이사회 결의까지 정식으로 거쳐 지급한 보수인데 세무조사에서 문제를 삼는다니 답답하실 것입니다. 다만 절차를 갖췄다는 사정과 그 금액이 손금으로 인정되는지는 별개의 문제로, 실무에서 자주 다투어지는 쟁점입니다. ▶ 먼저 상황 정리 법인세법 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령으로 정하는 기준을 초과해 과다·부당하다고 인정되는 금액은 손금에 산입하지 않도록 위임합니다. 이에 따라 시행령 제43조 제1항은 임원·직원에게 이익처분으로 지급하는 상여금을, 같은 조 제2항은 정관·주주총회·이사회 결의로 정해진 급여지급기준을 초과해 지급한 금액을 손금불산입 대상으로 규정합니다. 이사회 결의로 지급기준 자체를 인상한 귀하의 경우 문언상 제2항의 '기준 초과'는 발생하지 않습니다. 그러나 법인세법 제19조 제2항은 손비가 되려면 '사업과 관련해 발생·지출된 것으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것'이어야 한다고 규정해, 지급기준 자체가 직무집행의 대가로 볼 수 없을 만큼 과다하다면 이 통상성 요건에서 다시 문제될 수 있습니다. ▶ 임원 과다보수 손금불산입 시 살펴야 할 쟁점 ①이사회 결의 등 절차적 요건을 갖췄는지 - 갖췄다면 시행령 제43조 제2항의 문언상 초과분은 없다는 점 ②그럼에도 동종업계 유사규모 법인의 평균 지급수준과 비교해 인상폭·지급액이 직무 내용, 근무 실태, 회사 기여도에 비추어 통상적으로 인정될 수 있는 범위인지 ③대표이사가 지배주주 등 특수관계인에 해당하는지 - 해당한다면 시행령 제43조 제3항(지배주주등 초과보수) 및 법 제52조 부당행위계산부인 법리까지 함께 검토해야 한다는 점 ▶ 현실적인 판단 첫째, 이사회 결의를 거쳤다는 사정만으로 손금성이 자동 확보되지는 않습니다. 매출·이익 증가율에 비해 보수 인상률이 지나치게 크고, 동종업계 유사규모 법인 평균 보수와 현저히 괴리되며, 성과 기여를 소명할 자료가 없다면 형식 요건을 갖췄더라도 초과분이 손금불산입되는 경우가 많습니다. 둘째, 귀하의 경우처럼 대표이사 보수를 1.2억원에서 3억원으로 2.5배 인상한 것은 인상률 자체가 상당히 크므로, 동종업계 유사규모 법인의 평균 보수 수준과 비교해 현저한 격차가 확인된다면 그 차액 상당액에 대해 손금불산입 및 상여 소득처분 위험이 높다고 보아야 합니다. 셋째, 손금불산입되어도 이미 지급된 보수에 대한 근로소득세 납세의무가 사라지거나 새로 생기지는 않습니다. 초과분은 시행령 제106조제1항제1호나목에 따라 대표이사에 대한 상여로 소득처분되는데, 이미 급여로 신고·원천징수까지 마친 금액이므로 개인 단계에서 세금이 추가되는 구조가 아니라 법인 단계에서만 손금부인으로 법인세가 늘어나는 구조입니다. 이중부담이 아니라 법인단계 손금부인과 개인단계 기존 과세가 별개로 작동하는 것입니다. ▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 첫째, 보수 인상의 근거자료(매출·영업이익 증가, 신규 사업 성과, 동종업계 비교자료, 직무 범위 확대 내역 등)를 구체적인 수치와 함께 준비해 인상이 정당한 사유에 기한 것임을 소명할 수 있어야 합니다. 둘째, 급여지급기준 개정 시에는 이사회·주주총회 의사록뿐 아니라 임원의 직무 범위·책임, 실제 근무 실태를 함께 기록해 형식과 실질을 동시에 갖추는 것이 중요합니다. 셋째, 세무조사 결과 손금불산입 통지를 받았다면 산정 근거를 검토해 과세전적부심사를, 정식 과세처분 이후라면 이의신청·심사청구·심판청구 등 불복 절차의 기한과 실익을 따져보는 것이 바람직합니다. ※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 정확한 판단을 위해서는 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.