저는 개인사업자로 2023년 귀속 종합소득세를 신고하면서 세무 지식이 부족해 사업장 임차료와 직원 인건비 일부를 필요경비로 반영하지 못했습니다. 최근 세무사와 상담하는 과정에서 이 사실을 알게 되었는데, 법정신고기한은 이미 오래전에 지난 상태입니다. 지금이라도 경정청구를 해서 더 낸 세금을 돌려받을 수 있는지, 청구 기한은 언제까지인지, 세무서에서 답변이 없으면 어떻게 대응해야 하는지도 함께 알고 싶습니다.
임차료와 인건비를 빠뜨린 채 몇 년째 세금을 더 내고 계셨다는 사실을 뒤늦게 알게 되셨을 때 드셨을 답답함이 짐작됩니다. 이런 경우를 위한 구제 제도가 국세기본법에 마련되어 있으니 아래 내용을 확인해 보시기 바랍니다.
▶ 먼저 상황 정리 : 국세기본법 제45조의2 제1항에 따르면 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 그 신고한 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 금액보다 많거나 결손금액·환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 금액보다 적을 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 결정 또는 경정을 청구할 수 있습니다. 이것이 통상적 경정청구입니다. 이와 별도로 같은 조 제2항은, 최초 신고나 결정의 근거가 된 거래·행위가 그에 관한 소송의 판결에 의하여 다른 것으로 확정되는 등 후발적 사유가 발생한 경우 그 사유를 안 날부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있는 후발적 경정청구 제도를 두고 있습니다. 두 제도는 요건과 기산점이 다른 별개의 제도로, 어느 하나만 충족해도 청구할 수 있습니다. 귀하는 2023년 귀속분 신고이므로 법정신고기한이 원칙적으로 2024년 5월 31일(성실신고확인대상자는 6월 30일)이며, 이로부터 5년이 되는 2029년 5~6월까지는 통상적 경정청구 기간 내에 있어 상담 시점인 지금(2026년 8월) 바로 경정청구서를 제출하실 수 있습니다.
▶ 경정청구 시 살펴야 할 쟁점 : ① 통상적 경정청구 기간(2029년 5~6월까지) 내에 있는지 ② 필요경비 누락이 후발적 경정청구 사유(판결에 의한 확정 등)에 해당하는지, 통상적 경정청구로만 다툴 사안인지 ③ 누락된 임차료·인건비를 뒷받침할 계약서, 계좌이체 내역, 세금계산서, 원천징수영수증 등 증빙이 남아 있는지 ④ 최초 신고가 기준경비율·단순경비율 등 추계 방식이었다면 실액 필요경비 인정 범위가 달라질 수 있다는 점입니다.
▶ 현실적인 판단 : 첫째, 법정신고기한까지 정상적으로 신고하신 경우이므로 제45조의2 제1항이 그대로 적용되어, 아직 5년의 청구기간이 3년가량 남아 있어 지금 경정청구서를 제출하시면 됩니다. 둘째, 신고 당시 몰라서 필요경비를 누락한 사정은 일반적으로 같은 조 제2항의 후발적 사유(판결에 의한 확정 등)에 해당하지 않으므로, 통상적 경정청구로 처리하시면 됩니다. 셋째, 임차료는 임대차계약서와 계좌이체 내역, 인건비는 근로계약서·급여대장·원천징수이행상황신고서로 지급 사실과 금액을 객관적으로 증명해야 실제 환급까지 이어질 수 있으며, 증빙이 불완전하면 세무서가 청구를 받아들이지 않을 수 있습니다.
▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 : 첫째, 지금 바로 경정청구서를 작성해 관련 증빙과 함께 관할 세무서에 제출하십시오. 둘째, 세무서장은 제45조의2 제3항에 따라 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정하거나 경정할 이유가 없다는 뜻을 통지해야 하며, 그 기간 내 통지가 없으면 같은 항 단서에 따라 통지 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청·심사청구·심판청구 등 불복 절차로 나아갈 수 있고, 이때 각 절차의 청구기간은 원칙적으로 그날부터 90일 이내이므로 놓치지 않도록 준비해야 합니다. 셋째, 최초 신고를 추계 방식(기준경비율·단순경비율)으로 하셨다면 실액 필요경비 인정 범위가 달라질 수 있으니 신고 방식도 함께 확인해 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 정확한 판단을 위해서는 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.
