법인이 대표이사 소유 토지를 감정가보다 비싸게 사들이면 어떤 세금이 따라오나요?

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가족이 지분 대부분을 가진 중소법인입니다. 사업 확장을 위해 대표이사 개인 명의 토지를 법인이 매입하려 합니다. 대표이사는 법인이 생각한 매입가보다 30퍼센트가량 높은 금액을 원하고, 이사회에서도 그 가격에 동의하는 분위기입니다. 법인이 시세보다 비싸게 사면 법인과 대표이사 양쪽에 어떤 세금 문제가 생기는지, 감정평가를 받아 두면 안전한지 궁금합니다.

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가족이 지분을 나눠 가진 법인에서 대표이사 소유 부동산을 사들이는 거래는 세무조사에서 가장 먼저 들여다보는 항목 가운데 하나입니다. ▶ 먼저 상황 정리 가족이 지분 대부분을 보유한 중소법인이 사업 확장을 위해 대표이사 개인 명의 토지를 매입하려 합니다. 대표이사가 원하는 가격은 법인이 생각한 매입가보다 30퍼센트가량 높고, 이사회도 이에 동의하는 분위기입니다. 쟁점은 특수관계인 사이의 고가매입이 세법에서 어떻게 취급되는지, 감정평가를 받아 두면 시가 다툼을 피할 수 있는지입니다. ▶ 법인이 특수관계인 자산을 비싸게 살 때 살펴야 할 쟁점 ① 부당행위계산의 부인: 법인세법은 특수관계인과의 거래로 법인의 조세부담을 부당하게 줄인 것으로 인정되는 경우 그 거래를 부인하고 시가를 기준으로 소득금액을 다시 계산하도록 합니다. 자산의 고가매입은 그 대표적인 유형으로 열거되어 있고, "시가와 거래가액의 차이가 시가의 일정 비율 이상이거나 일정 금액 이상인 경우에 적용되며, 이 기준 금액과 비율은 개정될 수 있으므로 거래 전에 확인해야 합니다."로 바꾸거나, 수치를 남기려면 '2026년 기준으로' 대신 '현재 기준으로는'을 쓰고 개정 가능성 문구를 함께 붙일 것. ② 시가의 판정 순서: 같은 법은 특수관계인이 아닌 자와의 정상적인 거래에서 통상 적용되는 가격을 시가로 보고, 시가가 분명하지 않으면 감정평가법인이 평가한 감정가액, 그다음으로 상속세 및 증여세법의 보충적 평가방법을 순서대로 적용하도록 합니다. 감정가액은 유력한 근거이지만 평가 시점과 조건, 감정기관 수에 따라 다툼의 여지가 남습니다. ③ 소득처분과 개인 쪽 과세: 시가를 넘는 금액은 자산의 취득가액에서 제외되어 손금으로 인정되지 않고, 사외로 유출된 것으로 보아 대표이사에 대한 상여로 소득처분되어 근로소득세와 원천징수 문제가 생깁니다. 대표이사 개인은 상여로 처분된 금액을 양도가액에서 빼고 양도소득세를 다시 계산하게 되며, 그렇게 소득세가 매겨지는 부분에는 상속세 및 증여세법의 고가 양도에 따른 이익의 증여 규정까지 겹쳐 적용되지는 않는 것이 원칙입니다. ▶ 현실적인 판단 첫째, 이사회 결의로 가격을 정했더라도 세법상 시가 판단은 별개여서 내부 절차만으로는 방어가 되지 않습니다. 둘째, 감정평가는 안전장치이지만 만능은 아니며, 감정 시점이 거래일과 크게 벌어지거나 평가 조건을 임의로 붙이면 부인될 수 있습니다. 셋째, 법인은 손금불산입으로, 대표이사는 상여 소득처분에 따른 근로소득세와 원천징수로 양쪽에서 과세될 수 있어 실질 부담이 예상보다 커집니다. ▶ 현실적으로 취할 수 있는 방향 첫째, 계약 전에 서로 다른 감정평가법인 두 곳 이상의 감정가액과 인근 실거래 사례를 함께 확보해 가격 근거를 남기시기 바랍니다. 둘째, 이사와 회사 사이의 거래에 필요한 이사회 승인 절차를 상법에 맞게 밟고, 가격 산정 경위를 의사록과 검토보고서로 문서화하시기 바랍니다. 셋째, 금액이 크다면 계약 체결 전에 세무사와 시가 자료를 검토하고, 필요하면 매매가격을 감정가액 수준으로 조정하는 방안을 먼저 논의하시길 권합니다. ※ 이 내용은 일반적인 세무 정보이며, 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 정확한 판단을 위해서는 세무사와 직접 상담하시기 바랍니다.

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