시점을 보았을 때 민사소송은 관할 노동청에서 체불금품확인원이 발급되었거나, 질문자께서 근로감독관 앞에서 작성한 합의서 등을 증거로 시작하였을 가능성이 높아 보입니다. 노동사건의 대응을 위하여는 노동청 단계에서 강하게 대응하였어야 합니다. 형사사건에서의 대응은 용이하지는 않은 상황으로 보입니다. 다소 늦긴 하였으나, 지금이라도 신속히 대응하셔야 합니다. 질문내용만으로는 어떤 상황인지 정확한 판단이 어려우므로, 가급적 조기에 관련자료와 함께 법률전문가의 상담을 받으시길 권해드립니다. 질문하신 것처럼 노동청 단계에서 근로감독관 입회 하에 작성한 합의서가 있다 하더라도, 이는 형사처벌(체불임금죄)에 대한 처벌불원 효과나 민사상 채무를 명확히 확정하는 효력을 가질 뿐, 향후 별도의 민사소송(퇴직금, 주휴수당 등 미지급분 청구)을 원천적으로 봉쇄하는 것은 아닙니다. 즉 노동청 합의가 '전체 채권·채무 관계를 완전히 종결한다'는 명시적 조항 없이 이루어졌다면, 직원이 별도로 민사소송을 제기하는 것 자체를 막기는 어렵습니다. 형사재판이 아직 확정되지 않은 상태에서도 민사소송은 별개로 진행될 수 있으며, 소액사건(1,500만원 이하)이라면 소액심판절차로 비교적 신속하게 진행됩니다. 형사재판과 민사소송 모두에 성실히 대응하시되, 노동청 합의서의 정확한 문구(합의 범위)를 다시 한번 확인하여 변호사와 함께 대응 전략을 수립하시길 권해드립니다. 2차 형사재판에서 국선변호사와 함께 출석하도록 안내받으셨다면, 사전에 국선변호사와 충분히 상담하시어 그동안의 사실관계와 대응 방향을 정확히 전달해 두시는 것이 중요하며, 민사소송 진행 상황도 함께 알려주시어 일관된 대응 전략을 세우시길 권해드립니다.