1층에서는 오래된 가게가 영업 중이고, 2층과 3층은 가족이 살아온 집인 건물. 이런 건물 한 채를 가진 분들이 매도를 앞두고 가장 먼저 듣는 말은 "주택 면적이 더 크면 건물 전체를 주택으로 봐서 다 비과세된다"는 이야기입니다. 오래 통용되던 설명이지만 지금은 절반만 맞습니다. 2022년 1월 1일 이후 양도분부터는 값이 일정 기준을 넘는 겸용주택이라면, 주택 면적이 아무리 커도 상가 부분까지 비과세가 따라오지 않습니다. 계약서에 도장을 찍은 다음에 이 사실을 알게 되면 되돌릴 방법이 거의 없습니다.

이 글에서는 1층은 가게, 2층은 집인 겸용주택을 팔 때 세금이 어디에서 갈리는지를 순서대로 정리합니다. 2022년부터 달라진 고가 겸용주택의 주택 판정이 실제로 무엇을 바꾸었는지, 주택 면적을 세는 방법과 지하실·옥탑·계단 같은 애매한 공간의 처리, 주택 부수토지의 안분과 배수 한도, 그리고 상가 부분에 따라붙는 부가가치세와 세금계산서, 토지·건물 가액 구분과 감가상각 정산까지, 처분 전에 밟아야 할 점검 순서를 살펴봅니다.

상담 사례

사례 ① 주택 면적이 두 배인데도 세금이 나온다는 말을 들은 경우
A씨는 서울 도시지역 주거지역에 있는 대지 200㎡, 지상 3층 건물을 2008년에 취득해 보유해 왔습니다. 1층은 근린생활시설 90㎡로 계속 임대했고, 2층과 3층은 각 90㎡ 주택으로 A씨 가족이 실제 거주해 왔습니다. 건물 정착면적은 100㎡입니다. 다른 주택은 없습니다. A씨는 2026년 11월에 18억원에 매도하기로 하고, 주택 면적 180㎡가 상가 90㎡보다 크니 전부 비과세라고 계산하고 있었는데, 중개인에게서 "요즘은 그렇지 않다"는 말을 들었습니다.

사례 ② 지하실과 옥탑, 그리고 매수인이 꺼낸 부가세 이야기
B씨의 건물은 등기부와 건축물대장상 지하 1층이 창고, 1층이 소매점, 2층이 주택으로 되어 있습니다. 실제로는 지하 1층을 개조해 세입자 한 가구가 거주하고 있고, 옥상에는 대장에 없는 방 한 칸이 증축되어 있습니다. 1층 가게는 B씨가 일반과세 임대사업자로 등록해 임대 중입니다. 2026년 8월 매수인이 "건물분 부가가치세와 세금계산서는 어떻게 할 것이냐"고 물어 왔는데, B씨는 무슨 뜻인지 몰라 답을 미뤄 둔 상태입니다.

결론부터 정리하면

• 면적 비교라는 원칙은 남아 있습니다 — 하나의 건물이 주택과 주택 외 부분으로 되어 있으면, 주택 연면적이 주택 외 연면적보다 크면 전부를 주택으로 보고, 작거나 같으면 주택 부분만 주택으로 봅니다(소득세법 시행령 제154조 제3항).
• 다만 값이 큰 겸용주택은 예외입니다 — 실지거래가액이 고가주택 기준금액(2026년 9월 현재 12억원)을 넘는 겸용주택을 2022년 1월 1일 이후 양도하는 경우에는, 주택 면적이 더 크더라도 주택 부분만 주택으로 봅니다. 상가 부분은 비과세와 무관하게 과세 대상이 됩니다. 이 기준금액은 개정이 잦은 항목이므로 양도 시점의 해당 연도 기준을 확인해야 합니다.
• 주택인지 아닌지는 공부가 아니라 실제 사용 용도로 판단합니다 — 대장에 창고나 사무실로 적혀 있어도 사실상 주거용으로 쓰였다면 주택으로 보고, 반대의 경우도 마찬가지입니다.
• 부수토지는 건물 면적 비율로 안분한 뒤 배수 한도를 봅니다 — 주택분으로 안분된 토지 중에서도 주택 정착면적의 일정 배수까지만 주택 부수토지로 인정됩니다.
• 상가 부분에는 부가가치세와 세금계산서 문제가 따라옵니다 — 건물분 공급가액에 대한 부가세, 계약서의 토지·건물 가액 구분, 임대 기간 중 반영한 감가상각비 정산까지 함께 정리해야 합니다.
• 순서를 바꾸면 손해가 확정됩니다 — 면적 실측과 용도 정리, 가액 구분, 부가세 처리 방식은 모두 계약서를 쓰기 전에 결정해야 할 사항입니다.

2022년부터 무엇이 달라졌나

• 종전 — 주택 연면적이 주택 외 연면적보다 크면 건물 전부와 그 부수토지 전부를 주택으로 보았습니다. 그 결과 1층 상가의 양도차익까지 1세대 1주택 비과세와 최대 80%의 장기보유특별공제를 함께 받는 구조였습니다.
• 개정 — 실지거래가액이 고가주택 기준금액을 넘는 겸용주택에 대해서는 이 혜택이 사라졌습니다. 주택 면적이 더 크더라도 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않습니다. 2022년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 적용됩니다.
• 기준금액 이하라면 — 종전 기준이 그대로 적용됩니다. 주택 면적이 더 크면 상가 부분까지 주택으로 보고, 2년 보유(취득 당시 조정대상지역이었다면 2년 거주) 요건을 갖췄다면 전체가 비과세됩니다.
• 과세되는 부분의 계산 — 주택 부분은 1세대 1주택 규정을 적용하되 기준금액을 넘는 가액에 대응하는 양도차익은 과세되고, 여기에는 보유·거주기간에 따른 1세대 1주택 장기보유특별공제가 적용됩니다. 상가 부분은 기본세율로 과세되고 장기보유특별공제도 일반 자산 기준으로 낮아집니다. 공제율표와 세율 구간은 개정이 반복되는 부분이므로 양도 시점의 해당 연도 기준을 확인해야 합니다.

사례 ①의 A씨가 정확히 이 구간에 있습니다. 매도 예정가가 18억원이므로 고가주택 기준금액을 넘고, 따라서 주택 면적 180㎡가 상가 90㎡의 두 배라는 사실은 더 이상 상가를 구제해 주지 못합니다. 건물은 주택 180㎡와 상가 90㎡로 나뉘고, 토지도 그 비율로 나뉩니다. 주택 부분에는 1세대 1주택 비과세와 그에 따른 장기보유특별공제가 적용되지만, 상가 부분의 양도차익에는 그대로 세금이 붙습니다. 2021년에 팔았다면 결과가 달랐을 사안이고, 이 차이 하나로 세액이 수천만원 단위로 갈립니다. A씨가 지금 할 수 있는 일은 상가 부분의 취득가액과 필요경비를 최대한 정확히 복원해 과세 대상 양도차익 자체를 줄이는 것입니다.

주택 면적은 어떻게 세는가 — 실제 사용 용도가 기준입니다

• 공부가 아니라 사실 — 세법상 주택은 허가 여부나 공부상 용도구분과 관계없이, 세대 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건물을 말합니다. 대법원도 건축물대장의 기재가 아니라 양도 당시의 실제 용도를 기준으로 판단해야 한다고 보고 있습니다.
• 일시적 공실이나 다른 용도 사용 — 양도 시점에 비어 있거나 잠시 다른 용도로 쓰이고 있더라도, 구조·기능·시설이 본래 주거용이고 언제든 주거로 되돌려 쓸 수 있는 상태라면 주택으로 봅니다. 세입자를 내보내고 잠깐 창고로 쓴 것만으로 주택이 아니게 되지는 않습니다.
• 무허가·미등기 부분 — 옥탑방이나 대장에 없는 증축 부분도 실제 주거용이면 주택 면적에 들어갑니다. 반대로 상가로 쓰는 무허가 부분은 주택 외 면적입니다.
• 계단·복도·보일러실 등 공용면적 — 주택 전용으로만 쓰이면 주택 면적, 상가 전용이면 상가 면적입니다. 양쪽이 함께 쓰는 부분은 주택과 상가의 면적 비율로 안분하는 것이 실무의 처리입니다.
• 지하실 — 용도가 분명하면 그 용도대로, 불분명하면 안분합니다. 실제로 세입자가 거주하고 있다면 대장의 기재와 무관하게 주택으로 판단될 여지가 큽니다.

사례 ②의 B씨에게는 이 대목이 유리하게도 불리하게도 작용합니다. 지하 1층을 실제로 주거용으로 쓰고 있고 옥탑방도 주거용이라면, 주택 면적이 늘어나 면적 비교에서는 유리해집니다. 반면 지하 세대는 별도의 주택 수로 계산되는 문제로 번질 수 있습니다. 한 건물 안에서도 각 세대가 독립된 주거 구조를 갖추고 구분등기가 되어 있다면 다세대주택으로 보아 여러 채가 되고, 구분등기 없이 전체를 하나로 보유한 다가구주택이면 원칙적으로 하나의 주택으로 봅니다. 지하 세대의 성격, 구분등기 여부, 세대별 출입구와 취사시설 유무를 계약 전에 확인해야 하는 이유입니다.

확인은 서류만으로 끝나지 않습니다. 건축물대장과 등기부, 실제 도면, 층별 임대차계약서, 관리비 고지서, 전기·수도 계량기 분리 여부, 전입세대열람 내역이 서로 어긋나지 않는지를 대조해야 합니다. 어긋난다면 그 차이를 설명할 자료를 미리 갖춰야 합니다. 실측 도면을 새로 받아 두는 비용은 세액 차이에 비하면 작습니다.

부수토지 — 안분한 다음 배수 한도를 봅니다

• 1단계 안분 — 주택 부분만 주택으로 보는 경우, 전체 토지를 건물 연면적 중 주택이 차지하는 비율로 나눕니다. 나머지는 상가 부수토지입니다.
• 2단계 배수 한도 — 주택분으로 안분된 토지 전부가 비과세 대상이 되는 것은 아닙니다. 주택 정착면적의 일정 배수까지만 주택 부수토지로 인정되고, 초과분은 비사업용 토지 문제까지 얽힐 수 있습니다.
• 배수 기준 — 2022년 1월 1일 이후 양도분부터 도시지역 중 수도권의 주거·상업·공업지역은 3배, 수도권의 녹지지역과 수도권 밖 도시지역은 5배, 도시지역 밖은 10배입니다.
• 확인할 서류 — 토지이용계획확인원으로 용도지역을 먼저 확인해야 배수가 정해집니다. 같은 시 안에서도 필지마다 다릅니다.

사례 ①에 대입하면 이렇습니다. 건물 연면적 270㎡ 중 주택이 180㎡이므로 주택 비율은 3분의 2입니다. 대지 200㎡ 중 약 133㎡가 주택 부수토지로 안분되고 나머지 약 67㎡는 상가 부수토지가 됩니다. 배수 한도는 정착면적 100㎡ 중 주택분에 해당하는 약 67㎡에 도시지역 수도권 주거지역 기준 3배를 적용해 약 200㎡이므로, 안분된 133㎡는 한도 안에 들어옵니다. A씨의 경우 토지에서 별도로 잘려 나가는 부분은 없고, 쟁점은 오로지 상가 90㎡와 그에 딸린 토지 67㎡의 양도차익에 집중됩니다. 반대로 대지가 넓고 건물이 작은 단독주택형 겸용건물이라면 이 배수 한도에서 상당한 면적이 비과세 밖으로 밀려나기도 합니다.

상가 부분에 붙는 세금 — 부가가치세와 세금계산서

• 과세 대상 — 토지의 공급은 부가가치세가 면세이고, 국민주택 규모(전용 85㎡) 이하 주택의 공급도 면세입니다. 그러나 상가 건물 부분은 과세 대상입니다. 매도인이 일반과세 임대사업자라면 건물분 공급가액의 10%를 부가가치세로 거래징수하고 세금계산서를 발급해야 합니다.
• 포괄양수도 — 임대사업에 관한 모든 권리와 의무를 그대로 넘기는 사업 양도에 해당하면 부가가치세를 주고받지 않을 수 있습니다. 매수인도 일반과세자로 등록해 같은 임대업을 계속해야 하고, 계약서에 포괄양수도라는 뜻과 승계 대상을 명확히 적어야 합니다.
• 포괄양수도가 부인되면 — 매도인에게 부가가치세와 가산세가 추징될 수 있습니다. 매수인이 일반과세자로 등록만 하고 실제로는 직접 사용하거나 주택으로 용도를 바꾸는 경우가 대표적인 사고 유형입니다. 계약서에 부인 시 부담 주체를 정해 두는 조항이 필요합니다.
• 토지·건물 가액 구분 — 계약서에 토지와 건물 가액을 구분해 적어야 합니다. 임의로 정한 구분액이 기준시가 등에 따라 안분한 가액과 30% 이상 차이가 나면 그 구분을 인정받지 못하고 안분 기준으로 다시 계산됩니다. 건물가액을 낮춰 부가세를 줄이려다 양도소득세 계산까지 흔들리는 일이 자주 생깁니다.
• 감가상각비 정산 — 임대소득을 신고하면서 상가 건물에 대해 감가상각비를 필요경비로 반영했다면, 그 금액은 양도 시 취득가액에서 차감됩니다. 과거 신고 내역을 확인하지 않으면 양도차익을 실제보다 작게 계산했다가 나중에 수정 부담을 지게 됩니다.
• 폐업과 신고 — 임대사업자 등록을 정리하는 시점과 부가가치세 확정신고 기한을 놓치지 않아야 합니다. 잔금일과 폐업일, 세금계산서 발급일이 서로 어긋나면 매수인의 매입세액 공제·환급이 막혀 분쟁으로 이어집니다.

사례 ②의 B씨가 매수인의 질문에 답을 미루면 안 되는 이유가 여기 있습니다. 1층 소매점 부분에 대해 부가가치세를 별도로 받을 것인지, 포괄양수도로 처리할 것인지는 매매대금 총액에 직접 영향을 줍니다. 계약서에 "부가가치세 별도"라고만 적고 넘어가면 나중에 누가 얼마를 부담하는지를 두고 다투게 됩니다. 매수인이 임대를 계속할 계획인지, 일반과세자로 등록할 것인지, 잔금일 전후로 임대차계약을 승계할 것인지를 계약 협의 단계에서 확인하고, 그 결과를 계약서 문언으로 남겨야 합니다.

처분 전 점검 순서

• 1단계 · 면적 확정 — 층별 실제 사용 용도를 확정하고 주택 면적과 주택 외 면적을 계산합니다. 공용부분 안분 방식도 이때 정합니다.
• 2단계 · 주택 수 확인 — 지하·옥탑 세대가 별도 주택으로 계산되는지, 세대원 명의의 다른 주택은 없는지 확인합니다. 1세대 1주택이 아니면 이 글의 전제 자체가 무너집니다.
• 3단계 · 가액 구간 판단 — 예상 매도가가 그해의 고가주택 기준금액을 넘는지에 따라 상가 부분의 취급이 완전히 달라집니다. 넘는다면 상가 부분 세액을 미리 계산해 매도 조건에 반영합니다.
• 4단계 · 취득가액과 필요경비 복원 — 매매계약서, 취득세 영수증, 중개보수, 자본적 지출에 해당하는 공사비의 계약서·세금계산서·이체내역을 모읍니다. 상가 부분은 감가상각 반영 여부까지 확인합니다.
• 5단계 · 부가세 처리 방식 결정 — 포괄양수도 여부를 매수인과 합의하고 계약서 문언을 확정합니다.
• 6단계 · 신고 — 양도소득세 예정신고는 양도일이 속한 달의 말일부터 2개월 이내입니다. 상가 부분에 대한 부가가치세 신고 기한도 함께 관리합니다.

이 순서를 지키면 사례 ①의 A씨는 계약 전에 상가분 세액을 알고 매도가를 협상할 수 있고, 사례 ②의 B씨는 지하 세대의 성격을 정리한 뒤 계약서를 쓰게 됩니다. 반대로 잔금을 받은 뒤에 이 계산을 시작하면 선택지는 신고 방법 하나만 남습니다.

이런 대응은 오히려 위험합니다

• "주택 면적이 더 크면 전부 비과세"라는 예전 설명을 그대로 믿고 매도가를 정하는 것 — 고가주택 기준금액을 넘는 순간 계산의 전제가 바뀝니다.
• 매도 직전에 상가를 급히 주택으로 용도변경하는 것 — 비과세 보유기간과 장기보유특별공제 기간을 용도변경 이후부터 계산하는 방향으로 실무 해석이 정리되어 있어, 기대한 효과가 나오지 않거나 오히려 불리해질 수 있습니다.
• 건물가액을 실제보다 낮게 적어 부가가치세를 줄이려는 것 — 안분액과 30% 이상 차이가 나면 인정되지 않고, 취득가액 구조가 흔들려 매수인의 향후 세금까지 문제가 됩니다.
• 지하·옥탑을 대장 기재대로만 신고하는 것 — 실제 주거 사용이 확인되면 주택 수와 면적 계산이 모두 뒤집힙니다.
• 포괄양수도라고만 적고 매수인의 사업 승계 여부를 확인하지 않는 것 — 부인되면 부가가치세와 가산세가 매도인에게 돌아옵니다.
• 공사비 영수증과 이체내역을 버린 채 취득가액만으로 신고하는 것 — 자본적 지출은 증빙이 있어야 필요경비로 인정됩니다.

자주 묻는 질문

Q. 고가주택 기준금액은 건물값만 보나요, 토지까지 합한 금액인가요?
건물과 그 부수토지를 합한 실지거래가액을 기준으로 봅니다. 상가가 딸려 있어 총액이 커지는 겸용주택은 순수 주택보다 이 기준에 쉽게 걸립니다. 기준금액은 2026년 9월 현재 12억원이지만 개정이 잦으므로 양도 시점의 해당 연도 기준을 확인해야 합니다. 예상 매도가가 그 언저리라면 한 줄 차이가 세액 전체를 바꾸므로 사전에 계산해 두어야 합니다.

Q. 주택 면적과 상가 면적이 정확히 같으면 어떻게 되나요?
주택 면적이 주택 외 면적보다 작거나 같은 경우에는 주택 부분만 주택으로 봅니다. 같을 때는 유리하지 않은 쪽입니다. 몇 제곱미터 차이로 결과가 갈리므로, 공용부분 안분 방식과 실측 도면이 곧바로 세액 문제가 됩니다.

Q. 상가를 주택으로 바꾸면 비과세를 더 받을 수 있나요?
용도변경 자체는 가능하지만, 비과세와 장기보유특별공제의 기간을 언제부터 세는지가 문제입니다. 상가를 주택으로 바꾼 경우 보유·거주기간을 용도변경 시점 이후부터 계산하는 취지로 실무가 운영되고 있어, 매도를 앞두고 급히 바꾸는 방식은 실익이 거의 없습니다. 반대로 오래전에 이미 주거용으로 전환해 사용해 온 사정이 있다면 그 시점을 증명할 자료를 모으는 편이 실질적입니다.

Q. 상가 세입자가 있는데 계약갱신요구권 때문에 매도가 어렵다는 말을 들었습니다.
임차인의 권리 문제는 세금과 별개이지만 실제 일정에는 영향을 줍니다. 매수인이 임대를 승계하는 조건이면 포괄양수도 요건을 갖추기 쉬워지는 반면, 명도 후 인도 조건이면 부가가치세를 별도로 정리해야 할 가능성이 커집니다. 임대차 승계 여부를 먼저 정하고 그에 맞춰 세금 처리를 설계하는 순서가 맞습니다.

Q. 신고를 마쳤는데 나중에 상가 면적을 잘못 계산한 걸 알았습니다.
세액을 적게 신고했다면 수정신고로, 많이 신고했다면 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 가능합니다. 수정신고는 빨리 할수록 가산세 감면 폭이 큽니다. 어느 쪽이든 면적 산정 근거를 도면과 사용 실태 자료로 다시 정리한 뒤 진행해야 합니다.

체크리스트

• 건축물대장·등기부·실측 도면을 나란히 놓고 층별 실제 사용 용도를 표로 정리합니다.
• 주택 연면적과 주택 외 연면적을 계산하고, 공용면적 안분 방식을 명시해 둡니다.
• 토지이용계획확인원으로 용도지역을 확인해 부수토지 배수 한도를 계산합니다.
• 지하·옥탑 세대의 구분등기 여부와 전입세대열람 내역을 확인해 주택 수를 확정합니다.
• 양도 예정 시점의 고가주택 기준금액을 확인하고, 예상 매도가가 이를 넘는다면 상가 부분 세액을 미리 산출합니다.
• 과거 임대소득 신고서에서 상가 감가상각비 반영 여부를 확인하고, 취득가액과 자본적 지출 증빙을 모읍니다.
• 매수인과 포괄양수도 여부를 합의하고, 토지·건물 가액 구분과 부가가치세 부담 주체를 계약서에 적습니다.

겸용주택은 서류상 한 채이지만 세법에서는 사실상 두 개의 자산입니다. 1층 가게와 2층 집은 판정 기준도, 세율도, 공제도 다르게 움직입니다. 2022년 개정으로 두 자산의 경계는 더 뚜렷해졌고, 그 경계를 계약 전에 그어 두었는지가 세액을 가릅니다. 매수인을 찾기 전에 층별 용도와 면적, 토지 안분, 부가세 처리 방식부터 정리하시기 바랍니다.