국내 주식으로 수익을 냈을 때 "세금을 내야 하나"라는 질문에는 대부분 "소액 개인투자자는 비과세"라는 답이 돌아옵니다. 맞는 말이지만, 여기에는 예외가 있습니다. 보유 지분이나 금액이 일정 기준을 넘는 대주주이거나, 장외거래·비상장주식이라면 양도소득세를 신고해야 합니다.

이 글에서는 대주주 판정 기준, 세율, 그리고 신고 절차와 가족 합산 규정처럼 놓치기 쉬운 부분을 정리합니다.

상담 사례

사례 ① 한 종목을 많이 보유한 투자자
관심 있는 코스닥 종목에 집중 투자해, 그 종목 시가총액의 일정 비율을 보유하게 되었습니다. 매매차익에 세금이 붙는지 궁금합니다.

사례 ② 장외에서 주식을 판 경우
지인이 다니는 비상장회사 주식을 장외에서 매입했다가, 최근 다른 사람에게 직접 팔아 차익을 남겼습니다. 신고해야 하나요?

결론부터 정리하면

• 국내 상장주식을 장내(거래소)에서 매매한 경우, 일반 개인투자자는 매매차익에 대해 원칙적으로 비과세입니다.
• 다만 대주주에 해당하면 그 종목의 매매차익에 양도소득세가 부과됩니다. 사례 ①처럼 지분이 많다면 확인이 필요합니다.
• 비상장주식이나 장외거래는 대주주 여부와 관계없이 원칙적으로 양도소득세 과세 대상입니다. 사례 ②가 여기에 해당합니다.
• 대주주 판정 시 본인 지분뿐 아니라 배우자·직계존비속 등 특수관계인의 지분을 합산한다는 점을 놓치기 쉽습니다.

1. 대주주 판정 기준

종목별로 다음 중 하나에 해당하면 대주주로 분류됩니다.

• 지분율 기준 — 코스피는 1%, 코스닥은 2%, 코넥스는 4% 이상 보유(시장별로 기준이 다름)
• 보유금액 기준 — 종목별 보유 시가총액이 일정 금액(현재 10억 원) 이상인 경우
• 지분율과 금액 둘 중 하나만 해당해도 대주주로 분류됩니다.
• 판정 시점은 직전 사업연도 말(연말) 기준이며, 그 기준일에 대주주였다면 그 다음 해 전체 기간의 해당 종목 매매차익이 과세 대상이 됩니다. 연중에 지분을 줄여도 이미 대주주로 분류된 기간의 거래는 과세될 수 있습니다.

2. 가족 합산 — 자주 놓치는 부분

• 대주주 여부를 판정할 때는 본인 지분만이 아니라 배우자, 직계존비속 등 특수관계인이 보유한 같은 종목의 지분을 합산합니다.
• 사례 ①처럼 본인 지분만 보면 기준에 못 미치더라도, 가족 명의로 분산 보유한 지분까지 합치면 대주주 기준을 넘는 경우가 있습니다. 가족 단위로 함께 확인해야 합니다.
• 이 합산 규정 때문에, 지분을 여러 명의로 나눠 대주주 지정을 피하려는 시도는 실효성이 없는 경우가 많습니다.

3. 세율과 계산

• 대주주 양도소득세율은 보유 기간과 과세표준 구간에 따라 달라지며, 대체로 20%~25% 수준(지방소득세 별도)의 구조로 적용됩니다. 중소기업 외의 법인 대주주가 1년 미만 보유한 주식을 양도하는 경우 등은 더 높은 세율이 적용될 수 있습니다.
• 비상장주식은 중소기업 여부와 대주주 여부에 따라 세율 구간이 나뉘며, 일반적으로 상장주식보다 세율이 높거나 신고 절차가 더 까다로운 경우가 많습니다.
• 기본공제 — 연간 250만 원을 양도차익에서 공제한 뒤 세율을 적용합니다.
• 같은 해에 이익과 손실이 있는 여러 종목을 거래했다면 손익통산이 가능해, 손실 종목을 함께 매도하면 세 부담을 줄일 수 있습니다.

4. 비상장주식·장외거래 — 사례 ②

• 비상장주식은 거래소를 통하지 않고 개인 간 직접 매매하는 경우가 많아, 대주주 여부와 무관하게 양도소득세 신고 대상이 되는 것이 원칙입니다.
• 취득가액과 양도가액을 입증할 자료(주식양수도계약서, 대금 지급 내역, 주주명부)를 갖춰야 정확한 신고가 가능합니다. 자료가 부실하면 과세관청이 추정하는 방식으로 과세될 수 있어 불리해질 수 있습니다.
• 비상장주식은 시가 평가가 상장주식보다 까다로워, 거래 가격이 시가와 크게 다르면 부당행위계산 부인이나 증여세 문제로 이어질 수 있습니다. 특수관계인 간 거래라면 특히 주의가 필요합니다.
• 사례 ②처럼 지인 간 장외거래로 차익이 발생했다면, 신고 여부와 무관하게 원칙적으로 양도소득세 신고 대상이라는 점을 인지해야 합니다.

5. 신고 절차

• 예정신고 — 주식을 양도한 날이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 신고·납부하는 것이 원칙입니다.
• 확정신고 — 다음 해 5월에 그해 전체 양도소득을 정산해 신고합니다. 예정신고를 모두 정확히 했다면 확정신고를 생략할 수 있는 경우도 있지만, 여러 건이 얽혀 있다면 5월에 다시 정리하는 것이 안전합니다.
• 증권사 자료 활용 — 대주주로 지정되면 증권사에서 양도소득 계산을 위한 자료를 제공하는 경우가 많아, 이를 활용해 신고합니다.

6. 해외주식과의 차이

• 국내 상장주식과 달리, 해외주식은 대주주 여부와 무관하게 매매차익 전체가 양도소득세 과세 대상입니다.
• 국내 상장주식(대주주 아닌 경우)과 해외주식을 함께 거래했다면, 손익통산이 되는 범위가 다를 수 있으므로 각각 구분해 계산해야 합니다.

자주 묻는 질문

Q. 연말에만 지분을 줄이면 대주주에서 벗어날 수 있나요?
판정 기준일(연말)에 기준 미만이면 다음 해에는 대주주가 아닙니다. 다만 이미 대주주였던 해의 거래는 소급해서 비과세로 바뀌지 않습니다.

Q. 코스피와 코스닥을 같이 갖고 있으면 어떻게 계산하나요?
대주주 판정은 종목별로 이루어집니다. 한 종목에서 대주주 기준을 넘어도 다른 종목까지 자동으로 대주주가 되는 것은 아닙니다.

Q. ETF나 펀드도 같은 기준이 적용되나요?
국내 상장 ETF는 종류에 따라 과세 방식이 다르며, 주식형 ETF는 매매차익이 비과세되는 경우가 많지만 배당형 상품은 다르게 취급될 수 있습니다. 개별 확인이 필요합니다.

Q. 신고를 안 하면 어떻게 되나요?
증권사 거래 자료가 국세청에 파악되므로, 무신고가 확인되면 가산세와 함께 추징됩니다. 대주주 지정 여부가 애매하다면 미리 확인해 신고하는 것이 안전합니다.

체크리스트

• 종목별 지분율·보유금액이 대주주 기준에 해당하는지 확인
• 배우자·직계존비속의 동일 종목 지분 합산 확인
• 비상장주식·장외거래는 대주주 여부와 무관하게 신고 대상으로 인지
• 거래 증빙(계약서, 대금 지급 내역) 확보
• 연간 손익통산으로 세 부담 조정 가능성 검토
• 기본공제(연 250만 원) 반영
• 반기별 예정신고 기한(2개월 이내)과 5월 확정신고 확인

주식 양도소득세는 "개인투자자는 비과세"라는 상식이 통하지 않는 대주주와 비상장주식이라는 예외가 분명히 존재합니다. 보유 종목의 지분율과 금액을 가족 단위로 한 번 점검해 보시고, 대주주 요건에 해당할 가능성이 있다면 연말 기준일 전에 세무사와 확인해 보시기 바랍니다.