근로기준법 위반으로 검찰에 송치된 사건에서, 피해자(고소인 또는 진정인) 본인이 「처벌을 원하지 않는다」는 취지의 처벌불원서를 검찰에 직접 제출하면, 이는 수사기관과 검찰이 처분(기소 여부, 구약식 여부 등)을 결정할 때 중요한 참작 사유가 됩니다. 다만 이것이 사건을 자동으로 「종료」시키는 것은 아니라는 점에 유의해야 합니다. 근로기준법 위반 사건 중 일부(임금체불 등)는 피해자의 처벌불원 의사가 있으면 「반의사불벌죄」적 성격으로 처리되어 공소를 제기할 수 없게 되는 경우가 있지만, 위반 조항의 성격에 따라 검사가 여전히 기소 여부를 재량으로 판단하는 경우도 있으므로, 구체적으로 어떤 조항 위반으로 송치되었는지에 따라 처분 결과가 달라질 수 있습니다. 처벌불원서와 별도 합의사항(비밀유지, 손해배상 등)의 관계에 대해서는 다음을 권합니다. 처벌불원서는 형사절차에서 「처벌을 원하지 않는다」는 의사를 명확히 전달하기 위한 순수한 의사표시 서면으로 작성하는 것이 원칙이며, 여기에 비밀유지 조항이나 손해배상 조항과 같은 사적 계약 내용을 함께 담으면, 그 서면의 성격이 모호해지고 「조건부 처벌불원」으로 비쳐 검찰의 판단에 오히려 불리하게 작용하거나 서면 자체의 신뢰성이 흔들릴 수 있습니다. 따라서 처벌불원서는 그 자체로 간결하게 작성해 제출하고, 비밀유지·손해배상 등 당사자 간의 별도 약정 사항은 이와 분리된 별도의 합의서(민사상 합의서)로 작성하시는 것을 권합니다. 이 별도 합의서에 담긴 비밀유지 의무나 손해배상 조항은, 통상적인 계약의 효력 요건(자유로운 의사, 사회질서 위반이 아닐 것 등)을 갖춘다면 유효하게 인정될 수 있으며, 위반 시 이를 근거로 민사상 손해배상을 청구할 수 있습니다. 이 답변은 일반적인 법률 정보 제공을 위한 것입니다.