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중소기업이 신제품 개발에 쓴 연구원 인건비, 연구개발비 세액공제 받으려면 어떤 요건이 필요한가요?

Q

저는 제조업 분야 중소기업을 운영하고 있는데, 최근 몇 년간 신제품 개발을 위해 연구원 인건비와 재료비 등에 매년 꽤 큰 금액을 쓰고 있습니다. 아는 사람이 이런 연구개발비에 대해서는 세액공제를 받을 수 있다고 하던데, 정확히 어떤 요건을 갖춰야 공제 대상이 되는지, 공제율은 어느 정도인지 궁금합니다. 그리고 세액공제를 받으려면 반드시 기업부설연구소나 연구개발전담부서를 따로 설립해야 하는 건지도 알고 싶습니다.

A
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연구개발비 세액공제에 관심 있으시군요. 연구인력개발비 세액공제부터 확인해 드리겠습니다. ▶ 먼저 상황 정리 조세특례제한법 제10조 제1항에서는 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비를 지출한 경우 그 금액의 일정 비율을 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있습니다. '연구개발'의 정의는 같은 법 제2조 제1항 제1호에서 과학적 또는 기술적 진전을 이루거나 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동으로 정하고 있고, 공제 대상이 되는 연구·인력개발비의 구체적 범위(인건비·재료비 등)는 같은 법 시행령 제9조 및 별표 6에서 정하고 있는데, 그 지출이 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서에서 이루어졌을 것을 전제로 합니다. 즉 대표님이 지출하는 인건비와 재료비가 세액공제 대상이 되려면 해당 연구개발활동이 인정받은 연구소 또는 전담부서에서 이루어졌다는 점이 우선 확인되어야 합니다. ▶ 연구개발비 세액공제 시 살펴야 할 쟁점 ① 지출하는 인건비와 재료비가 조특법 제2조 제1항 제1호가 정한 '연구개발' 활동에 해당하는지, 단순 시제품 생산이나 통상적인 품질관리 비용이 아니라 새로운 제품·기술을 개발하기 위한 활동인지 여부 ② 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정받았는지 여부입니다. 인정받지 않은 상태에서 지출한 비용은 원칙적으로 세액공제 대상에서 제외됩니다 ③ 공제율 산정 시 일반 연구·인력개발비인지, 신성장동력·원천기술 연구개발비인지 구분이 필요합니다. 일반 연구개발비는 중소기업 기준 25%가 적용되고, 신성장동력·원천기술 연구개발비에 해당하면 중소기업 기준 최대 40%까지 공제율이 올라갑니다 ▶ 현실적인 판단 첫째, 세액공제를 받으려면 인건비와 재료비를 연구개발 프로젝트별로 구분해 관리해야 합니다. 국세청은 세액공제 신청 시 연구노트, 연구개발계획서, 연구원별 투입시간 등 객관적 증빙을 요구하므로 사후적으로 정리하기보다 처음부터 프로젝트 단위로 비용을 집계해 두는 것이 안전합니다. 둘째, 기업부설연구소나 연구개발전담부서 설립이 법률상 절대적인 강제사항은 아니지만, 인정을 받지 못한 상태에서는 세액공제가 사실상 부인될 가능성이 매우 높습니다. 한국산업기술진흥협회에 신고해 인정서를 받아두는 것이 가장 확실한 방법입니다. 셋째, 중소기업은 연구전담요원 최소 인원 요건이 대기업이나 중견기업보다 완화되어 있어 소규모 조직이라도 요건을 충족하기 어렵지 않은 경우가 많습니다. 다만 인정받은 이후에도 연구전담요원이 다른 업무를 겸직하면 인정이 취소될 수 있으므로 지속적인 관리가 필요합니다. ▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 첫째, 신제품 개발에 투입되는 연구원과 담당 업무를 특정해 연구개발전담부서 또는 기업부설연구소 인정 신청부터 진행하시기 바랍니다. 둘째, 인정을 받은 이후에는 연구개발비명세서를 작성해 인건비, 재료비, 위탁연구비 등을 항목별로 구분 관리하고, 매 사업연도 법인세 신고 시 세액공제신청서와 함께 제출해야 실제 공제가 적용됩니다. 셋째, 현재 개발 중인 기술이 신성장동력·원천기술에 해당하는지도 함께 검토해보시기 바랍니다. 해당된다면 일반 연구개발비 25%보다 훨씬 높은 최대 40%의 공제율을 적용받을 수 있어 세부담 절감 효과가 커집니다. ※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 정확한 판단을 위해서는 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.

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