산재 신청은 근로자 본인이 직접 신청하셔야하고(또는 노무사 등 대리인을 통해) 회사가 직접 할 수 없습니다. 질문 주신 내용처럼 회사에서 위법한 행위를 하게 된다면 법적 절차 등 그에 맞춰서 대응하면 된다고 판단됩니다. 공상 처리를 하셨다고 해서 산재 신청을 할 수 없는 것은 아니니 산재 승인을 받으시고 산재보험의 보호(요양 및 종결 후 사후관리까지)를 받으시는 것을 권해드립니다.