말씀하신 방식은 탄력·선택·재량근로시간제를 도입하는 것으로 보기는 어렵고, 실무상 근태 유연 운영에 해당합니다. 따라서 원칙적으로 법 위반이 되지는 않습니다. 다만 몇 가지 유의할 점이 있습니다. 첫째, 소정근로시간을 침해하지 않아야 합니다. 늦게 출근하더라도 그날의 소정근로시간(예: 1일 8시간)을 충족하지 못하면 결근·지각 처리나 임금 공제가 문제 될 수 있으므로, 사전에 근태 처리 기준을 명확히 해두는 것이 필요합니다. 둘째, 연장근로 산정 기준은 그대로 적용됩니다. 늦게 출근했더라도 실제 근로시간이 1일 8시간, 주 40시간을 초과하면 연장근로로 보아 가산수당을 지급해야 합니다. 셋째, 관행화될 경우 제도로 오인될 수 있습니다. 일회적·비정기적으로 운영하는 것은 문제가 적지만, 상시적으로 반복되면 선택적 근로시간제 등으로 오해받을 수 있으므로 “신청·승인에 따른 예외적 허용”임을 분명히 하는 것이 안전합니다. 필요하시면 로시컴 심화상담에서 현재 취업규칙과 근태 관리 방식이 이 운영과 충돌하지 않는지, 분쟁을 예방하기 위한 문구·운영 가이드를 구체적으로 검토해 보시길 권합니다.