스타트업에 합류하면서 받은 스톡옵션이 2년을 채워 행사할 수 있게 되었고, 그사이 회사 가치도 크게 올랐습니다. 그런데 행사하는 순간 아직 팔지도 않은 주식에 세금이 붙는다는 말을 듣고 망설이는 분이 많습니다. 해외 모회사의 RSU(양도제한조건부주식)를 받은 외국계 법인 직원도 비슷합니다. 계좌에 주식이 들어왔을 뿐 현금은 받지 않았는데 신고할 소득이 생깁니다. 주식으로 받는 보상은 받을 때 한 번, 팔 때 한 번 과세되는 두 단계 구조이고, 첫 단계를 놓치면 가산세가 붙습니다.

이 글에서는 스톡옵션 행사이익과 RSU 지급분이 근로소득으로 먼저 과세되고 주식을 팔 때 다시 과세되는 구조를 정리합니다. 이어서 벤처기업 임직원에게만 주어지는 연 2억원·누적 5억원 비과세 특례의 요건과 2027년 12월 31일까지 부여받은 분이라는 기한, 비과세 한도를 넘는 세금을 5년에 나눠 내는 분할납부 특례, 행사할 때는 과세하지 않고 팔 때 양도소득으로 과세하는 적격주식매수선택권 과세특례를 어떤 기준으로 고를지 살펴봅니다.

상담 사례

사례 ① 행사를 앞둔 비상장 벤처기업 직원
A씨는 벤처기업확인을 받은 비상장 스타트업의 개발자입니다. 2023년 3월 벤처기업육성에 관한 특별법에 따른 주주총회 결의를 거쳐 주식 1만 주를 주당 5,000원에 살 수 있는 스톡옵션을 받았고, 부여 당시 주식의 시가도 5,000원이었습니다. 2026년 10월 현재 최근 투자 유치 단가는 주당 4만원입니다. 지금 전부 행사하면 행사이익은 3억 5,000만원이고, 행사가액 합계는 5,000만원입니다. 연봉은 7,000만원이고 지분율은 1%가 되지 않습니다. 회사가 아직 상장하지 않아 주식을 팔 길이 없는데, 올해 안에 전부 행사해도 되는지 고민하고 있습니다.

사례 ② 해외 모회사 RSU를 받은 외국계 법인 직원
B씨는 미국 상장회사의 국내 자회사에 다닙니다. 2026년 3월 모회사의 RSU 400주가 가득되어 미국 증권 계좌에 입고되었고, 지급일 주가는 주당 150달러였습니다. 환율 1,400원으로 단순 환산하면 8,400만원입니다. 8월에는 이 중 200주를 주당 170달러에 팔았습니다. 회사가 발급한 근로소득 원천징수영수증에는 RSU가 빠져 있었고, B씨는 주식으로 받았으니 판 부분만 신고하면 되고 스톡옵션처럼 2억원까지 비과세가 될 것이라고 생각하고 있습니다.

결론부터 정리하면

• 첫 과세는 행사·지급 시점입니다 — 재직 중 스톡옵션을 행사해 얻은 이익과 지급받은 RSU의 가치는 팔지 않았더라도 근로소득으로 과세됩니다. 퇴직 후 행사하면 기타소득으로 바뀝니다.
• 팔 때는 그 이후 오른 부분만 과세됩니다 — 행사로 취득한 주식의 취득가액은 행사 당시 시가이므로 같은 이익에 두 번 과세되지는 않습니다. 계좌에 행사가격이 취득단가로 남아 있으면 바로잡아야 합니다.
• 벤처기업 스톡옵션은 연 2억원까지 비과세입니다 — 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 분이 대상이며, 한 벤처기업에서 비과세받을 수 있는 누적 한도는 5억원입니다.
• 한도를 넘는 세금은 5년에 나눠 낼 수 있습니다 — 행사한 달의 다음 달 5일까지 회사에 신청하면 원천징수 없이 확정신고 때 5분의 1씩 냅니다.
• 팔 때까지 과세를 미루는 선택지도 있습니다 — 적격주식매수선택권은 행사일 전날까지 신청해야 하고, 행사일부터 1년 안에 팔면 혜택이 사라집니다.
• RSU에는 벤처 특례가 적용되지 않습니다 — 현행 특례는 모두 주식매수선택권만 대상으로 하므로, 해외 모회사 RSU는 지급분 전액이 과세됩니다.

행사·지급 시점에 먼저 근로소득으로 과세되는 구조

• 재직 중 행사 — 소득세법 시행령은 임원이나 종업원이 해당 법인 또는 특수관계에 있는 법인에서 받은 주식매수선택권을 근무 기간 중 행사해 얻은 이익을 근로소득으로 정합니다. 이익은 행사 당시 시가에서 실제 매수가액(행사가격)을 뺀 금액입니다.
• 퇴직 후 행사 — 퇴직 전에 받은 스톡옵션을 퇴직 후 행사하거나 고용관계 없이 받아 행사한 이익은 소득세법상 기타소득입니다.
• RSU — 부여 단계에서는 과세하지 않고, 근무 기간 등 조건이 충족되어 주식이 실제로 지급되는 때 그 시가를 근로소득으로 봅니다. 성과에 따라 주식으로 받는 상여에 가깝기 때문입니다.
• 현금이 없어도 원천징수 — 회사는 행사이익을 급여와 같이 원천징수해야 합니다. 비상장주식이면 팔아서 세금을 낼 수 없으니 세액만큼 현금을 따로 마련해야 합니다.
• 비상장주식의 시가 — 거래 실례가 있으면 그 가액을, 없으면 세법상 평가 방법으로 산정한 가액을 씁니다. 회사가 어떤 가액을 적용했는지 확인해야 합니다.

사례 ①의 A씨가 올해 1만 주를 모두 행사하면 행사이익은 (4만원 − 5,000원) × 1만 주 = 3억 5,000만원입니다. 특례가 없다면 이 금액 전부가 연봉 7,000만원에 더해져 근로소득 과세표준이 크게 늘고, 2026년 현재 종합소득세율 기준으로 늘어난 부분의 상당액이 35~40% 구간에 걸립니다. 지방소득세까지 더하면 추가 세액이 억 단위에 이를 수 있고, 상장 전이라 그 돈은 현금으로 마련해야 합니다. 다음 절의 비과세 특례가 출발점인 이유입니다.

벤처기업 비과세 특례 — 연 2억원, 누적 5억원

• 대상자 — 벤처기업 또는 벤처기업이 발행주식 총수의 30% 이상을 인수한 기업의 임원이나 종업원입니다(조세특례제한법 제16조의2).
• 대상 스톡옵션 — 벤처기업육성에 관한 특별법에 따라 부여받은 것이 원칙입니다. 상법에 따라 부여받은 것은 코넥스상장기업에서 받은 경우만 포함됩니다. 같은 벤처기업이라도 상법 절차로만 부여했다면 대상에서 빠질 수 있습니다.
• 부여 기한 — 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 스톡옵션이 대상입니다. 행사일이 아니라 부여일이 기준이므로 2027년까지 받아 두었다면 행사는 그 뒤에 해도 됩니다.
• 한도 — 행사이익 중 연간 2억원 이내는 소득세를 매기지 않습니다. 다만 비과세받는 행사이익은 벤처기업별로 누적 5억원을 넘을 수 없습니다. 누적 한도는 2023년 1월 1일 이후 행사분부터 셉니다.
• 퇴직 후 행사 — 임직원으로 재직할 때 받은 스톡옵션이라면 퇴직 후 행사해도 특례가 적용됩니다.
• 절차 — 회사가 비과세특례적용명세서를 행사일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 세무서에 제출합니다. 또 2025년 시행령 개정으로 회사는 행사로 받은 주식이 들어간 증권 계좌의 금융회사에 행사 당시 시가 정보를 알려 주어야 하므로, 계좌의 취득단가가 그 시가로 잡혔는지 확인해 볼 수 있습니다.

연간 한도는 해마다 새로 생기므로, 사례 ①의 A씨는 행사 시기를 나누는 것만으로 결과가 크게 달라집니다. 2026년 12월에 5,700주를 행사하면 행사이익은 1억 9,950만원으로 연 2억원 안에 들어갑니다. 나머지 4,300주를 2027년 1월 이후 행사하면 시가가 4만원 그대로일 때 1억 5,050만원이고, 주가가 5만원까지 오르더라도 1억 9,350만원이라 그해 한도 안에 들어갑니다. 두 해의 합계도 누적 5억원보다 적어 행사이익 전부가 비과세됩니다. 반대로 올해 한꺼번에 행사하면 1억 5,000만원이 근로소득으로 과세됩니다. 행사 기간과 회사의 행사 절차가 이런 분할을 허용하는지 먼저 확인해야 합니다.

비과세 한도를 넘는 세금은 5년에 나눠 냅니다

• 대상 — 2027년 12월 31일 이전에 벤처기업육성에 관한 특별법이나 상법에 따라 부여받은 스톡옵션의 행사이익 중 비과세되지 않는 부분입니다(조세특례제한법 제16조의3).
• 효과 — 회사는 원천징수를 하지 않고, 본인은 행사한 해의 소득을 다음 해 5월 종합소득 확정신고에 포함해 신고합니다. 이때 행사이익 관련 세액의 5분의 1만 내고, 나머지는 이후 4년 동안 확정신고 때 4분의 1씩 냅니다.
• 관련 세액 계산 — 행사이익을 포함한 결정세액에서 행사이익을 뺀 결정세액을 차감한 금액입니다. 행사이익 때문에 늘어난 세금만 나눠 낸다는 뜻입니다.
• 신청 기한 — 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 특례적용신청서를 회사에 냅니다. 기한을 놓쳤다면 다음 해 5월 확정신고 때 신청서를 세무서에 직접 내는 길이 남아 있습니다.
• 제외되는 경우 — 행사가격과 시가의 차액을 주식이 아니라 현금으로 받는 방식이라면 적용되지 않습니다.
• 출국할 때 — 분할 기간 중 해외로 이주해 출국하면 출국 전에 신고해야 하는 소득세법 규정이 준용되므로 남은 세액의 처리 방법을 미리 확인해야 합니다.

A씨가 사정상 올해 전부 행사해야 한다면 비과세되지 않는 1억 5,000만원에 이 특례를 쓸 수 있습니다. 행사하는 달의 다음 달 5일까지 회사에 신청하면 회사는 원천징수를 하지 않고, A씨는 2027년 5월 확정신고 때 늘어난 세액의 5분의 1만 냅니다. 나머지는 2028년부터 2031년까지 매년 5월에 나눠 냅니다. 세금 총액은 줄지 않지만 상장이나 매각처럼 현금화할 기회가 올 때까지 시간을 벌 수 있습니다.

행사할 때 내지 않고 팔 때 내는 선택 — 적격주식매수선택권

• 대상 스톡옵션 — 2027년 12월 31일 이전에 벤처기업육성에 관한 특별법에 따라 부여받은 것으로서, 주주총회 결의를 거쳐 약정하고, 다른 사람에게 양도할 수 없으며, 주주총회 결의일부터 2년 이상 재직한 후 행사하는 것이어야 합니다(조세특례제한법 제16조의4). 행사할 때 회사가 더 이상 벤처기업이 아니더라도 특례는 적용됩니다.
• 제외되는 사람 — 주주총회 결의일 현재를 기준으로, 스톡옵션을 모두 행사하면 지분이 10%를 넘게 되는 사람, 지배주주에 해당하는 사람, 지분 10% 초과 주주와 그 친족 등은 대상이 아닙니다.
• 행사가액 한도 — 행사일부터 거꾸로 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 행사일이 속하는 과세기간까지의 행사가액 합계가 5억원 이하여야 합니다. 시가가 아니라 행사가격 기준입니다.
• 신청 — 행사일 전날까지 특례적용신청서와 주식매수선택권 전용계좌 개설확인서를 회사에 내야 합니다. 행사한 뒤에는 이 특례를 고를 수 없습니다.
• 과세 방식 — 행사할 때는 소득세를 매기지 않고, 그 주식을 팔 때 양도소득으로 과세합니다. 상장 후 소액주주가 장내에서 팔더라도 이 특례를 고른 주식은 과세됩니다. 양도소득금액은 양도가액에서 행사가격과 부여 당시 시가 중 큰 금액을 빼고, 비과세 특례를 받은 금액을 다시 뺀 금액입니다.
• 혜택이 사라지는 경우 — 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 팔면(회사 파산·회생·합병 등 예외 제외), 행사가액 합계가 5억원을 넘으면, 전용계좌로 다른 주식을 거래하면 근로소득이나 기타소득으로 과세됩니다.
• 회사 쪽 사정 — 이 특례가 적용되면 회사는 행사 관련 비용을 손금에 넣을 수 없고 자료 제출 의무도 생기므로 사전에 협의해야 합니다.

사례 ①에서 A씨가 올해 전부 행사하면서 이 특례를 신청하면 비과세 2억원을 넘는 1억 5,000만원은 행사 때 과세되지 않습니다. 나중에 주당 4만원에 판다면 양도가액 4억원에서 행사가격 5,000만원과 비과세액 2억원을 뺀 1억 5,000만원이 양도소득이 됩니다. 양도 당시 중소기업 주식이고 A씨가 대주주가 아니라면 2026년 현재 세율 기준으로 10%(지방소득세 별도)가 적용되어 근로소득으로 낼 때보다 세 부담이 훨씬 가볍습니다. 주가가 떨어지면 실제로 판 금액 기준으로만 과세된다는 점도 장점입니다. 대신 행사일부터 1년 안에 팔면 특례가 깨지고, 그 사이 상장되어 회사가 중소기업에서 벗어나면 세율이 달라질 수 있습니다. 두 해에 나눠 행사해 전액 비과세가 가능하다면 이 특례가 필요 없을 수도 있습니다.

해외 모회사 RSU는 신고 경로부터 확인합니다

• 원천징수 여부 — 국외 외국법인이 직접 지급하는 근로소득은 원천징수 대상에서 빠집니다. 국내 법인이 비용을 부담해 급여에 반영하면 원천징수되기도 하므로 원천징수영수증부터 봅니다.
• 원천징수되지 않았다면 — 납세조합에 가입해 매달 내거나, 다음 해 5월 종합소득 확정신고 때 국내 급여와 합산해 직접 신고합니다.
• 과세관청은 알고 있습니다 — 국외 지배주주인 외국법인이 국내 법인 임직원에게 스톡옵션 행사나 주식기준보상 지급을 하면, 국내 법인은 다음 연도 3월 10일까지 거래명세서를 세무서에 내야 합니다.
• 금액 환산 — 지급일의 주가와 수량에 그날의 환율을 적용해 원화로 바꿉니다.
• 벤처 특례 없음 — 2026년 10월 현재 시행 중인 조세특례제한법의 벤처 특례 세 가지는 모두 주식매수선택권을 대상으로 하며, RSU에 대한 별도의 비과세나 과세이연 특례는 없습니다.
• 팔 때 — 해외 주식이므로 2026년 현재 기준으로 연 250만원 기본공제 뒤 20%(지방소득세 포함 22%)로 과세되고, 다음 해 5월에 신고합니다. 이미 근로소득으로 과세된 지급 당시 가액을 취득가액으로 잡아야 이중 과세를 피할 수 있습니다.

사례 ②의 B씨는 두 가지를 바로잡아야 합니다. 첫째, 판 200주만이 아니라 지급받은 400주 전체, 약 8,400만원이 2026년 근로소득입니다. 원천징수영수증에 빠져 있으므로 2027년 5월 확정신고 때 국내 급여와 합산해 신고해야 합니다. 모회사가 국외 지배주주라면 국내 법인이 거래명세서를 내므로 지급 내역은 과세관청에 드러나고, 신고를 빠뜨리면 신고 관련 가산세와 납부지연가산세가 붙습니다. 둘째, 판 200주의 취득가액은 0원이 아니라 지급 당시 주가 150달러입니다. 같은 환율로 단순 계산하면 양도차익은 560만원, 기본공제 250만원을 빼면 과세표준은 310만원이고 세액은 지방소득세를 포함해 약 68만원입니다. 실제 신고는 지급일과 양도일의 환율을 각각 적용합니다. 2억원 비과세는 벤처기업 스톡옵션 특례여서 B씨에게는 해당하지 않습니다.

이런 대응은 오히려 위험합니다

• 팔지 않았으니 아직 소득이 아니라고 보는 것 — 스톡옵션은 행사할 때, RSU는 지급받을 때 이미 근로소득입니다.
• 비과세 한도를 생각하지 않고 한 해에 몰아서 행사하는 것 — 연 2억원을 넘는 부분은 근로소득으로 과세되고, 지나간 해의 한도는 다시 쓸 수 없습니다.
• 행사한 뒤에 적격주식매수선택권 특례를 신청하려는 것 — 행사일 전날까지 신청서와 전용계좌를 갖춰야 하며 사후 신청은 받아 주지 않습니다.
• 적격 특례를 고른 뒤 1년 안에 팔거나 전용계좌로 다른 종목을 거래하는 것 — 특례가 깨져 근로소득으로 과세됩니다.
• 양도할 때 취득가액을 행사가격이나 0원으로 신고하는 것 — 이미 과세된 이익에 양도소득세를 한 번 더 내게 됩니다.

자주 묻는 질문

Q. 퇴사한 뒤에 행사해도 비과세 특례를 받을 수 있나요?
받을 수 있습니다. 벤처기업 임직원으로 재직할 때 부여받은 스톡옵션이라면 퇴직 후 행사분도 연 2억원 비과세 대상입니다. 다만 소득 구분이 근로소득에서 기타소득으로 바뀌고, 퇴사 후에도 행사할 수 있는지는 부여계약과 정관에 따라 정해지므로 세금과 별개로 확인해야 합니다.

Q. 2028년에 부여받는 스톡옵션도 비과세가 되나요?
현행법은 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 분만 대상으로 합니다. 이 특례는 기한이 여러 차례 연장되어 왔지만 다시 연장될지는 그때의 법 개정에 달려 있습니다.

Q. 비과세받은 주식을 팔 때 세금이 다시 붙나요?
행사 당시 시가가 취득가액이 되므로 비과세된 이익에는 다시 과세하지 않고, 그 뒤에 오른 부분만 과세됩니다. 상장주식을 소액주주로서 장내에서 팔면 현재는 양도소득 과세 대상이 아니지만, 적격주식매수선택권 특례를 고른 주식은 상장 여부와 관계없이 과세됩니다.

체크리스트

• 부여계약서와 주주총회 결의서에서 근거 법률(벤처기업육성에 관한 특별법인지 상법인지), 부여일, 행사가격, 행사기간을 확인합니다.
• 부여 당시 회사가 벤처기업확인을 받은 상태였는지 확인서의 유효기간으로 확인합니다.
• 행사 가능한 수량에 (현재 시가 − 행사가격)을 곱해 행사이익을 계산하고, 연 2억원과 누적 5억원에 맞춰 행사를 몇 해에 나눌지 정합니다.
• 팔 때까지 과세를 미루려면 행사일 전날까지 특례적용신청서와 전용계좌 개설확인서를 회사에 냅니다.
• 비과세를 넘는 행사이익을 나눠 내려면 행사한 달의 다음 달 5일까지 분할납부 신청서를 회사에 냅니다.
• 행사·지급 뒤 원천징수영수증에 행사이익과 비과세 금액이 제대로 반영됐는지, 증권 계좌의 취득단가가 행사 당시 시가로 잡혔는지 확인합니다.
• 해외 모회사 RSU는 지급일·수량·주가·환율을 정리하고, 원천징수되지 않았다면 다음 해 5월 확정신고에 포함합니다.

스톡옵션과 RSU의 세금은 주식을 팔 때가 아니라 행사하거나 지급받을 때 대부분 결정됩니다. 벤처기업 스톡옵션이라면 연간 한도에 맞춰 행사 시기를 나누는 것만으로 세금이 크게 달라지고, 적격 특례는 행사 전날까지, 분할납부는 행사한 달의 다음 달 5일까지 신청해야 하므로 어느 쪽을 쓸지는 행사 전에 정해 두어야 합니다. 부여계약서와 벤처기업확인서, 예상 시가를 함께 놓고 몇 해에 걸쳐 어떤 특례를 쓸지 미리 계산해 두는 것이 가장 확실한 대비입니다.