근로기준법 제43조 제1항은 임금(퇴직금 포함)을 근로자에게 전액 직접 지급하도록 정하고 있어, 사용자가 근로자의 동의 없이 일방적으로 다른 채무(이 사안의 경우 건강보험료 정산분)를 퇴직금에서 공제(상계)하는 것은 원칙적으로 허용되지 않습니다. 다만 판례는 근로자가 자유로운 의사에 기해 상계에 동의한 경우는 예외적으로 유효하다고 보고 있습니다(대법원 2001다25184 참조). 따라서 이 사안에서 건강보험료 정산분(약 5만원)을 퇴직금에서 공제하려면, 다음 절차를 거치는 것이 안전합니다. 첫째, 근로자에게 정산 내역(건강보험료 정산분이 왜 발생했는지, 정확한 금액)을 구체적으로 설명하고 안내합니다. 둘째, 이 금액을 퇴직금에서 공제하는 것에 대한 근로자의 명시적인 동의를 서면(문자, 이메일, 동의서 등 기록이 남는 형태)으로 받아둡니다. 셋째, 이렇게 동의를 받은 뒤 공제해 지급하고, 퇴직금 산정 명세서에 공제 내역을 명확히 기재해 함께 교부합니다. 만약 근로자가 동의하지 않는다면, 회사는 퇴직금 전액을 먼저 지급한 뒤 건강보험료 정산분에 대해서는 별도로 반환을 청구(민사상 청구 또는 국민건강보험공단을 통한 정산 절차 확인)해야 하며, 동의 없이 임의로 공제하면 그 공제된 부분에 대해 임금체불(퇴직금 미지급)로 노동청에 진정될 수 있습니다. 이 답변은 일반적인 법률 정보 제공을 위한 것입니다.