지분만 사들였을 뿐인데 회사 명의 부동산에 대한 취득세까지 걱정해야 한다니 다소 당혹스러우실 텐데요, 실무에서도 이 부분을 놓치고 지나갔다가 뒤늦게 가산세까지 부담하는 사례가 적지 않습니다. ▶ 먼저 상황 정리 지방세법 제7조 제5항은 "법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다"고 규정합니다. 여기서 과점주주란 지방세기본법 제46조 제2호에 따라 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인의 소유주식 합계가 해당 법인 발행주식총수의 100분의 50을 초과하는 자들을 말합니다. 귀하처럼 매매로 지분율이 60%까지 올라가 이 요건을 충족했다면, 실제로 부동산을 매매로 취득한 사실이 없어도 법률상 그 부동산을 취득한 것으로 '간주'되어 취득세 납세의무가 발생합니다. 다만 법인 설립 당시 발행하는 주식을 취득해 과점주주가 된 경우는 이러한 간주취득에서 제외됩니다. ▶ 과점주주 간주취득세 판단 시 살펴야 할 쟁점 ① 특수관계인 지분까지 합산했을 때 실제로 50%를 초과하는지, 그 시점이 언제인지 ② 과세표준 산정 방식 - 일반 부동산 매매와 달리 지방세법 제10조의6 제4항에 따라 해당 법인이 보유한 부동산등의 총가액을 발행주식총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식수(지분율)를 곱해 계산한다는 점 ③ 적용 세율 - 지방세법 제11조 제1항의 일반 표준세율이 아니라 지방세법 제15조 제2항 제3호에 따른 중과기준세율(1천분의 20, 즉 2%)이 적용된다는 점 ▶ 현실적인 판단 첫째, 귀하는 기존에 과점주주가 아니었다가 이번 매수로 처음 50%를 넘어 과점주주가 되셨으므로, 지방세법 시행령 제11조 제1항에 따라 최초로 과점주주가 된 날 현재 보유한 주식 전부(60%)를 취득한 것으로 보아 과세표준이 산정됩니다. 35%에서 60%로 늘어난 증가분만 계산하는 것이 아니라는 점에 유의하셔야 합니다. 둘째, 세율은 유상거래에 따른 부동산 취득세(통상 4% 내외)가 아니라 중과기준세율인 2%(농어촌특별세 0.2% 별도 부가)가 적용되므로, 일반적인 부동산 매매취득세보다는 세부담이 낮게 계산됩니다. 셋째, 추가 지분 매입으로 비율이 더 늘어나면 시행령 제11조 제2항 본문에 따라 그 증가분만 과세됩니다. 과점주주 지위를 유지한 채(50% 아래로 내려간 적 없이) 지분율이 일시 줄었다 다시 늘어도 종전 최고비율(60%)을 넘지 않으면 같은 항 단서에 따라 과세되지 않으며, 지위를 완전히 상실했다가 재취득한 경우에는 제3항에 따라 종전 최고비율 초과분만 과세됩니다. ▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 첫째, 과점주주가 된 날로부터 60일 이내에 취득세를 신고·납부하셔야 합니다. 이미 그 기한이 지난 상태라면 가산세 부담을 줄이기 위해서라도 기한후신고를 서둘러 진행하시는 것이 좋고, 자진신고 시기가 빠를수록 무신고가산세 감면 폭도 커집니다. 둘째, A사가 보유한 부동산등의 시가표준액, 발행주식총수, 귀하가 실제 취득한 주식수를 먼저 확인해 정확한 과세표준을 산출해 두셔야 합니다. 신고가 없거나 신고가액이 낮으면 관할 지자체가 법인 장부상 자산총액을 기초로 직권 산정할 수 있습니다. 셋째, 배우자나 친족 등 특수관계인이 A사 주식을 함께 보유하고 있다면 그 지분까지 합산해 과점주주 여부와 시점이 달라지지 않는지도 함께 점검하셔야 정확한 세액이 나옵니다. ※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 정확한 판단을 위해서는 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.