우리사주조합에 출연해 소득공제 받았는데, 예탁기간 전에 주식을 인출하면 세금을 다시 내야 하나요?

Q

저는 코스닥 상장 회사 직장인입니다. 지난 한 해 매달 급여에서 30만원씩 공제해 우리사주조합에 총 360만원을 출연했고, 연말정산 때 전액 소득공제 받았습니다. 배정받은 주식은 아직 증권금융에 예탁 중인데, 최근 이직을 고민하면서 예탁 의무기간 1년이 지나기 전에 인출해야 할 수도 있습니다. 이 경우 이미 받은 소득공제가 취소되어 세금을 더 내야 하나요? 그동안 오른 주가 부분에도 세금이 붙는지 궁금합니다.

A
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우리사주조합에 꾸준히 급여공제로 출연해 오신 분들이 이직 시점이 다가오면 예탁기간 때문에 당혹스러워하시는 경우가 많습니다. 질문 주신 상황을 조문 순서대로 정리해 드리겠습니다. ▶ 먼저 상황 정리 조세특례제한법 제88조의4 제1항에 따르면 우리사주조합원이 우리사주를 취득하기 위해 우리사주조합에 출연한 경우, 해당 연도 출연금액과 400만원(벤처기업등의 우리사주조합원은 1,500만원) 중 적은 금액을 그 해 근로소득금액에서 공제받습니다. 연간 360만원을 출연하셨다면 400만원 한도 이내이므로 전액이 소득공제 대상이 되어 이미 연말정산에서 세제 혜택을 받으신 상태입니다. 다만 이 소득공제는 그대로 확정되는 혜택이 아니라 인출 시점에 정산되는 구조입니다. 같은 조 제3항에 따라 주식을 배정받는 시점에는 원칙적으로 근로소득세가 부과되지 않지만(제4항에 따라 법인 출연분 중 한도초과금액은 배정 시점에 과세됩니다), 제5항에 따라 배정받은 주식 중 소득공제를 받은 부분(과세인출주식)을 인출할 때는 매입가액과 인출일 현재 시가 중 적은 금액이 근로소득으로 과세되고, 법인이 소득세법 제55조제1항의 세율을 적용해 원천징수합니다. 또한 근로복지기본법 제43조 및 같은 법 시행령 제23조에 따라, 조합원이 자기 출연금으로 취득한 주식은 증권금융회사 계정에 최소 1년간 예탁해야 하며(회사 출연자금으로 취득한 주식은 4~8년), 조세특례제한법 제88조의4 제6항에 따라 의무예탁기간이 끝난 다음 날부터 보유기간을 계산해 2년 이상 4년 미만이면 인출금의 100분의 50, 4년 이상이면 100분의 75에 상당하는 금액에 대해 소득세를 부과하지 않는 감면이 별도로 규정되어 있습니다. ▶ 우리사주 인출 시 살펴야 할 쟁점 ① 의무예탁기간(출연금으로 취득한 주식이므로 1년)이 지났는지 여부 ② 인출 주식이 소득공제를 실제로 받은 과세인출주식인지, 한도초과분처럼 애초에 공제받지 못한 주식인지 ③ 인출일 현재 시가와 취득가액 중 어느 쪽이 낮아 과세표준이 되는지 ▶ 현실적인 판단 첫째, 360만원 출연분은 한도 이내로 전액 소득공제를 받으셨으므로 이로 취득한 주식은 전부 과세인출주식에 해당해 인출 시 과세 대상에서 제외될 여지가 없습니다. 둘째, 예탁기간 1년이 지나기 전에 인출하면 보유기간이 산정되지 않아 50%·75% 비과세 감면을 전혀 적용받지 못합니다. 취득가액 360만원, 인출일 시가 500만원이라면 둘 중 낮은 360만원 전액이 근로소득에 산입되어 원천징수됩니다. 셋째, 주가 상승분 자체에 양도소득세나 배당소득세가 별도로 붙지는 않으며, 오히려 시가가 취득가액보다 낮아진 상태에서 인출한다면 그 낮은 시가가 과세표준이 되어 세부담이 줄어들 수 있습니다. ▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 첫째, 이직이 아직 확정되지 않았다면 예탁기간 1년이 지날 때까지 인출 시점을 미루는 것이 가장 확실한 방법입니다. 둘째, 퇴직이 확정되어 조합원 자격을 잃는 경우에도 잔여 예탁기간이 짧게 남은 주식은 예외적으로 인출이 허용될 수 있으니, 우리사주조합 사무국에 인출 가능 시점을 확인해 보시기 바랍니다. 셋째, 인출이 불가피하다면 인출 시점의 시가를 미리 파악해 원천징수될 근로소득세를 계산해 두고, 원천징수영수증으로 정산 내역이 정확히 반영되었는지 확인하시기 바랍니다. 신고기한이 지난 뒤 인출 사실이 확인된 경우라면 기한후신고나 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. ※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 정확한 판단을 위해서는 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.

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