이미 법인세 세무조사를 받았는데 같은 세목과 과세기간으로 재조사 통지가 왔습니다, 위법한 중복조사가 맞나요?

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저희 회사는 이미 법인세 통합조사를 받아 조사가 종결되었는데, 최근 관할 세무서로부터 같은 세목과 같은 사업연도에 대해 다시 세무조사를 개시하겠다는 사전통지서를 받았습니다. 탈세 혐의가 있다는 구체적인 설명도 없이 재조사를 하겠다고 하는데, 이렇게 같은 세목과 과세기간에 대해 두 번 조사를 받아도 법적으로 문제가 없는 건가요? 절차상 다툴 방법이 있다면 함께 알고 싶습니다.

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이미 조사를 마친 세목과 과세기간에 대해 별다른 설명 없이 재조사 통지를 받으셨다면, 업무 부담은 물론 절차의 정당성에도 의문이 드는 것이 당연합니다. 이럴 때는 법률이 정한 재조사 요건을 실제로 충족했는지부터 짚어봐야 합니다. ▶ 먼저 상황 정리 국세기본법 제81조의4 제1항은 "세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다"고 규정해 세무조사권 남용 금지 원칙을 선언합니다. 이를 구체화한 같은 조 제2항은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해서는 재조사를 할 수 없다는 중복조사 금지 원칙을 정하되, 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우(제1호), 거래상대방 조사가 필요한 경우(제2호), 2개 이상 과세기간에 걸친 잘못이 있는 경우(제3호), 재조사 결정에 따른 조사(제4호), 납세자의 금품제공·알선이 있는 경우(제5호), 부분조사 후 미포함 부분에 대한 조사(제6호), 그 밖에 대통령령으로 정하는 유사한 경우(제7호, 시행령 제63조의2의 각종 과세자료 처리를 위한 재조사 등)에는 예외적으로 재조사를 허용합니다. ▶ 중복조사 여부 판단 시 살펴야 할 쟁점 ①새로 개시된 조사의 세목·과세기간이 앞선 조사와 실질적으로 동일한지입니다. 명칭을 '확인조사'로 바꾸어도 실질이 재조사면 규제 대상입니다. ②위 각 호의 예외 사유 중 어느 하나에 해당하는지, 그 사유가 조사 개시 전에 실제로 존재했고 통지서에 구체적으로 특정되어 있는지입니다. 막연히 '탈세 의혹'이라고만 적혀 있다면 제1호의 '명백한 자료'로 인정받기 어렵습니다. ③예외 사유 없이 이루어진 재조사 자료를 근거로 과세처분이 이루어졌는지, 그 처분이 절차적으로 위법한지입니다. ▶ 현실적인 판단 첫째, 세무서가 재조사 근거로 삼은 사유가 제81조의4 제2항 각 호 중 정확히 어디에 해당하는지 서면으로 확인해야 합니다. 사유를 밝히지 않거나 추상적으로만 언급한다면 그 자체로 절차적 하자를 다툴 여지가 큽니다. 둘째, 대법원은 예외 사유 없이 이루어진 중복조사에 기초한 과세처분은 위법하다고 판단해 왔고(대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두12070 판결), 나아가 중복조사로 얻은 자료를 근거로 삼지 않고도 동일한 처분이 가능한 경우라도 여전히 위법하다고 판시했습니다(대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 판결). 절차 위반만으로도 처분 전부가 취소될 수 있는 중대한 하자입니다. 셋째, 실무에서는 '확인조사'나 '자료 소명 요구' 형식을 취해 재조사가 아니라고 주장하는 사례가 많으므로, 조사 범위·방법이 처음 조사와 같은 수준인지를 구체적으로 따져야 합니다. ▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 첫째, 재조사 사전통지서를 받은 단계에서 예외 사유의 근거·자료 제시를 서면으로 요구하고, 답변이 부실하면 조사 개시 자체에 이의를 제기할 수 있습니다. 둘째, 이미 과세처분까지 이루어졌다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 국세기본법 제7장에 따른 이의신청, 심사청구 또는 심판청구로 절차적 위법을 다툴 수 있고, 그 결정에 불복하면 행정소송으로 나아갈 수 있습니다. 90일을 이미 넘겼다면 경정청구 등 다른 구제수단 가능 여부를 별도로 검토해야 합니다. 셋째, 핵심 증거는 최초 조사종결통지서와 조사범위·사유가 적힌 문서이므로, 미리 확보해 재조사 통지 내용과 대조해 두는 것이 중요합니다. ※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 정확한 판단을 위해서는 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.

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