발급은 제때 마쳤는데 전송만 빠졌다는 사실을 뒤늦게 알게 되면, 일을 하지 않은 것도 아닌데 제재부터 걱정해야 하는 처지가 됩니다. ▶ 먼저 상황 정리 질문자의 회사는 회계 시스템과 연동된 발급 대행 프로그램으로 전자세금계산서를 발급해 왔고, 거래처는 이를 수취해 매입세액공제까지 마쳤습니다. 그런데 프로그램 오류로 여러 달 분량의 발급명세가 국세청에 전송되지 않았습니다. 발급 자체는 공급시기에 맞춰 이루어졌고 거래 사실에도 다툼이 없는 상황입니다. 쟁점은 전송 지연이 별도의 의무 위반인지, 그 불이익이 공급받는 자에게까지 미치는지입니다. ▶ 전자세금계산서 전송 누락 시 살펴야 할 쟁점 ① 발급과 전송은 별개 의무: 부가가치세법은 전자세금계산서를 발급한 사업자가 발급일의 다음 날까지 발급명세를 국세청장에게 전송하도록 정하고 있습니다. 국세청 전송은 그 자체로 이행해야 하는 의무이므로, 거래처가 세금계산서를 정상적으로 수취했다는 사정만으로 면책되지는 않습니다. ② 가산세의 구조: 부가가치세법은 전송기한을 넘겨 뒤늦게 전송한 경우와 끝내 전송하지 않은 경우를 나누어 가산세를 부과합니다. 2026년 기준 지연전송은 공급가액의 0.3%, 미전송은 0.5%가 적용되며, 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 전송을 마쳤는지가 두 구간을 가르는 기준이 됩니다. 요율과 구간은 개정이 잦으므로 신고 시점의 기준을 다시 확인해야 합니다. ③ 공급받는 자의 매입세액: 전송의무는 공급자에게 부과된 것이므로, 필요적 기재사항이 제대로 적힌 세금계산서를 실제로 수취했다면 전송 누락만을 이유로 거래처의 매입세액공제가 부인되지는 않는 것이 원칙입니다. 다만 미전송분은 국세청 조회 화면에 나타나지 않으므로 매입처별 세금계산서합계표에 반영해 신고해야 합니다. ▶ 현실적인 판단 첫째, 가산세가 공급가액을 기준으로 계산되므로 매출 규모가 큰 사업장일수록 몇 달 치 누락만으로도 금액이 크게 불어납니다. 둘째, 확정신고기한이 지나기 전에 전송을 마치면 미전송이 아니라 지연전송으로 정리될 수 있어, 발견 즉시 움직이는 것이 실질적인 절감 수단입니다. 셋째, 시스템 오류라는 사정만으로 가산세가 당연히 면제되지는 않으나, 발급 사실과 오류 경위를 입증할 자료는 감면 판단에서 의미를 가질 수 있습니다. ▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 첫째, 누락 구간을 과세기간별로 확정하고 전송이 가능한 분은 지체 없이 일괄 전송해 지연전송과 미전송의 구분을 유리하게 정리하십시오. 둘째, 대행 프로그램의 오류 기록과 발급 이력을 확보해 두고, 필요하면 정당한 사유에 따른 가산세 감면 신청을 검토해 보시기 바랍니다. 셋째, 거래처에는 발급된 세금계산서가 유효하다는 점과 합계표 반영이 필요하다는 점을 미리 안내해 불필요한 분쟁을 줄이는 것이 좋습니다. ※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 정확한 판단을 위해서는 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.