보증금을 인상하신 후 부가가치세 신고 시 이를 매출에 포함해야 하는지 궁금하신 것으로 보입니다. 결론부터 말씀드리면, 상가 임대 시 받는 보증금(전세금 포함)에 대해서는 '간주임대료'라는 개념으로 부가가치세 과세표준에 포함해야 합니다. 먼저 '간주임대료'가 무엇인지부터 살펴보겠습니다. ①부가가치세법 시행령 제65조에 따르면, 부동산임대업을 영위하는 사업자가 전세금 또는 임대보증금을 받는 경우, 월세 이외에 금융수익 상당액을 임대료로 간주하여 부가가치세를 과세합니다. ②간주임대료는 '보증금 등의 적수(積數) × 국세청장이 매년 고시하는 정기예금 이자율 ÷ 365(윤년은 366)'의 산식으로 계산되며, 최근 고시 이자율은 연 3.5% 내외에서 결정되고 있습니다. ③보증금을 5천만원에서 1억원으로 인상하신 경우, 인상 전후 기간을 나누어 각각의 보증금 적수를 계산한 뒤 이를 합산하여 해당 과세기간의 간주임대료를 산출해야 합니다. 즉 인상 시점을 기준으로 일할 계산이 이루어집니다. ④간주임대료는 세금계산서를 발급하지 않고 부가가치세 신고서의 과세표준란(기타매출)에 직접 반영하며, 부가가치세는 원칙적으로 임대인이 부담하고 임차인에게 별도로 청구하지 않는 것이 일반적입니다. 따라서 대응 방법으로는, ①보증금 인상 계약서(재계약서)에 인상 시점을 명확히 기재하여 적수 계산의 기준일을 확정해두시고, ②홈택스에서 제공하는 간주임대료 자동계산 프로그램이나 세무대리인을 통해 정확한 적수와 이자율을 적용해 계산하시며, ③월세에 대한 부가가치세와 간주임대료에 대한 부가가치세를 합산하여 하나의 과세표준으로 신고하시고, ④만약 과거 신고에서 간주임대료를 누락한 사실이 있다면 수정신고나 경정청구를 통해 가산세 부담을 최소화하는 방향으로 정리하시는 것이 바람직합니다. 정리하면, 인상된 보증금 역시 간주임대료 계산의 기초가 되므로 반드시 부가가치세 신고에 반영하셔야 하며, 계산 방식과 적용 이자율에 따라 세액 차이가 발생할 수 있습니다. 정확한 것은 세무사와 상담하시길 권해드립니다.