겸용주택(상가주택)을 오랫동안 보유하시다가 매도하게 되어, 양도소득세 비과세가 어디까지 적용되는지, 그리고 상가와 주택 부분을 어떻게 구분해서 계산하는지 궁금하신 것으로 보입니다. 먼저 '겸용주택의 과세 방식은 실지거래가액 기준에 따라 달라진다'는 점을 설명드리겠습니다. ① 소득세법 제89조 및 시행령 제154조에 따르면, 1세대 1주택자가 보유한 겸용주택을 양도하는 경우 원칙적으로 주택과 상가 부분을 각각 구분하여 주택 부분은 비과세, 상가 부분은 과세하는 것이 원칙입니다. ② 다만 양도가액(실지거래가액)이 12억원 이하인 경우에는 예외적으로 주택 면적이 상가 등 사업용 건물 면적보다 크거나 같으면 건물 전체를 주택으로 보아 비과세를 적용받을 수 있습니다. ③ 반면 양도가액이 12억원을 초과하는 고가 겸용주택의 경우에는 주택 면적이 더 크더라도 상가 부분은 반드시 별도로 구분하여 과세하도록 되어 있습니다. ④ 이때 토지 부분 역시 건물의 용도별 면적 비율에 따라 안분하여 계산됩니다. 다음으로 '실제 거주 및 사용 현황이 판단 기준이 된다'는 점도 중요합니다. ① 과세관청은 건축물대장상의 용도가 아니라 양도일 현재 실제로 주거용으로 사용되고 있는지를 기준으로 주택 여부를 판단합니다. ② 따라서 1층 편의점처럼 사업자등록이 되어 있고 실제 영업 중인 공간은 상가로, 2·3층처럼 세대원이 실제 거주하는 공간은 주택으로 구분됩니다. ③ 만약 상가 부분을 주택으로 용도변경했다면 변경 시점 이후의 보유·거주기간만 주택 보유기간에 산입되므로 매도 전 미리 확인이 필요합니다. ④ 겸용주택이라도 1세대 1주택 비과세 요건인 2년 이상 보유(조정대상지역은 거주요건 추가)는 별도로 충족해야 합니다. 말씀하신 사례처럼 예상 매매가가 15억원으로 12억원을 초과하시는 경우, 원칙적으로 상가 부분(1층)과 주택 부분(2·3층)을 면적 비율로 안분하여, 주택 부분에 대해서만 1세대 1주택 비과세(고가주택 초과분은 과세)를 적용받고 상가 부분은 일반 양도소득세가 과세될 가능성이 높습니다. 따라서 대응 방법으로는, ① 건축물대장과 실제 사용현황을 대조하여 층별 면적과 용도를 명확히 정리해 두시고, ② 양도가액이 12억원을 초과하는지 여부에 따라 적용되는 계산방식이 달라지므로 감정평가나 기준시가 등을 통해 정확한 안분 기준을 마련하시고, ③ 상가 부분에 대해서는 사업용 부동산 양도에 따른 별도의 세금 신고가 필요한지 확인하시고, ④ 계약서 작성 전에 세무 전문가를 통해 예상 세액을 미리 시뮬레이션해 보시는 것을 권해드립니다. 정리하면, 겸용주택은 양도가액 12억원을 기준으로 과세 방식이 크게 달라지고, 실제 거주·사용 현황이 판단의 핵심이 됩니다. 정확한 것은 세무사와 상담하시길 권해드립니다.