농·축·수산물 같은 면세 농산물은 부가가치세가 붙지 않아 세금계산서상 매입세액이 없습니다. 그런데 이를 원재료로 사서 과세되는 음식 등을 만들어 팔면, 매입세액 공제를 받지 못해 부담이 커질 수 있습니다. 이를 보완해 주는 것이 '의제매입세액공제'입니다(부가가치세법). 핵심은, 면세로 공급받은 농산물 등을 원재료로 사용해 과세 재화·용역을 공급하는 사업자가, 실제로는 매입세액이 없더라도 일정 공제율을 적용해 매입세액이 있는 것처럼 '의제'해 공제받도록 하는 것입니다. 대표적으로 음식점업, 제조업 등이 대상이 됩니다. 적용의 개요는 다음과 같습니다. ① 면세 농산물 등의 매입가액에 업종별로 정해진 공제율을 곱한 금액을 매입세액으로 보아 공제합니다. 음식점업은 개인·법인 여부, 과세유형 등에 따라 공제율이 다르고, 매출액에 연동한 한도가 적용됩니다. ② 공제를 받으려면 매입 사실을 증빙으로 입증해야 합니다. 계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증 등 적격증빙이나 농어민에게 직접 산 경우의 관련 증빙 등을 갖추어야 하며, 증빙 없이 임의로 공제받을 수는 없습니다. ③ 부가세 신고 시 의제매입세액공제신고서와 증빙을 함께 제출합니다. 주의할 점은, 공제 대상은 '면세 농산물 등'이며 이미 과세되어 세금계산서를 받은 매입은 일반 매입세액공제로 처리한다는 것, 그리고 한도를 초과하는 부분은 공제되지 않는다는 것입니다. 식당처럼 면세 원재료 매입 비중이 큰 업종은 이 공제를 잘 챙기면 부가세 부담을 상당히 줄일 수 있습니다. 본인의 업종별 공제율과 한도, 갖추어야 할 증빙은 사업 형태에 따라 다르므로, 매입 내역과 증빙을 정리해 전문가와 상담해 빠짐없이 공제받으시길 권해드립니다.