예정신고 때 세금계산서를 챙기지 못해 매입세액을 빠뜨리는 일은 실무에서 자주 생기는 일이니 너무 걱정하지 않으셔도 됩니다. 다행히 질문 주신 상황은 확정신고 기한 전이라 비교적 수월하게 정리될 수 있는 사안이라 하나씩 짚어드리겠습니다. ▶ 먼저 상황 정리 부가가치세 예정신고 당시 정상적으로 세금계산서를 발급받은 매입 건 일부를 실수로 반영하지 못한 채 신고를 마쳤고, 이후에야 누락 사실을 확인하셨습니다. 아직 같은 과세기간의 확정신고 기한은 남아 있는 상태이며, 이 누락분을 확정신고에서 합산 신고하면 매입세액공제가 가능한지, 가산세 등 불이익은 없는지가 궁금하신 상황입니다. ▶ 매입세액 누락 시 살펴야 할 쟁점 ① 예정신고와 확정신고의 관계 - 부가가치세법 제48조는 예정신고기간이 끝난 후 25일 이내에 그 기간의 과세표준과 세액을 신고하도록 하고 있고, 제49조는 확정신고 시 해당 과세기간 전체를 정산해 신고하도록 하면서도 예정신고 때 이미 신고한 과세표준과 세액은 확정신고에서 다시 신고하지 않는다고 규정하고 있습니다. 즉 두 신고는 같은 과세기간 안에서 이루어지는 하나의 정산 절차이므로, 예정신고에서 빠뜨린 매입세액은 확정신고 시 매입처별세금계산서합계표에 포함해 함께 제출하면 정상적으로 공제받을 수 있습니다. ② 매입세액공제의 기본 요건 - 다만 합산 신고로 공제받으려면 해당 매입 건에 대해 세금계산서(또는 이에 준하는 적격증빙)를 정상적으로 발급받았어야 하고, 기재사항에 사실과 다른 부분이 없어야 합니다(부가가치세법 제38조, 제39조). 세금계산서 자체를 발급받지 못했거나 필요적 기재사항이 누락·오류가 있다면 합산 신고로도 공제가 제한될 수 있습니다. ③ 확정신고 기한마저 지난 경우 - 확정신고 기한까지 지나버린 뒤 누락을 발견했다면 신고서 자체에 합산해 반영할 방법이 없으므로, 국세기본법 제45조의2에 따른 경정청구를 통해 이미 확정된 세액의 감액을 구해야 합니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있습니다. ▶ 현실적인 판단 첫째, 지금처럼 확정신고 기한 전이라면 별도의 경정청구 절차 없이 확정신고서에 누락분을 합산해 신고하는 것만으로 해결되며, 예정신고와 확정신고가 같은 과세기간에 속하는 정산 구조이기 때문에 이 경우 가산세 문제도 원칙적으로 발생하지 않습니다. 둘째, 다만 세금계산서를 정상적으로 수취했는지가 공제 여부를 가르는 핵심이므로, 합산 신고 전에 해당 매입 건의 세금계산서 발급 여부와 기재사항을 다시 한번 확인하시는 것이 안전합니다. 셋째, 만약 확정신고까지 이미 지나버린 상황이라면 자진해서 수정신고나 경정청구 중 적절한 절차를 선택해야 하므로 시점 판단이 중요합니다. ▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 첫째, 확정신고 기한 내라면 누락된 매입 건을 매입처별세금계산서합계표에 반영해 확정신고서와 함께 제출하시기 바랍니다. 둘째, 세금계산서 발급 상태에 이상이 없는지 거래처를 통해 다시 확인하고, 전자세금계산서 국세청 전송 여부도 함께 점검해두시면 좋습니다. 셋째, 만약 확정신고 기한마저 지났다면 국세기본법 제45조의2에 따라 경정청구서를 작성해 관할 세무서에 제출하는 절차를 밟으시고, 절차가 복잡하게 느껴지신다면 세무사의 도움을 받아 진행하시길 권해드립니다. ※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 정확한 판단을 위해서는 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.