고용노동부 퇴직금 계산기로 산출한 금액과 실제 사장님이 입금한 금액이 달라 세금 문제인지 궁금하신 것으로 보입니다. 3.3%를 공제하는 방식으로 급여를 지급받아 오신 점도 마음에 걸리시는 상황으로 이해됩니다. '퇴직금은 근로소득세가 아닌 별도의 퇴직소득세 원천징수를 거쳐 지급되는 것이 원칙입니다.' ① 퇴직소득세는 근속연수공제와 연분연승법이라는 특수한 계산방식을 적용해 세율을 낮추는 구조로 되어 있어, 일반적으로 3.3% 사업소득세를 떼는 방식과는 전혀 다른 체계입니다. ② 그런데 사장님이 평소 급여를 3.3% 사업소득으로 신고해온 정황이 있다면, 이는 실질적으로 근로자임에도 프리랜서(개인사업자)로 위장해 4대보험과 퇴직금 지급 의무를 회피해온 것일 가능성이 있으며, 실질이 근로자에 해당한다면 이는 근로기준법상 명백히 위법한 처리입니다. ③ 실질이 근로자라면 계속근로기간 1년 이상, 4주 평균 1주 소정근로시간 15시간 이상 요건을 충족하는 한 사용자는 퇴직일로부터 14일 이내에 퇴직금 전액을 지급할 의무가 있으며, 이때는 정상적으로 퇴직소득세를 원천징수해 지급해야 합니다. ④ 고용노동부 계산기 금액과 실지급액의 차이가 세금 때문인지, 아니면 평균임금 산정 방식이나 재직일수 계산의 오류 때문인지부터 확인이 필요합니다. 따라서 대응 방법으로는, ① 국세청 홈택스에서 퇴직소득 원천징수영수증 발급 여부를 확인하고, ② 실제 근로 형태(출퇴근 시간 통제, 업무지시 여부 등)가 근로자성을 인정받을 수 있는지 정리하며, ③ 차액에 대해 사업주에게 명세서 제공을 요구하고, ④ 미지급이 확인되면 관할 고용노동청에 임금체불 진정을 제기하시기 바랍니다. 정리하면, 퇴직금은 세금을 떼고 지급되는 것이 맞지만 3.3% 사업소득세 공제 방식이라면 애초에 처리 자체가 잘못됐을 가능성이 큽니다. 정확한 것은 노무사와 상담하시길 권해드립니다.