회사를 그만두는 달, 급여명세서와 함께 근로소득 원천징수영수증 한 장을 받습니다. 숫자가 빼곡하지만 대부분은 서랍에 넣어 두고 잊습니다. 그런데 이 한 장은 그해 세금이 끝났다는 증서가 아닙니다. 퇴직하는 달에 회사가 하는 정산은 본인에 대한 기본적인 공제만 넣고 마무리하는 약식 절차라서, 그해에 쓴 병원비도 넣은 연금저축도 낸 기부금도 반영되지 않은 상태입니다. 낼 필요가 없던 세금이 그대로 남아 있는 경우가 적지 않습니다.

이 글에서는 연도 중간에 퇴사한 근로자의 소득세가 최종적으로 어떻게 정리되는지를 순서대로 살펴봅니다. 퇴사할 때 회사가 하는 약식 정산에서 무엇이 빠지는지, 그해 안에 재취업했다면 종전 근무지 원천징수영수증을 새 회사에 제출하는 절차, 재취업하지 않았다면 이듬해 5월 종합소득세 확정신고로 직접 환급받는 방법, 근무기간에만 인정되는 공제와 연간 인정되는 공제의 차이, 그리고 이미 지나간 해를 경정청구로 5년까지 되돌리는 경로를 정리합니다.

상담 사례

사례 ① 4월에 퇴사하고 그해 재취업하지 않은 경우
A씨는 2026년 4월 30일자로 7년 다닌 회사를 그만두었습니다. 1월부터 4월까지 받은 급여는 세전 1,850만원이고, 퇴사할 때 받은 원천징수영수증에는 결정세액이 남아 있었습니다. A씨는 그해 3월 아버지 수술비로 420만원을 부담했고, 연금저축에는 매달 25만원씩 자동이체를 걸어 두어 퇴사 후에도 계속 납입하고 있으며, 정기후원 단체에 연간 60만원을 기부했습니다. 회사에는 이 자료를 낸 적이 없습니다.

사례 ② 두 곳에서 일한 해, 그리고 4년 전에도 같은 일이 있었던 경우
B씨는 2026년 2월 20일 전 직장을 퇴사하고 실업급여를 받으며 구직하다가 6월 1일 새 회사에 입사했습니다. 전 직장 원천징수영수증은 가지고 있지만 새 회사에 내지는 않았습니다. 전 직장 급여가 알려지는 것이 부담스러웠기 때문입니다. B씨는 2022년에도 8월에 퇴사한 뒤 그해 재취업하지 않았고, 이듬해 5월에 아무 신고도 하지 않은 채 넘어간 적이 있습니다.

결론부터 정리하면

• 퇴사할 때 회사가 하는 정산은 본인 기본공제와 정액의 표준세액공제 정도만 반영한 약식 정산입니다. 의료비·교육비·기부금·신용카드·연금저축·주택자금처럼 회사가 알 수 없는 항목은 통째로 빠집니다.
• 그래서 중도 퇴사자에게는 환급이 남아 있을 가능성이 큽니다. 다만 정산 결과 결정세액이 이미 0원이라면 낸 세금을 전부 돌려받은 상태여서 공제를 더 넣어도 추가 환급은 없습니다. 이 숫자 확인이 첫 순서입니다.
• 그해 12월 31일 현재 근무 중인 회사가 연말정산 의무를 집니다. 재취업했다면 종전 근무지 원천징수영수증을 새 회사에 제출해 합산 정산을 받는 것이 가장 간단합니다.
• 재취업하지 않았거나 종전 근무지 소득을 합산하지 않았다면 이듬해 5월 1일부터 31일까지 종합소득세 확정신고로 본인이 직접 공제를 반영합니다.
• 공제는 근무기간 중 지출만 인정되는 것(의료비·교육비·보험료·신용카드 등·주택자금)과 연간 지출 전부가 인정되는 것(기부금·연금계좌·공적연금 보험료·노란우산)으로 갈립니다.
• 이미 지나간 해는 경정청구로 되돌립니다. 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 청구하면 되고, 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 처리 결과를 통지해야 합니다(국세기본법 제45조의2).

퇴사할 때 하는 정산은 왜 '약식'인가

• 반영되는 것 — 근로소득공제, 본인 기본공제, 급여에서 이미 떼어 온 국민연금·건강보험·고용보험료, 근로소득세액공제, 그리고 특별소득공제·특별세액공제를 신청하지 않은 근로자에게 적용되는 정액의 표준세액공제 정도입니다.
• 빠지는 것 — 부양가족 기본공제와 추가공제, 의료비·교육비·기부금 세액공제, 신용카드 등 사용금액 소득공제, 연금계좌 세액공제, 주택임차차입금 원리금상환액과 장기주택저당차입금 이자상환액 공제, 월세 세액공제, 주택마련저축 공제입니다.
• 왜 그런가 — 회사는 급여대장에 있는 정보만 압니다. 연말정산 간소화 자료는 이듬해 1월 중순(통상 1월 15일)에 열리므로 연중 퇴사 시점에는 자료 자체가 존재하지 않습니다.
• 영수증 발급 — 퇴직자에 대한 근로소득 원천징수영수증은 퇴직한 달의 다음 달 말일까지 발급하도록 정해져 있습니다. 받지 못했다면 요구할 수 있습니다.

사례 ①에서 영수증에 결정세액이 남아 있다는 점이 중요합니다. 결정세액은 그해 최종적으로 부담할 세금이고 기납부세액은 매달 미리 떼어 낸 금액이며, 그 차이가 차감징수세액입니다. 마이너스로 표시되면 퇴사 정산에서 그만큼 이미 돌려받았다는 뜻입니다. A씨처럼 결정세액이 남아 있다면 의료비와 연금저축·기부금을 반영해 결정세액을 낮추는 만큼 추가 환급이 발생할 여지가 있습니다. 반대로 결정세액이 0원이면 이미 전액 환급된 상태라 공제를 아무리 쌓아도 더 나올 돈이 없습니다. 준비를 시작하기 전에 이 칸부터 봐야 헛수고를 피합니다.

그해 재취업했다면: 종전 근무지 영수증을 새 회사에 냅니다

• 합산 원칙 — 한 해에 두 곳 이상에서 근로소득이 발생했다면 12월 31일 현재 근무 중인 회사가 종전 근무지 소득까지 합쳐 연말정산을 합니다.
• 제출 서류와 시기 — 종전 근무지의 근로소득 원천징수영수증(필요하면 소득자별 근로소득 원천징수부 사본)을, 새 회사가 연말정산 서류를 걷는 이듬해 1~2월에 냅니다. 입사할 때 미리 내도 됩니다.
• 영수증 구하기 — 종전 회사에 재발급을 요청하는 것이 가장 빠릅니다. 회사가 근로소득 지급명세서를 제출한 뒤에는 홈택스에서도 조회되는데, 제출기한이 통상 다음 연도 3월 10일이라 그전에는 조회되지 않을 수 있습니다.
• 합산하지 않으면 — 두 소득이 따로 정산되어 누진세율이 제대로 적용되지 않습니다. 대개 세금이 덜 걷힌 상태가 되고, 이 경우 이듬해 5월 확정신고 의무가 생깁니다. 하지 않으면 무신고가산세와 납부지연가산세가 붙습니다.

사례 ②의 B씨가 놓인 자리가 여기입니다. 영수증을 내지 않는 선택 자체는 가능합니다. 다만 그렇게 하면 세금이 정리되지 않은 채 남는 것이지 없어지지 않습니다. B씨는 2027년 5월에 반드시 확정신고를 해서 1~2월 급여와 6~12월 급여를 합산해야 합니다. 국세청은 두 회사가 제출한 지급명세서로 총급여를 이미 알고 있으므로 신고하지 않으면 안내문이나 고지로 돌아옵니다. 선택지는 새 회사에 내고 2월에 끝내기와 내지 않고 5월에 직접 신고하기 둘뿐이고, 아무것도 하지 않기는 선택지가 아닙니다.

재취업하지 않았다면: 이듬해 5월에 직접 신고합니다

• 신고 기간 — 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지입니다. 홈택스·손택스로 하거나 세무서를 방문합니다.
• 신고 대상 — 그해 받은 근로소득 전부입니다. 퇴사 후 프리랜서로 원천징수(통상 3.3%)를 떼고 받은 돈이 있다면 사업소득으로 함께 신고합니다.
• 자료 확보 — 이듬해 1월 중순(통상 1월 15일) 개통되는 연말정산 간소화에서 의료비·기부금·연금저축·신용카드 자료를 내려받습니다. 개통일은 해당 연도 국세청 공지를 확인하시기 바랍니다. 안경 구입비나 취학 전 아동 학원비처럼 간소화에 잡히지 않는 항목은 영수증을 따로 받아야 합니다.
• 환급 시기 — 검토를 거쳐 지급되며 5월 신고분은 통상 6~7월 중에 입금됩니다. 환급계좌를 정확히 입력해야 합니다. 소득세에 연동된 개인지방소득세도 함께 정리됩니다.

사례 ①의 A씨는 2027년 5월에 2026년 귀속 확정신고를 하게 됩니다. 1~4월 급여만 있고 그 뒤로 소득이 없으니 연간 총급여 자체가 낮아, 근로소득공제와 인적공제를 거치면 과세표준이 크게 내려갑니다. 여기에 의료비·연금저축·기부금 세액공제를 얹으면 1~4월에 원천징수당한 세금이 대부분 돌아올 수 있습니다. 연중에 퇴사해 소득이 끊긴 사람일수록 환급 폭이 큰 이유는 단순합니다. 다달이 떼어 간 세금은 그 급여 수준이 열두 달 이어질 것을 전제로 계산된 금액인데, 실제 연소득은 그보다 훨씬 적기 때문입니다.

근무기간에만 인정되는 공제, 연간 인정되는 공제

• 근로 제공 기간의 지출만 인정 — 보험료, 의료비, 교육비, 주택자금(주택임차차입금 원리금상환액, 장기주택저당차입금 이자상환액), 주택마련저축, 신용카드 등 사용금액, 월세 세액공제입니다. 퇴사 후 쓴 병원비나 카드값은 넣을 수 없습니다.
• 연간 지출 전부 인정 — 기부금 세액공제, 연금계좌 세액공제, 국민연금 등 공적연금 보험료 소득공제, 소기업·소상공인 공제부금은 근로 제공 기간과 무관하게 그해 지출액 전부가 대상입니다.
• 인적공제는 연간 기준 — 기본공제와 경로우대·장애인 등 추가공제는 과세기간 종료일 현재 상황으로 판단하며 근무 개월 수로 나누지 않습니다.
• 퇴사 후 지역가입 건강보험료 — 보험료 공제는 근로 제공 기간 납부분만 대상이라 지역가입자로 낸 보험료는 근로소득에서 공제되지 않습니다.
• 의료비의 문턱 — 의료비는 총급여의 일정 비율을 넘는 금액부터 공제되는 구조입니다. 중도 퇴사로 총급여가 낮아지면 그 문턱도 함께 낮아져 같은 금액을 써도 공제 대상 금액이 커집니다.
• 한도와 세율은 해마다 바뀝니다 — 연금계좌 세액공제 한도, 신용카드 등 사용금액 공제 한도와 추가공제, 기부금 공제율, 과세표준 구간과 세율은 개정이 잦습니다. 금액을 계산할 때는 신고하려는 해당 연도 기준을 확인해야 합니다. 특히 경정청구처럼 과거 연도를 다룰 때는 그 시점 기준을 적용해야 하므로, 올해 기준으로 계산해 두면 결과가 어긋납니다.

사례 ①에 대입하면 구분이 뚜렷해집니다. 아버지 수술비 420만원은 3월 지출, 즉 근로 제공 기간 중이라 의료비 세액공제 대상입니다. 반면 5월 이후 병원비나 카드 사용액은 넣을 수 없습니다. 연금저축은 다릅니다. 퇴사 후인 5월부터 12월까지 납입분도 연간 납입액으로 인정되므로 이체를 끊지 않은 것이 유리하게 작용합니다. 정기후원 60만원도 연간 전액이 대상입니다. 더해서, 약식 정산에는 본인 기본공제만 들어가므로 소득·나이 요건을 갖춘 부모님이나 자녀가 있다면 5월 신고에서 처음 반영하게 됩니다. 부양가족을 한 명 더하면 그 가족이 쓴 의료비와 교육비까지 함께 따라오는 경우가 많아 실질 효과가 큽니다.

이미 지난 해는 경정청구로: 5년까지 되돌립니다

• 근거와 기한 — 신고한 세액이 세법에 따라 계산한 금액을 초과하면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정을 청구할 수 있습니다. 근로소득만 있어 연말정산으로 종결된 경우에도 청구할 수 있습니다.
• 기산점 계산 — 근로소득의 법정신고기한은 다음 해 5월 31일입니다. 2022년 급여라면 2023년 5월 31일이 기준이므로 2028년 5월 31일까지 가능합니다. 같은 방식으로 2026년 9월 현재는 2021년 귀속분까지 살아 있고, 2020년 귀속분은 기한이 지났습니다.
• 신청 방법 — 홈택스 경정청구 메뉴를 이용하거나 주소지 관할 세무서에 청구서를 제출합니다. 퇴사한 회사를 거칠 필요가 없고 회사에 통보되지도 않습니다.
• 준비 서류 — 해당 연도 원천징수영수증, 추가 공제의 증빙(의료비 영수증, 기부금영수증, 연금납입확인서, 교육비 납입증명서), 부양가족을 더한다면 가족관계증명서입니다. 간소화에서 과거 연도를 선택해 조회할 수 있습니다.
• 처리와 불복 — 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결정 여부를 통지해야 합니다. 거부되거나 통지가 없으면 이의신청·심사청구·심판청구로 다툴 수 있습니다. 여러 해가 걸쳐 있다면 연도마다 따로 청구합니다.

사례 ②의 B씨에게는 2022년 귀속분이 그대로 남아 있습니다. 8월 퇴사 후 9~12월 소득이 없어 총급여가 애초 예상보다 크게 줄었는데도 1~8월분 세금만 원천징수당한 채 끝났고, 약식 정산에는 부양가족도 의료비도 기부금도 들어가지 않았습니다. B씨는 2028년 5월 31일까지 2022년 귀속 경정청구를 낼 수 있고, 2023년 이후 각 연도에 비슷한 사정이 있었다면 함께 검토할 수 있습니다. 다만 출발점은 같습니다. 그해 결정세액이 0원이었다면 돌려받을 재원 자체가 없으므로 서류를 모으기 전에 숫자부터 확인해야 합니다.

이런 대응은 오히려 위험합니다

• 퇴사할 때 정산을 받았으니 그해 세금은 끝났다고 판단하는 것 — 약식 정산은 시작이지 종결이 아닙니다.
• 종전 근무지 소득을 알리기 싫어 영수증도 내지 않고 5월 신고도 하지 않는 것 — 지급명세서로 이미 파악되는 정보라 감춰지지 않고 가산세만 늘어납니다.
• 결정세액이 0원인 영수증을 들고 증빙을 모으며 시간을 쓰는 것 — 이미 전액 환급된 상태여서 더 나올 돈이 없습니다.
• 퇴직금과 실업급여를 근로소득에 합산해 신고서에 적는 것 — 퇴직소득은 별도로 정산되고, 고용보험법에 따른 실업급여는 비과세소득입니다.
• 퇴사 후 지출한 병원비와 카드값을 그대로 넣는 것 — 근로 제공 기간 외의 지출은 공제가 부인되고 가산세로 돌아옵니다.
• 연금저축이나 노란우산 납입을 퇴사와 동시에 해지하는 것 — 퇴사 후 납입분도 인정되는 항목이고, 중도해지하면 그동안 받은 혜택이 추징되는 구조입니다.

자주 묻는 질문

Q. 차감징수세액이 마이너스로 찍혀 있습니다. 이미 다 돌려받은 건가요?
그 금액만큼 퇴사 정산에서 환급받았다는 뜻입니다. 다만 함께 적힌 결정세액이 남아 있다면 5월 신고에서 공제를 더 넣어 결정세액을 낮추는 만큼 추가 환급이 가능합니다. 결정세액이 0원이라면 그 해에는 더 돌려받을 것이 없습니다.

Q. 퇴직금과 실업급여도 5월에 함께 신고하나요?
아닙니다. 퇴직금은 퇴직소득으로 회사가 별도 정산하고 종합소득에 합산하지 않으며, 고용보험법에 따라 받는 실업급여는 비과세소득이라 신고 대상이 아닙니다.

Q. 종전 회사가 폐업해 원천징수영수증을 받을 수 없습니다.
회사가 지급명세서를 제출했다면 홈택스에서 본인의 제출 내역을 조회해 소득 자료를 확인할 수 있습니다. 제출되지 않았다면 급여이체 내역과 근로계약서, 급여명세서로 소득을 소명하며 신고하게 되므로 관할 세무서에 사실관계를 설명하고 진행 방법을 확인하는 편이 안전합니다.

Q. 5월에 직접 신고하면 지금 다니는 회사가 알게 되나요?
확정신고는 본인과 과세관청 사이의 절차라 회사에 통보되지 않습니다. 종전 근무지 소득을 알리고 싶지 않다면 영수증을 내지 않고 직접 신고하는 방법을 택할 수 있습니다. 다만 그 경우 5월 신고는 선택이 아니라 의무가 됩니다.

Q. 5월 신고 기한을 놓쳤습니다. 지금이라도 되나요?
환급만 발생하는 경우라면 경정청구나 기한 후 신고로 5년 이내에 정리할 수 있습니다. 낼 세금이 있는 상태에서 기한을 넘겼다면 기한 후 신고를 서두르는 편이 유리합니다. 신고가 빠를수록 무신고가산세가 감면되는 구조이기 때문입니다.

체크리스트

• 퇴사할 때 받은 원천징수영수증에서 결정세액·기납부세액·차감징수세액 세 칸을 먼저 확인합니다.
• 결정세액이 0원이 아니라면 그해 지출한 의료비·교육비·기부금·연금저축·신용카드 자료를 모읍니다.
• 항목마다 퇴사일 전 지출인지 표시합니다. 기부금·연금계좌·공적연금 보험료·노란우산은 날짜를 따지지 않습니다.
• 그해 재취업했다면 종전 근무지 영수증을 새 회사 연말정산 서류와 함께 냅니다. 내지 않기로 했다면 이듬해 5월 신고를 일정에 못 박습니다.
• 재취업하지 않았다면 간소화 자료 개통일(통상 1월 15일) 이후 자료를 내려받고 5월 1일부터 31일 사이에 확정신고를 합니다.
• 공제 한도와 세율 구간은 해마다 개정되므로, 계산에 들어가기 전에 해당 연도 기준인지 확인합니다.
• 부양가족 공제를 넣을 수 있는지 소득 요건과 나이 요건을 확인하고 필요하면 가족관계증명서를 준비합니다.
• 지난 5년 안에 중도 퇴사한 해가 있는지 되짚어 해당 연도 영수증을 꺼내 경정청구 대상인지 확인합니다.

중도 퇴사자의 세금은 회사가 마무리해 주는 것이 아니라 본인이 마무리하는 구조입니다. 퇴사한 달에 받은 정산은 회사가 아는 정보만으로 계산한 임시 숫자이고, 나머지 절반은 이듬해 2월 새 회사의 서류철에서든 5월 홈택스 화면에서든 본인이 채워 넣어야 완성됩니다. 소득이 끊겨 총급여가 줄어든 해일수록 되돌아올 금액이 크다는 점, 이미 지나간 해도 5년까지는 문이 열려 있다는 점을 기억하시기 바랍니다. 오늘 서랍에서 영수증 한 장을 꺼내 결정세액 칸을 보는 것으로 시작하면 됩니다.