 3억 원을 빼는 주택 방식으로 계산하면 상가는 과소 신고가 됩니다.

자주 묻는 질문

Q. 간이과세자인 상가 임대인도 간주임대료를 신고해야 하나요?
간이과세자도 부동산 임대 공급대가에 간주임대료를 포함해 계산합니다. 다만 세액 계산 구조와 업종별 부가가치율이 일반과세자와 달라 실제 부담액에는 차이가 납니다.

Q. 임차인이 보증금을 중도에 5,000만 원 올렸습니다. 어떻게 계산하나요?
증액 전 기간은 종전 보증금으로, 증액 후 기간은 늘어난 보증금으로 각각 일수를 나눠 계산한 뒤 합산합니다. 부동산임대공급가액명세서에도 구간을 나눠 기재해야 합니다.

Q. 렌트프리로 월세를 안 받는 기간에도 간주임대료가 나오나요?
월세를 받지 않더라도 보증금을 보유하고 있다면 그 기간의 간주임대료는 계산 대상입니다. 렌트프리라는 이유로 사라지지 않습니다. 특수관계인 사이의 무상·저가 임대는 별도의 부당행위계산 문제가 생길 수 있습니다.

Q. 임대인이 간주임대료 부가세를 청구하지 않으면 임차인은 이득인가요?
지출이 없으니 임차인에게는 이득입니다. 매입세액공제도 되지 않는 항목이라 부담을 자청할 이유가 없습니다. 반대로 임대인은 회수 근거를 계약서에 남기지 않으면 그대로 떠안게 됩니다.

Q. 상가를 빌려서 다시 임대하는 전대의 경우도 같나요?
다릅니다. 전대는 과세표준 계산 방식이 별도로 규정되어 있어, 받은 전대보증금에서 본인이 임차하면서 지급한 보증금을 차감한 금액을 기준으로 계산하는 구조입니다. 임차한 부동산 중 일부를 직접 자기 사업에 쓰는 경우에는 차감액을 다시 안분해야 하므로, 일반 임대와 똑같이 계산하면 오류가 납니다.

체크리스트

• 계약서에 월 임대료의 부가세 별도 여부가 명시되어 있는지 확인합니다.
• 계약서에 간주임대료 부가세의 부담 주체와 세금계산서 불발급 사실이 적혀 있는지 확인합니다.
• 신고 직전에 부가가치세법 시행규칙 제47조의 정기예금 이자율이 개정되지 않았는지 확인합니다.
• 과세기간 중 입주일·퇴거일·보증금 증감일을 정리해 일수를 구간별로 산정합니다.
• 관리비 청구서에서 전기·수도 등 실비 대행분을 임대인 몫 관리비와 구분해 표기합니다.
• 월세 세금계산서를 계약상 차임 지급일 기준으로 제때 발급했는지 점검합니다.
• 부동산임대공급가액명세서를 함께 제출했는지, 그 내역이 실제 계약과 일치하는지 대조합니다.

간주임대료는 오래된 규정이지만, 세금계산서가 발급되지 않는다는 한 가지 특성 때문에 임대인과 임차인이 매번 같은 자리에서 부딪칩니다. 갈등의 대부분은 계약서 한 줄로 예방할 수 있습니다. 신규 계약이나 갱신을 앞두고 계시다면 임대료 협상과 함께 부가세 부담 조항을 문서로 확정해 두시기 바랍니다.

※ 이 글은 일반적인 세무 정보를 제공하기 위한 것으로, 개별 사안에 대한 전문적 세무 조언이 아닙니다. 간주임대료 이자율과 과세표준 계산 규정은 개정될 수 있고 겸용건물·전대차·특수관계인 거래는 별도의 판단이 필요하므로, 실제 신고 전 세무사와 상담하시기 바랍니다.