담당 직원의 입력 실수로 세금계산서상 공급가액이 실제 거래금액과 다르게 발행되어, 이미 국세청에 전송까지 된 상태에서 수정이 가능한지 걱정하고 계신 것으로 보입니다. 결론적으로 전자세금계산서는 국세청에 전송된 이후에도 부가가치세법에서 정한 절차에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있으므로, 방치하지 마시고 신속히 정정 절차를 진행하시는 것이 필요합니다. 먼저 '착오로 잘못 적은 경우에는 수정세금계산서 발급 사유에 해당한다'는 점을 알아두셔야 합니다. ①부가가치세법 시행령에 따르면 세금계산서를 착오로 잘못 발급한 경우, 당초 세금계산서 작성일을 그대로 적어 수정세금계산서를 발급할 수 있도록 하고 있습니다. ②이번 사안처럼 공급가액을 1,000만원에서 100만원으로 잘못 입력한 것은 전형적인 '착오 기재'에 해당하므로, 당초 세금계산서를 취소하는 음(-)의 세금계산서와 올바른 금액의 세금계산서를 함께 재발급하거나, 차액분(900만원)에 대한 수정세금계산서를 추가로 발급하는 방식으로 정정할 수 있습니다. ③홈택스 전자세금계산서 발급 화면에서 당초 세금계산서를 조회한 뒤 '수정발급' 메뉴를 통해 사유를 '기재사항 착오정정' 등으로 선택하여 처리하시면 됩니다. ④수정세금계산서 발급 시 작성일자는 당초 세금계산서의 작성일자를 그대로 사용하는 것이 원칙이라는 점도 유의하셔야 합니다. 다음으로 '수정하지 않고 방치할 경우 가산세 등 불이익이 발생할 수 있다'는 점도 중요합니다. ①세금계산서상 공급가액과 실제 거래금액이 일치하지 않는 상태로 부가가치세 신고를 하게 되면, 세금계산서 불성실 가산세나 신고불성실가산세 대상이 될 수 있습니다. ②특히 거래처가 이미 실제 대금인 1,000만원을 지급했음에도 세금계산서상 매입세액은 100만원어치만 인정받게 되어, 거래처의 매입세액공제에도 혼선이 발생하고 향후 거래 관계에도 신뢰 문제가 생길 수 있습니다. ③국세청 전산상으로도 실제 자금 흐름과 세금계산서 발행 내역이 불일치하면 세무조사나 소명 요구의 단초가 될 수 있으므로, 부가가치세 확정신고 기한 전에 정정하시는 것이 가장 안전합니다. 따라서 대응 방법으로는, ①가능한 한 빨리 홈택스에서 당초 세금계산서에 대한 수정세금계산서를 '착오정정' 사유로 발급하시고, ②거래처에도 수정 사실을 미리 안내하여 거래처의 매입 신고에도 문제가 없도록 협조를 구하시며, ③이번 달 부가가치세 신고 전에 정정을 완료하여 신고서에 정확한 금액이 반영되도록 하시고, ④재발 방지를 위해 세금계산서 발행 시 금액을 이중으로 검증하는 사내 절차를 마련하시는 것을 권해드립니다. 정리하면, 착오로 잘못 발급된 세금계산서는 부가가치세법상 수정세금계산서 발급 절차를 통해 정정할 수 있으며, 신고 기한 전에 신속히 처리하는 것이 중요합니다. 다만 구체적인 수정 사유 선택이나 가산세 적용 여부는 거래 내역과 신고 시점에 따라 달라질 수 있으므로, 정확한 것은 세무사와 상담하시길 권해드립니다.