새로 취득하신 주택 때문에 갑자기 3주택자가 되면서 보증금에도 세금이 붙는다는 이야기에 놀라셨을 텐데, 구조를 알면 계산은 어렵지 않으니 차근차근 안내드리겠습니다. ▶ 먼저 상황 정리 소득세법 제14조 제3항 제7호에 따라 부부합산 주택 수와 관계없이, 주택임대에서 발생한 수입금액 합계액이 연 2천만원 이하면 그 소득을 다른 종합소득에 합산하지 않고 별도로 분리과세를 선택할 수 있습니다. 수입금액에는 월세뿐 아니라 소득세법 제25조 제1항 및 시행령에 따라 계산되는 보증금 등에 대한 간주임대료도 포함됩니다. 분리과세를 선택하면 제64조의2에 따라 필요경비와 기본공제를 뺀 금액에 14% 단일세율을 곱해 세액을 산출하며, 종합과세보다 세부담이 낮을 때 신고서에서 분리과세를 직접 선택하는 구조입니다. ▶ 주택임대소득 분리과세 시 살펴야 할 쟁점 ① 주택 수 판정: 본인이 거주하는 주택도 소유권이 있으면 주택 수에 포함되고, 부부가 각각 보유한 주택을 모두 합산해 계산합니다. ② 필요경비율과 기본공제: 세무서(사업자등록)와 지자체(임대사업자 등록)에 모두 등록했는지에 따라 필요경비율이 60%(등록)·50%(미등록), 기본공제가 400만원(등록)·200만원(미등록)으로 달라집니다. 다만 분리과세 대상 외 다른 종합소득금액이 2천만원을 초과하면 등록 여부와 무관하게 기본공제를 받을 수 없습니다. ③ 간주임대료 과세 여부: 1주택자는 원칙적으로 비과세이나 고가주택(기준시가 12억원 초과)이나 국외 소재 주택은 과세되고, 2주택자는 원칙적으로 월세만 과세됩니다. 다만 2026년 귀속분부터는 고가주택 2채를 보유하면서 그 보증금 등 합계액이 12억원을 초과하면 2주택자도 간주임대료 과세대상에 포함됩니다. 3주택 이상부터는 보증금 등 합계에서 3억원을 뺀 금액의 60%에 정기예금이자율(현재 연 3.1%)을 곱한 간주임대료까지 임대수입에 포함되며, 전용 40제곱미터 이하·기준시가 2억원 이하 소형주택은 2026년 12월 31일까지 한시적으로 제외됩니다. ▶ 현실적인 판단 첫째, 거주 주택도 소유 주택 수에 포함되어 질문자님 부부는 3주택자에 해당하지만, 수입금액 계산은 월세와 전세보증금을 받는 2채분만 하시면 됩니다. 둘째, 전세보증금 3억5천만원의 간주임대료는 (3억5천만원-3억원)×60%×3.1%로 연 93만원 수준입니다. 월세 800만원을 더하면 수입금액 합계가 약 893만원으로 2천만원을 크게 밑돌아 분리과세 선택 요건을 충족합니다. 셋째, 등록 여부에 따른 세부담 차이는 실제로 존재합니다. 미등록이면 필요경비율 50%·기본공제 200만원, 등록이면 필요경비율 60%·기본공제 400만원이 적용되어 세액이 줄어듭니다. 다만 등록임대주택은 임대료를 연 5% 이내로만 올릴 수 있는 등 의무가 따르므로 세금만 보고 정하기는 어렵습니다. ▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 첫째, 수입금액이 2천만원 이하이므로 종합소득세 신고 시 분리과세와 종합과세 중 세부담이 낮은 쪽을 직접 선택해 신고하시면 됩니다. 신고기한이 지난 연도분은 기한후신고로 정정할 수 있고, 이때도 유리한 방식을 고르는 원리는 동일합니다. 둘째, 등록 시 얻는 필요경비율·기본공제 혜택과 임대료 증액 제한 의무를 함께 비교한 뒤 등록 여부를 결정하시길 권합니다. 셋째, 정기예금이자율은 매년 바뀌므로, 3주택 이상 보유가 계속되면 매년 신고 전 그해 이자율로 재계산해 비교하시는 것이 안전합니다. ※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 정확한 판단을 위해서는 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.