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간이과세자에서 일반과세자로 전환됐는데 남은 재고 매입세액도 다시 공제받을 수 있나요?

Q

저는 소매업을 운영하는 간이과세자였는데 이번에 매출이 늘어 올해 7월 1일부터 일반과세자로 전환됐습니다. 간이과세자로 있을 때 매입한 상품 재고가 아직 꽤 남아있는데, 당시에는 매입세액을 온전히 공제받지 못했다고 들었습니다. 일반과세자로 바뀐 지금 이 재고자산에 대해 매입세액을 다시 공제받을 수 있는 제도가 있다고 하는데, 정확히 어떤 제도이고 어떻게 신청해야 하는지, 신고 기한은 언제까지인지 궁금합니다.

A
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일반과세자로 전환되셨군요. 재고 처리부터 확인해 드리겠습니다. ▶ 먼저 상황 정리 부가가치세법 제44조 제1항은 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우 그 변경 당시 보유하고 있는 재고품, 건설 중인 자산 및 감가상각자산에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제하도록 규정하고 있으며, 이렇게 공제되는 세액을 재고매입세액이라 합니다. 간이과세자로 있을 때는 매입세액 전액이 아니라 업종별 부가가치율을 곱한 일부 금액만 납부세액에서 차감되므로, 전환 시점에 남아 있는 재고에 대해서는 사실상 매입세액을 온전히 공제받지 못한 상태로 남게 됩니다. 이 차액을 전환 시점에 다시 계산해 매입세액으로 인정해 주는 것이 재고매입세액공제 제도입니다. ▶ 재고매입세액공제 신청 시 살펴야 할 쟁점 ① 공제 대상 자산의 범위 — 상품과 제품(반제품·재공품 포함), 원재료·부재료 같은 재고자산뿐 아니라 건설 중인 자산, 감가상각자산(건물·구축물은 취득 후 10년 이내분, 그 밖의 기계장치·비품 등은 2년 이내분)까지 공제 대상에 포함됩니다. 취득 시기가 오래된 자산일수록 경과된 과세기간만큼 공제액이 줄어드는 구조이므로 보유 자산 전체를 빠짐없이 파악해야 합니다. ② 신고 기한과 절차 — 부가가치세법 시행령 제86조에 따라 일반과세자로 변경되는 날 현재 보유 중인 재고품등의 명세를 작성한 '일반과세 전환 시의 재고품등 신고서'를 그 변경일이 속하는 과세기간의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 이 신고서를 제출하지 않으면 공제 자체가 원천적으로 불가능해지므로 기한을 놓치지 않는 것이 가장 중요합니다. ③ 세액 계산 방식 — 재고품은 재고금액에 10/110을 곱한 뒤 간이과세 당시 이미 반영된 부가가치율 상당액을 차감하는 방식으로 계산하고, 감가상각자산은 취득가액에 경과된 과세기간 수에 따른 상각률을 적용해 산정합니다. 실제 보유수량은 관할 세무서가 실지조사를 통해 확인하는 절차를 거칩니다. ▶ 현실적인 판단 첫째, 재고매입세액공제는 자동으로 적용되지 않고 반드시 신고서를 제출해야 공제받을 수 있는 신청주의 제도입니다. 전환 사실만으로 세무서가 알아서 계산해 공제해 주지 않습니다. 둘째, 신고서 제출 후 관할 세무서장이 재고금액을 조사·승인하여 공제될 재고매입세액을 결정·통지하는 절차를 거치므로, 실제 공제세액이 확정되기까지 다소 시일이 걸릴 수 있습니다. 셋째, 매입 사실을 증명할 자료가 남아 있어야 공제가 원활히 인정되므로, 간이과세자 시절 수취한 세금계산서·계산서·신용카드매출전표가 온전히 보관되어 있는지가 실무에서 가장 중요한 변수입니다. ▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 첫째, 일반과세자로 전환된 날 현재 보유 중인 상품·원재료·부재료 재고와 감가상각자산(비품, 기계장치, 인테리어 시설 등)의 수량과 취득가액을 즉시 실사하여 목록으로 정리해 두십시오. 둘째, 변경일이 속하는 과세기간의 직전 과세기간 확정신고 시 '일반과세 전환 시의 재고품등 신고서'를 함께 작성해 관할 세무서에 제출하고, 제출 후에는 세무서의 재고금액 조사·통지 결과를 반드시 확인하십시오. 셋째, 간이과세자 시절 수취한 세금계산서와 신용카드매출전표 원본 또는 국세청 전자 자료를 모두 확보해 두어, 재고매입세액 산정 근거로 즉시 제시할 수 있도록 준비해 두시기 바랍니다. ※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 정확한 판단을 위해서는 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.

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