매출이 꾸준히 늘어 중견기업으로 전환된다는 것은 사업이 성장한다는 반가운 신호이지만, 그동안 누려온 세제 혜택이 줄어들지 않을지 걱정이 앞서는 것은 당연합니다. 질문 주신 내용을 조세특례제한법(이하 '조특법') 규정에 따라 정리해 드리겠습니다. ▶ 먼저 상황 정리 : 조특법 제10조 제1항은 연구·인력개발비 세액공제를 제1호 신성장동력·원천기술연구개발비, 제2호 국가전략기술연구개발비, 제3호 일반 연구·인력개발비로 구분합니다. 제1호 신성장동력·원천기술연구개발비는 해당 과세연도 발생액에 기본율과 추가율을 더한 비율을 곱해 계산하는데, 기본율은 중소기업 100분의 30, 그 밖의 기업(중견·대기업) 100분의 20이며, 수입금액 대비 지출비중에 비례한 추가율(최대 100분의 10)이 더해집니다. 반면 제3호 일반 연구·인력개발비(당기분)는 중소기업 100분의 25, 중견기업 100분의 8, 대기업은 수입금액 대비 지출비율의 2분의 1(최대 100분의 2)이 적용되는 단일 비율 구조입니다. 조특법 시행령 제2조 제2항은 중소기업이 매출액 증가 등으로 기준을 초과하게 된 경우, 그 사유가 발생한 과세연도와 다음 5개 과세연도(코스피·코스닥 상장기업은 7개 과세연도)까지는 중소기업으로 보는 유예기간을 둡니다. 나아가 2025년 말 개정으로, 이 유예기간이 끝난 뒤에도 곧바로 중견기업 공제율로 떨어지지 않고 종료 후 3년간은 신성장·원천기술연구개발비 100분의 25(국가전략기술연구개발비는 100분의 35), 일반 연구·인력개발비 100분의 20을, 그다음 4~5년차에는 일반 연구·인력개발비 100분의 15를 적용하는 단계적 점감구조가 신설되었습니다. ▶ 중견기업 전환 시 살펴야 할 쟁점 : ① 신성장동력·원천기술연구개발비는 기본율이 낮아지지만(30%→20%) 지출 비중에 따른 추가율이 붙어 완만하게 낮아지는 구조인지 ② 일반 연구·인력개발비(당기분)는 중소기업 25%에서 중견기업 8%로 낙폭이 크므로 유예기간과 점감구조 적용 여부가 세부담에 큰 영향을 미친다는 점 ③ 같은 비용이라도 신성장·원천기술 요건 충족분과 일반 연구·인력개발비 해당분은 구분경리해 어느 한쪽으로만 적용해야 하며 중복 적용은 불가하다는 점입니다. ▶ 현실적인 판단 : 첫째, 매출 증가만으로 중견기업이 되었더라도 그 사유 발생 과세연도와 이후 5개 과세연도(상장법인 7개 과세연도)까지는 시행령상 유예기간에 따라 종전과 같은 중소기업 공제율(신성장·원천기술 기본 30%, 일반 25%)을 유지할 가능성이 높습니다. 둘째, 유예기간이 끝난 뒤에도 곧바로 중견기업 완전세율(8%, 20%)로 떨어지지 않고, 종료 후 3년간은 우대공제율(일반 20%), 4~5년차에는 15%가 적용되는 점감구조를 추가로 거치게 됩니다. 셋째, 이 점감구조 기간까지 모두 지나야 비로소 중견기업 완전세율이 적용되므로, 유예기간뿐 아니라 점감구조 종료 시점까지 함께 파악해 두셔야 정확한 세부담을 예측할 수 있습니다. ▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 : 첫째, 매출 증가 시점과 중소기업 기준 초과 시점을 확인해 유예기간과 점감구조 적용 대상 여부, 각 종료 시점을 확정하시기 바랍니다. 둘째, 신성장·원천기술연구개발비와 일반 연구·인력개발비 중 유리한 쪽을 프로젝트별로 구분경리해 비교·검토하시기 바랍니다. 셋째, 점감구조 종료가 다가온다면 공제율 하락에 대비해 연구개발 투자와 세액공제 신고 전략을 세무사와 미리 조정해 두시길 권해 드립니다. ※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 정확한 판단을 위해서는 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.