근로계약서는 근로를 시작하는 시점 / 일을 시작하는 시점에 작성하는 것이 원칙입니다. 수습기간인지 여부와 근로계약서 작성 시점은 연관이 없습니다. 근로자가 스스로 퇴사하거나 회사의 퇴사요청에 동의하는 것이 아니라면 사직서를 써야할 의무는 없습니다. 사직서를 쓰는 경우 추후 '부당해고'와 관련하여 다툴 수 없게 되므로 신중하여야 합니다. 사실관계가 불명확하여 정확한 답변은 어려우나 '회사의 손실'과 관련하여 근로자가 이를 '급여에서 차감'하는 것에 동의하지 않았다면, 사용자가 임의로 급여에서 차감(공제)하고 지급할 수 없습니다. 단, 관련 손해와 관련하여 손해배상 소송 등의 문제는 존재할 것으로 사료됩니다. 질문자님의 상황을 정리해 드리면, 회사가 말하는 '수습기간이라 근로계약서는 3개월 안에만 작성하면 된다'는 것은 사실과 다릅니다. 근로계약서는 근로가 시작되는 시점(입사 시)에 작성하여 근로자에게 교부해야 하는 것이 원칙이며, 수습기간이라는 이유로 작성을 미룰 수 있는 것이 아닙니다. 근로계약서를 작성·교부하지 않은 것 자체가 근로기준법 위반으로, 사업주는 과태료(또는 벌금) 대상이 될 수 있습니다. 특히 유의하실 점은 '사직서를 쓰고 급여를 받아가라'는 요구입니다. 회사가 스스로 내보내려 하는 것(사실상 해고)이면서 근로자에게 사직서를 쓰게 하는 것은, 나중에 부당해고를 다투지 못하게 하려는 것일 수 있습니다. 사직서를 작성하면 '근로자가 스스로 그만둔 것'으로 처리되어, 이후 부당해고 구제신청이나 실업급여 등에서 불리해질 수 있으므로, 스스로 그만둘 의사가 없다면 사직서에 서명하지 마시기 바랍니다. 이 점을 매우 신중하게 판단하셔야 합니다. 또한 '회사에 손실이 난 부분을 급여에서 차감하겠다'는 것도 부당합니다. 임금은 전액을 근로자에게 직접 지급하는 것이 원칙이므로, 근로자가 명확히 동의하지 않는 한 사용자가 손해액을 임의로 급여에서 공제할 수 없습니다. 설령 근로자에게 실제 손해배상 책임이 있는 부분이 있다 하더라도, 그것은 별도의 손해배상 청구(및 근로자의 고의·과실, 손해액 입증)를 통해 다툴 문제이지, 임금에서 일방적으로 떼는 방식으로 처리할 수 없습니다. 따라서 대응 방법으로는, ① 사직서에 함부로 서명하지 마시고, ② 회사와의 대화는 문자·메신저 등 기록이 남는 방법으로 하시며, ③ 근로계약서 미작성, 임금 임의 공제·미지급 등에 대해서는 관할 고용노동청(1350)에 진정하실 수 있습니다. 우선 지금까지 근무한 사실(출퇴근·업무 내역)과 급여 관련 자료를 정리해 두시고, 필요하면 노무사와 상담하여 대응하시길 권해드립니다.