▶ 핵심 정리 연체된 차임을 보증금에서 공제할지 여부는 원칙적으로 임대인의 선택 사항입니다. 다만 임대인이 이를 수용하여 보증금에서 실제로 공제 처리했다면, 이는 실질적으로 차임을 지급받은 것과 같으므로 그 부분에 대해서도 부가가치세 신고 의무가 발생합니다. ▶ 법적 근거와 실무 쟁점 ① 부가가치세법상 부동산 임대용역의 공급시기는 통상 대가를 받기로 한 때이며, 보증금에서 차임 상당액을 공제(충당)하는 것은 대가의 지급으로 취급되어 세금계산서 발행 및 부가세 신고 대상이 됩니다. ② 임대인이 애초에 보증금 공제 요청을 거부하고 정상적으로 차임 지급을 요구할 수도 있으나, 일단 공제를 승낙(또는 묵인)해 실제로 공제 처리를 했다면 이를 이유로 세금계산서 발행 및 신고 의무를 면할 수는 없습니다. ③ 연체 없이 정상적으로 차임을 낼 때도 임대인은 매월 세금계산서를 발행하고 부가세 신고를 해왔을 것이므로, 공제 방식으로 지급 형태가 바뀌었다고 해서 신고 의무 자체가 소멸하는 것은 아닙니다. 임대인이 신고를 거부하면 임차인은 매입세액공제를 받지 못해 추가로 세금 부담을 지는 불이익이 발생할 수 있습니다. ▶ 실무적으로 이렇게 하세요 첫째, 보증금에서 차임을 공제하기로 한 사실과 금액을 문자나 서면으로 명확히 남겨 두세요. 둘째, 임대인에게 공제된 차임 상당액에 대한 세금계산서 발행 및 부가세 신고 의무가 있다는 점을 안내하고 협조를 요청하세요. 셋째, 계속 거부한다면 관할 세무서에 임대인의 매출 누락 가능성을 문의하거나, 계약 관계 정산 시 이 부분을 근거 자료로 남겨 향후 분쟁에 대비하세요. ※ 이 답변은 일반적인 법률 정보이며, 구체적 판단은 개별 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다. 정확한 것은 변호사와 직접 상담하시기 바랍니다.