질문자님께서는 회사가 일방적으로 도입한 근로시간저축계좌제로 인해 연장·휴일근로 수당도 제대로 받지 못하고, 적립된 시간을 휴가로 사용하지도 못한 채 이중으로 불이익을 겪고 계신 것으로 보입니다. 먼저 '근로시간과 관련된 제도 변경은 근로자 동의 없이 회사가 임의로 정할 수 없다'는 원칙을 말씀드립니다. ①근로기준법은 연장·야간·휴일근로에 대해 통상임금의 일정 비율을 가산하여 지급하도록 정하고 있고(제56조), 이를 갈음하여 휴가 등으로 대체하려면 근로기준법 제57조의 보상휴가제와 같이 근로자대표와의 서면합의 등 법이 정한 절차를 거쳐야 합니다. ②탄력적 근로시간제(제51조)나 선택적 근로시간제(제52조) 등 근로시간을 유연하게 운영하는 제도 역시 근로자대표와의 서면합의를 요건으로 하고 있어, 명칭이 무엇이든 실질적으로 근로시간을 적립·이월하는 방식의 제도라면 유사한 절차적 요건이 요구될 가능성이 높습니다. ③공지문 하나로 일방적으로 시행하고 근로자 대표와의 서면합의 절차를 거치지 않았다면 절차적 정당성에 문제가 있을 수 있습니다. ④특히 근로시간저축계좌제와 관련해서는 구체적인 법제화 및 세부 요건이 계속 논의·정비되고 있는 영역이므로, 시행 시점의 관련 법령과 지침을 반드시 확인해야 합니다. 다음으로 '수당 미지급 및 휴가 사용 제한이 갖는 문제'를 살펴보아야 합니다. ①연장·휴일근로에 대해 정당한 절차 없이 수당을 지급하지 않고 휴가로만 대체하는 것은 임금체불 문제로 이어질 수 있습니다. ②적립된 휴가·시간을 회사가 계속 사용하지 못하게 미루는 것 역시 근로자의 정당한 휴가권 행사를 방해하는 것으로 볼 여지가 있습니다. ③임금체불이 인정되면 회사는 미지급 수당에 대해 지연이자와 함께 지급해야 할 수 있고, 반의사불벌죄 여부와 별개로 형사적 문제로도 이어질 수 있습니다. ④실제 근무시간과 적립·사용 내역을 근로자 스스로도 별도로 기록해두는 것이 중요합니다. 따라서 대응 방법으로는, ①제도 도입 공지문, 근로자대표 서면합의 여부, 취업규칙 변경 절차 등 관련 자료를 최대한 확보하시고, ②실제 연장·휴일근로 시간과 적립·미사용 내역을 개인적으로도 기록해두시며, ③회사에 수당 정산 또는 휴가 사용을 서면으로 공식 요청하시고, ④응하지 않을 경우 관할 고용노동청에 임금체불 진정을 제기하는 방안을 검토해보시기를 권해드립니다. 정리하면, 근로시간과 관련된 제도는 근로자대표와의 서면합의 등 법이 정한 절차를 거치지 않고 회사가 임의로 운영할 경우 문제가 될 소지가 있습니다. 다만 구체적인 제도 설계와 적법성 판단은 최신 법령·지침 및 사업장 상황에 따라 달라질 수 있으므로, 정확한 것은 노무사와 상담하시길 권해드립니다.