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장기임대주택 자동말소 후 팔면 장특공제 추가공제 못 받나요?

Q

2016년 3월에 경기도 아파트 한 채를 장기일반민간임대주택(8년)으로 등록했습니다. 2024년 3월에 의무임대기간 8년을 다 채우면서 자동말소됐고, 그 뒤로도 계속 보유만 하고 있습니다. 최근 시세가 올라서 매도를 고려 중인데, 등록 당시 안내받았던 장기보유특별공제 추가공제(임대기간별 50%, 70% 적용)를 자동말소된 지금 팔아도 받을 수 있는지 궁금합니다. 국민주택 규모 이하였는데 이 조건도 계속 유효한 건가요?

A
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안녕하세요. 8년 장기일반민간임대주택으로 등록하신 아파트가 의무임대기간을 채우고 자동말소된 상황이시군요. 양도소득세 특례가 계속 유지되는지 하나씩 짚어드리겠습니다. ▶ 먼저 상황 정리 민간임대주택에 관한 특별법 제6조에 따라 2020년 7·10 대책 이후 아파트를 대상으로 한 장기일반민간임대주택(8년) 및 단기민간임대주택(4년) 유형이 폐지되면서, 기존에 등록된 주택은 의무임대기간이 끝나는 시점에 별도 신청 없이 등록이 자동으로 말소됩니다. 이때 세법상 쟁점은 '등록말소'와 '세제 혜택'이 반드시 같이 사라지는 것은 아니라는 점입니다. 조세특례제한법 제97조의3(장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세 과세특례)은 8년 이상 임대 시 장기보유특별공제율 50%, 10년 이상 임대 시 70%를 적용하는 규정으로, 이는 '임대기간 요건 충족'을 전제로 하는 특례입니다. ▶ 자동말소 시 살펴야 할 쟁점 ① 장특공제 추가공제(조특법 97조의3) 자동말소는 임대의무기간을 다 채운 뒤 발생하는 것이므로, 8년(또는 10년) 임대 요건 자체는 이미 충족된 상태입니다. 국세청은 이 경우 말소 이후 양도하더라도 임대기간 중 충족한 요건에 따라 50%, 70% 추가공제를 그대로 인정하고 있습니다. 다만 임대 개시일 당시 기준시가 요건(수도권 6억원, 비수도권 3억원 이하)과 임대료 5% 상한 준수 여부는 등록 기간 전체에 대해 확인됩니다. ② 다주택자 양도세 중과배제 장특공제 특례와 별개로, 다주택자 중과배제(소득세법 시행령 제167조의3)도 함께 살펴야 합니다. 다만 양도 시한 1년 요건은 임대의무기간을 채우지 않고 스스로 등록을 포기하는 '자진말소'의 경우에만 적용되는 조건이고, 상담자님처럼 의무임대기간을 다 채운 뒤 자동으로 등록이 말소된 경우에는 양도 시기에 별도 제한이 없어 지금 양도하셔도 중과배제가 그대로 유지됩니다. ③ 거주주택 비과세 특례와의 관계 1세대 1주택자가 실거주 주택 외에 임대주택을 보유해 비과세를 받아온 경우라면, 임대주택 자동말소 후에도 거주주택을 5년 이내 양도해야 비과세가 유지되는 등 별도 기한이 걸려 있을 수 있어 함께 점검이 필요합니다. ▶ 현실적인 판단 첫째, 말씀하신 8년 요건은 이미 채우셨으므로 장특공제 50%(또는 70%) 추가공제 자체가 자동말소 때문에 없어지는 것은 아닙니다. 둘째, 다주택자 중과배제 역시 자동말소이기 때문에 별도의 양도 시한 없이 계속 유지되므로, 매도 시점을 서두르실 필요는 없습니다. 셋째, 국민주택 규모 이하 여부와 임대료 5% 상한 준수는 등록 기간 전체를 두고 사후 검증될 수 있는 부분이라 관련 서류를 갖춰두시는 것이 안전합니다. ▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 첫째, 자진말소가 아닌 자동말소라는 점을 임대주택 등록 서류로 확인해두시면, 중과배제 특례를 시한에 쫓기지 않고 여유롭게 적용받으실 수 있습니다. 둘째, 임대차계약서와 임대료 인상 내역을 정리해 5% 상한 준수 여부를 증빙할 수 있도록 준비해두시기 바랍니다. 셋째, 거주주택 비과세 특례를 함께 적용받아온 경우라면 세무사와 함께 장특공제 추가공제, 중과배제, 거주주택 비과세 특례를 종합적으로 확인한 뒤 매도 시기를 정하시는 것을 권해드립니다. ※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 구체적인 세무 판단은 개별 사실관계 및 최신 세법 개정 내용에 따라 달라질 수 있습니다. 실제 신고나 절차 진행 전에 반드시 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.

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