오랫동안 일궈온 농지가 어느 날 공익사업 부지로 편입되면, 보상금을 어떤 방식으로 받느냐에 따라 세금이 크게 달라진다는 사실에 당혹스러우실 수 있습니다. 보상방식은 한 번 정하면 되돌리기 어려우니 세액 차이를 미리 짚어보고 결정하시는 것이 좋습니다. ▶ 먼저 상황 정리 조세특례제한법 제77조 및 제77조의2는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 협의매수·수용되는 토지 등에 대해 양도소득세를 감면합니다. 다만 아무 토지나 대상이 되는 것은 아니고, "사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등"이어야 한다는 요건을 충족해야 합니다. 사업 발표 직전에 투기 목적으로 사들인 토지를 감면 대상에서 걸러내려는 취지입니다. 이 요건을 갖춘 상태에서 2026년 12월 31일 이전에 협의매수·수용되는 경우, 보상금 수령 방식에 따라 감면율이 달라집니다. 2025년 3월 개정으로 감면율이 각각 5%포인트씩 상향되어, 현재는 현금보상 100분의 15, 채권으로 받는 부분은 100분의 20, 그 채권을 3년 이상 만기까지 보유하기로 특약을 맺으면 100분의 35(만기 5년 이상이면 100분의 45)까지 감면받습니다. 나아가 제77조의2는 현금·채권이 아니라 그 공익사업으로 새로 조성되는 토지로 보상받는 "대토보상"을 택하는 경우에는 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나, 원하면 감면 대신 처분 시점까지 과세를 미루는 과세이연을 선택할 수 있게 하고 있습니다. ▶ 대토보상 시 살펴야 할 쟁점 ① 감면율 자체가 현금·채권보상보다 훨씬 높아 세부담을 크게 줄일 수 있다는 점입니다. ② 감면과 과세이연 중 선택이 가능하다는 점입니다. 당장 세금을 줄이고 싶다면 감면을, 다른 부동산 처분 계획이 없어 납부 시점 자체를 늦추고 싶다면 과세이연을 택할 수 있습니다. ③ 대토보상 특례는 양도소득세에 한해서만 적용된다는 점입니다. 새로 받는 토지에 대한 취득세는 지방세특례제한법상 대체취득 요건(보상금 수령일로부터 1~2년 이내 대체취득 등)을 별도로 갖춰야 감면되며, 자동으로 연동되지 않습니다. ▶ 현실적인 판단 첫째, 2년 이상 보유한 농지가 협의매수 대상이 되신 것이므로 요건상 감면 자체는 무리 없이 적용받으실 수 있는 상황입니다. 관건은 보상방식 선택입니다. 둘째, 감면율만 보면 대토보상이 유리하지만 새 토지를 실제로 받기까지 오랜 기간이 걸리고 전매 제한 등 처분 제약이 따르는 경우가 많으므로, 당장 자금이 필요한 상황인지도 함께 따져야 합니다. 셋째, 감면받는 세액은 원칙적으로 농어촌특별세법 제5조에 따라 100분의 20을 농어촌특별세로 별도 신고·납부해야 합니다. 다만 수용 당시 농지소재지에 거주하며 직접 경작해 온 농지라면 시행령 제4조 제1항 제1호에 따라 이 부분이 비과세될 수 있으므로, 재촌·자경 요건 충족 여부를 먼저 확인해 보시기 바랍니다. ▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 첫째, 사업시행자에게 현금·채권·대토보상 방식별 예상 세액을 서면으로 요청해 실제 세부담을 비교해 보시기 바랍니다. 둘째, 이미 낮은 감면율로 신고·납부하셨다면 경정청구로 차액을 환급받을 수 있고, 신고기한이 지났다면 기한후신고로도 감면을 적용받을 수 있습니다. 셋째, 1과세기간 2억원, 5과세기간 3억원의 별도 감면한도가 적용되니 보상금 규모가 크다면 한도 초과 여부도 미리 점검해 두시기 바랍니다. ※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 정확한 판단을 위해서는 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.