근로계약서는 근로를 시작하는 시점 / 일을 시작하는 시점에 작성하는 것이 원칙입니다. 수습기간인지 여부와 근로계약서 작성 시점은 연관이 없습니다. 근로자가 스스로 퇴사하거나 회사의 퇴사요청에 동의하는 것이 아니라면 사직서를 써야할 의무는 없습니다. 사직서를 쓰는 경우 추후 '부당해고'와 관련하여 다툴 수 없게 되므로 신중하여야 합니다. 사실관계가 불명확하여 정확한 답변은 어려우나 '회사의 손실'과 관련하여 근로자가 이를 '급여에서 차감'하는 것에 동의하지 않았다면, 사용자가 임의로 급여에서 차감(공제)하고 지급할 수 없습니다. 단, 관련 손해와 관련하여 손해배상 소송 등의 문제는 존재할 것으로 사료됩니다.