안녕하세요. 1) 대법원 판례는 "임금은 직접 근로자에게 전액을 지급하여야 하는 것이므로 사용자가 근로자에 대하여 가지는 채권으로써 근로자의 임금채권과 상계를 하지 못하는 것이 원칙이지만, 계산의 착오 등으로 임금이 초과 지급되었을 때 그 행사의 시기가 초과 지급된 시기와 임금의 정산, 조정의 실질을 잃지 않을 만큼 합리적으로 밀접되어 있고 금액과 방법이 미리 예고되는 등 근로자의 경제생활의 안정을 해할 염려가 없는 경우나 근로자가 퇴직한 후에 그 재직 중 지급되지 아니한 임금이나 퇴직금을 청구할 경우에는, 사용자가 초과 지급된 임금의 반환청구권을 자동채권으로 하여 상계하는 것은 허용되므로, 근로자가 일정기간 동안의 미지급 시간외수당, 휴일근로수당, 월차휴가수당 등 법정수당을 청구하는 경우에 사용자가 같은 기간 동안 법정수당의 초과 지급 부분이 있음을 이유로 상계나 충당을 주장하는 것도 허용된다" 고 판시하고 있어 "근로자의 경제생활의 안정을 해할 염려가 없다면" 향후 지급받을 임금에서 상계는 가능할 것으로 예상됩니다. 2) 퇴직후에라도 사용자측과 협의하에 (그 부담금액이 과다하다면) 월 분할하여 지급하는 방식으로 진행하심이 좋을 것 같습니다. 3) 계약서에 표기한다면 과다지급받은 부분을 (근로자가) 명확하게 인정하는 것이고, (회사 입장에서 볼 때에는 사후 분쟁과 같은) 법적 리스크를 줄일 수 있을 것 같습니다. 다만, 근로자 입장에서는 이 부분을 명확하게 인정할 것은 아니라고 본다면 표기하지 않는 것이 오히려 나을 수도 있을 것 같습니다. 참고하시기 바랍니다. 감사합니다.